计算化学公社
标题: 过渡态搜寻，走的IRC两端连着反应物和生成物但是感觉振动方向有问题 [打印本页]
作者Author: X2y0x1y4x 时间: 2020-8-11 12:39
标题: 过渡态搜寻，走的IRC两端连着反应物和生成物但是感觉振动方向有问题
上面的一个反应属于未加催化剂总的反应，我现在想算反应机理，总反应可以理解为下面的两个反应。我目前用QST2方法算的第一个反应的过渡态，但是过渡态的out文件感觉振动方向不太对，但是走的IRC的两端又很完美对接反应物和生成物；麻烦各位帮忙看看这个过渡态结构对不。本人也才接触高斯半个月，有很多小细节不是太懂，多谢各位指教。我把反应方程式、结构计算的输入文件以及频率计算的输出文件还有IRC输出文件已经上传，多谢指教。
作者Author: X2y0x1y4x 时间: 2020-8-11 12:41
有没有可能过渡态寻找错误但是IRC走势正确呀？
作者Author: liyuanhe211 时间: 2020-8-11 14:40
本帖最后由 liyuanhe211 于 2020-8-11 14:41 编辑
网盘传IRC结果。这过渡态对应的活化能不低吧
作者Author: X2y0x1y4x 时间: 2020-8-11 16:23
但是都是自己算的，有什么问题吗？
作者Author: 喵星大佬 时间: 2020-8-11 17:44
本帖最后由 喵星大佬 于 2020-8-11 17:46 编辑
仔细看一下你的反应，你为什么执着于去找分子内的过渡态呢。。。。这个明显分子间的过渡态更合适，含有H的4元环不太靠谱
作者Author: lzh2181439 时间: 2020-8-11 18:07
感觉和楼主很相似，楼主可以参考一下。做的是磺化反应，硫酸分子和苯环反应，硫酸上的羟基（-OH）脱离，和苯环上的H原子结合生成水分子H2O，硫酸的剩余部分磺基（-HSO3）在H原子脱离处与苯环结合。过渡态和反应物的优化结果相差0.13Hartree。磺化过渡态中硫酸S原子的振动比较微弱，没有像楼主过渡态中DMC的C那么明显。过渡态和IRC结果均已上传。
自己也是小白，对着过渡态看久了，觉得也没什么毛病，是否A+B﹣﹥C+D这种反应的过渡态振动都比较这么古怪呢？
作者Author: 喵星大佬 时间: 2020-8-11 18:20
磺化一般用发烟硫酸，反应物应该是三氧化硫吧
作者Author: lzh2181439 时间: 2020-8-11 18:49
因为是在工业环境下探究酸对材料的影响，所以不要求太高的反应速率，只是讨论反应的可能性，后面的话SO3也是要做的。
作者Author: X2y0x1y4x 时间: 2020-8-11 18:49
分子间的过渡态？？？可以具体举例说明的吗？
作者Author: X2y0x1y4x 时间: 2020-8-11 18:50
不过我的IRC走向是左边是生成物、右边是反应物
作者Author: X2y0x1y4x 时间: 2020-8-11 18:54
我用的是QST2方法，找的是分子间的过渡态呀
作者Author: X2y0x1y4x 时间: 2020-8-11 19:56
可以加下你交流下不，我也是刚开始学习高斯，我的qq：3011455624
作者Author: 喵星大佬 时间: 2020-8-11 21:59
本帖最后由 喵星大佬 于 2020-8-11 22:01 编辑
我的意思就是，质子转移并不在这一步，分步进行的，这样协同的反应有个4元环转移质子，能垒显然是很高的再就是用自动找过渡态的方法去找只能找一步头的反应，因为前后原子序号是匹配好的，对于有不同反应路径的情况下找出来的过渡态极有可能是不靠谱的。
作者Author: X2y0x1y4x 时间: 2020-8-11 23:10
其实我也有想过这个问题，说实话你刚好提到我想的问题的点上了，因为刚接触高斯不久，然后练习的过渡态结构都比较简单，不是很复杂，所以遇到这个稍微复杂的体系，因为看的帖子都说最好用TS方法寻找过渡态，但是现在这个体系稍微复杂了点，能不能麻烦你能详细说明下，在第一个反应，我该怎么去处理这个了？还有你说的这个质子转移，我该怎么去处理勒？有没有什么好的文献可以推荐下呀，我自己报班学到课程相对来说也比较简单。
作者Author: 喵星大佬 时间: 2020-8-11 23:41
一般情况下酯交换是什么机理在有机化学的教科书里应该写的已经很清楚了，这种问题应该首先去看看教科书，毕竟是已经很成熟的反应了。
找用TS去找过渡态首先要了解反应，而大多数反应过程都是比较复杂的，靠QST2很难找出合适的反应路径，除非像环加成这样比较简单的反应。
作者Author: X2y0x1y4x 时间: 2020-8-11 23:51
谢谢哈，初次接触高斯，越学越多，谢谢你呀，不知道你平时时间多不多，方便加个联系方式不，希望不吝赐教呀
作者Author: sobereva 时间: 2020-8-12 07:33
先把这两篇仔细看了
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460（http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html）
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400（http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html）
作者Author: lzh2181439 时间: 2020-8-12 09:44
QQ有验证，可以加入sob老师的计算化学交流QQ群。（466017436）
作者Author: wzkchem5 时间: 2020-8-12 17:12
转酯反应一般还是得靠微量的酸或者碱催化吧
作者Author: wzkchem5 时间: 2020-8-12 17:17
我记得即使是非发烟硫酸，磺化的时候也不是H2SO4分子直接反应，而是微量的H2S2O7反应？
即使是H2SO4直接反应，也可能会有第二分子H2SO4参与质子转移，这可能解释你活化能太高的问题。其实很多时候这种质子转移很关键的反应，学有机的时候觉得很简单，因为有机老师不会考你质子转移的具体过程，比如分子内质子转移是直接转过去还是借助溶剂间接转过去（有机老师自己也不知道），你只要质子转移的始态和终态画对，就算对。但是一做计算，就很麻烦了，很容易算错。
作者Author: lzh2181439 时间: 2020-8-12 22:02
谢谢老师，因为刚接触这一方面，所以有些知识不太清楚。有些问题叨扰老师了：
1.请问焦硫酸H2S2O7是直接磺化苯环吗？磺化后的产物是生成SO3、H2O和AR-HSO3吗？这个反应是基元反应吗，还是说会存在中间体呢？
2.2个H2SO4参与苯环的磺化反应时，是一个H2SO4中的H+先转移至另一个H2SO4上形成H3SO4+，H3SO4+磺化苯环生成AR-HSO3、H3O+,H3O+再与剩余的HSO4-反应吗？
3.请问老师能推荐几本有关于磺化、硝化的书或者文章吗？
作者Author: wzkchem5 时间: 2020-8-13 11:47
刚查了一下，我记错了，非发烟硫酸里实际和苯反应的是H3SO4+，发烟硫酸里是H3S2O7+和H2S4O13。
我当时从维基上看的，现在维基上不去了，刚看的是百度百科。你要是有条件能上维基，可以确认一下，然后看看维基引的参考文献（百度百科没引文献）。
作者Author: lzh2181439 时间: 2020-8-13 12:52
谢谢老师！我先去看看。
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