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标题: 求助: 布朗动力学升温模拟 [打印本页]

作者
Author: 北京的大猫 时间: 2020-8-11 16:44
标题: 求助: 布朗动力学升温模拟
本帖最后由北京的大猫于 2020-8-11 16:46 编辑

大家好!
      本人最近在阅读文献的时候看到:"使用中等的布朗动力学模拟将体系温度从0K缓慢升到1000K."我不知道这个在gromacs中应该怎样实现,
为此,我尝试了以下的.mdp文件,但是一直报错,要么是能生成tpr文件,但是一运行就segment fault,要么是无法生成tpr文件.(注释掉其中的annealing部分,程序依然崩)目前并不知道如何运行BD的升温模拟, 还请各位有经验的前辈多多指点.gmx version:2020.2 谢谢大家!

integrator  = bd       ; 布朗动力学迭代器
bd-fric    = 0       ; 布朗动力学摩擦系数
ld-seed    = -1       ; 使用伪随机种子
nsteps    = 20000 ;
dt       = 0.001    ; 1 fs

; 输出数据控制
nstxout    = 1000    ; 每1.0 ps 保存坐标
nstvout    = 1000    ; 每1.0 ps 保存速度
nstenergy = 1000    ; 每1.0 ps 保存能量
nstlog    = 1000    ; update log file every 1.0 ps
; Bond parameters
continuation          = yes    ; non-restart

; 模拟升温
tc-grps             = system  ; 系统升温
;annealing          = single  ; 非周期性
;annealing-npoints    = 2    ; 两个温度点
;annealing-time       = 0 10 ; 升温时间10ps
;annealing-temp       = 0 1000  ; 目标温度1000K

; 邻区搜索和非键相互作用
cutoff-scheme = Verlet ; Verlet pair list,not Velocity-Verlet method
;nstlist       = 20       ; frequency to update the neighbor list,for GPU,20 or 40 is better
rlist          = 1.2
rcoulomb       = 1.2    ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw          = 1.2    ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
coulombtype    = P3M-AD ; Particle-particle-particle Mesh Ewald
pbc          = xyz    ; 3-D PBC

; 温度控制
;tcoupl    = v-rescale ;  thermostat
tau_t    = 0.2       ; time constant, in ps
ref_t    = 1000       ; reference temperature, one for each group, in K
;nsttcouple  = 100       ; frequency for coupling the temperature,default =nstlist, is 10 if nstlist<=0
;nh-chain-length = 1    ; set 1 default

;Dispersion correction
DispCorr = EnerPres  ; account for cut-off vdW scheme

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-12 07:29
如果没有特殊原因，不要用布朗动力学，没什么实际意义

作者
Author: 北京的大猫 时间: 2020-8-12 08:48

sobereva 发表于 2020-8-12 07:29
如果没有特殊原因，不要用布朗动力学，没什么实际意义

非常谢谢sob老师, 还有一些疑问:
1.要想重复文献里的结果,不用bd,是不是使用v-resclae+annealing 更好?
2.另外升温摸拟过程中需要保证体积不变吗?如果是保证体积不变升温到1000K, 后面跑1000K的npt的时候还需要使用gen_vel吗?还是continuation=yes就可以了?还是升温过程也控压呢?
问题有点多,谢谢sob老师!

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-13 09:41

北京的大猫发表于 2020-8-12 08:48
非常谢谢sob老师, 还有一些疑问:
1.要想重复文献里的结果,不用bd,是不是使用v-resclae+annealing 更好?
...

1 是
2 不需要。用NPT才合理
显然不用gen_vel，以那么高温度初始化速度很容易崩。continuation=yes也没必要写，直接通过cpt文件延续之前的模拟状态就完了

作者
Author: 北京的大猫 时间: 2020-8-13 11:38

sobereva 发表于 2020-8-13 09:41
1 是
2 不需要。用NPT才合理
显然不用gen_vel，以那么高温度初始化速度很容易崩。continuation=yes也没 ...

非常感谢sob老师!

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