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标题: 使用MolAICal基于NAMD模拟结果计算小分子和蛋白MM/GBSA的教程 [打印本页]
作者Author: MolAICal 时间: 2020-8-12 17:28
标题: 使用MolAICal基于NAMD模拟结果计算小分子和蛋白MM/GBSA的教程
本帖最后由 MolAICal 于 2020-9-2 22:39 编辑
使用MolAICal基于NAMD模拟结果计算小分子和蛋白MM/GBSA的教程
更多教程（含英文教程）请见如下：
1.简介
在本教程中介绍了基于NAMD的分子动力学模拟结果，使用MolAICal计算小分子和Mpro蛋白受体MM/GBSA的方法。本教程只是一个简单演示。为了节省运行及存储空间，本教程仅选择了Mpro复合物分子动力学模拟的25帧用于计算。
2.工具
2.1. 所需软件下载地址
2.2. 操作示例文件
所有用到的操作教程文件均可在下面的网站下载：
3.操作流程
转到以下目录：
#>cd 004-MMGBSA
3.1. 提取蛋白与配体复合物的轨迹文件
- #> vmd -dispdev text -psf "mpro.psf" -e stripDCD.vmd -args protein,or,resname,LIG "mpro.dcd" "complex" mpro.psf mpro.pdb
-args: 其用法类似VMD软件中的“atomselect”命令，比如"atomselect top protein or resname LIG"，此处逗号"," 代表空格。
执行上述命令后生成complex.psf,complex.pdb 和 complex.dcd文件。将“GBIS” 和“sasa”参数设置为on。打开并按照下文内容修改“complex.conf”文件：
--------------------------------------------------------------------------
structure complex.psf
coordinates complex.pdb
outputName complex
paraTypeCharmm on
parameters par_all36_prot.prm
parameters par_all36_cgenff.prm
parameters ligand.str
parameters toppar_water_ions.str
coorfileopen dcd complex.dcd
--------------------------------------------------------------------------
本教程中命令在CPU上运行。你可以选择GPU进行运算。在Linux系统下运行NAMD命令，如下：
- #> namd2 +p3 complex.conf >& complex.log &
其中符号“&”代表程序在Linux系统中进行后台运行，如果你使用的是Windows操作系统，请不要用“&”，例如，命令换成这样：
- #> namd2 +p3 complex.conf > complex.log
3.2. 仅提取蛋白的轨迹文件：
- #> vmd -dispdev text -psf "mpro.psf" -e stripDCD.vmd -args protein "mpro.dcd" "protein" mpro.psf mpro.pdb
上述命令会生成 protein.psf,protein.pdb和protein.dcd。打开“protein.conf”，参考 “complex.conf”修改相关参数。
本教程中命令在CPU上运行。你可以选择GPU进行运算。在Linux系统下运行NAMD命令，如下：
- #> namd2 +p3 protein.conf >& protein.log &
3.3. 仅提取配体的轨迹文件：
- #> vmd -dispdev text -psf "mpro.psf" -e stripDCD.vmd -args resname,LIG "mpro.dcd" "ligand" mpro.psf mpro.pdb
上述命令会生成 ligand.psf,ligand.pdb和ligand.dcd。打开“ligand.conf”，参考 “complex.conf”修改相关参数。
本教程中命令在CPU上运行。你可以选择GPU进行运算。在Linux系统下运行NAMD命令，如下：
- #> namd2 +p3 ligand.conf >& ligand.log &
4. 用MolAICal计算MM/GBSA
- #> molaical.exe -mmgbsa -c complex.log -r protein.log -l ligand.log
输出结果中给出下文所示的结合自由能△G：
--------------------------------------------------------------------------
deltaE(internal): -4.0000007572871255E-6
deltaE(electrostatic) + deltaG(sol): 7.702936000001536
deltaE(VDW) + deltaG(sol): -44.43611599999989
delta G binding: -36.73318399999911
--------------------------------------------------------------------------
作者Author: fhh2626 时间: 2020-8-13 14:01
本帖最后由 fhh2626 于 2020-8-13 14:20 编辑
你这个不就是读了一下NAMD log里面输出的能量。。。另外NAMD的隐性溶剂应该是不能用GPU加速的
如果能在程序中直接调用NAMD引擎计算单帧MMGBSA，或者利用单帧MMGBSA的结果进行docking就很棒了
作者Author: MolAICal 时间: 2020-8-13 16:31
是的，这是三轨迹算法，不过求的是平均值。。每帧dock，可以写namd的tcl脚本，应该没问题的。。
作者Author: yl233 时间: 2021-4-13 16:41
请问这个办法可以像amber那样，做残基能量拆解吗？
作者Author: MolAICal 时间: 2021-4-24 22:54
可以的，在https://molaical.github.io/看最新更新的教程，
作者Author: Dolantin 时间: 2023-11-19 16:01
请问下您，NAMD可以用来探究pH值对有机反应的影响吗？是有机小分子在水溶液中的反应
作者Author: MolAICal 时间: 2023-12-13 15:23
这个你要学一下namd中的QM/MM模块
作者Author: Dolantin 时间: 2023-12-14 15:21
好嘞，谢谢您啦！
作者Author: Dolantin 时间: 2023-12-14 16:03
我看了下官网介绍，这个软件需要用到力场，应该不适用于 孤立有机小分子体系的反应吧
作者Author: MolAICal 时间: 2023-12-17 17:47
适合的，如果溶剂是水很简单，如果是其他溶剂分子，你直接用力场建就可以了，然后反应那一块用QM算，其余的可以用MM算。
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