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标题: 求助Martini力场itp参数不理解请赐教 [打印本页]

作者
Author: freemangran 时间: 2020-8-12 17:30
标题: 求助Martini力场itp参数不理解请赐教
本人新手玩家，目前在学习粗粒化，但看到这个教程时：
原文链接http://cgmartini.nl/index.php/tu ... g-new-molecule-gmx5

(, 下载次数 Times of downloads: 21)
以下内容为我找到的DPGS的itp文件，由于才疏学浅，里面有一些参数我完全不知道来历，希望有专业人士可以帮忙告诉我一下，或者留下联系方式。如果有做相关内容的同行，可以加个好友互相交流学习，谢谢。
标红的是我不明白的，后面的绿色是我个人的见解。

[ moleculetype ]
DPGS             1
[ atoms ]
1       P4 1 DPGS    C1    1        0       72.0000
2       P1 1 DPGS    C2    2       0       72.0000
3       P1 1 DPGS    C3    3       0       72.0000
4       P1 1 DPGS AM1    4       0       72.0000
5       P5 1 DPGS AM2    5       0       72.0000
6       C3 1 DPGS D1A    6       0       72.0000 ; corrected (C3 instead of C1), oct 2013
7       C1 1 DPGS C2A    7       0       72.0000
8       C1 1 DPGS C3A    8       0       72.0000
9       C1 1 DPGS C4A    9       0       72.0000
10       C1 1 DPGS C1B 10       0       72.0000
11       C1 1 DPGS C2B 11       0       72.0000
12       C1 1 DPGS C3B 12       0       72.0000
13       C1 1 DPGS C4B 13       0       72.0000

[ bonds ]
; 1 2 1  0.3 30000（个人理解是健长和键能但对应不上）
; 1 3 1  0.3 30000
; 2 3 1  0.3 30000
3 4 1  0.57 20000
4 5 1  0.27 20000 ; AM1-AM2
4 6 1  0.29 20000 ; AM1-D1A ; corrected (0.29 instead of 0.37), oct 2013
6 7 1  0.470  1250
7 8 1  0.470  1250
8 9 1  0.470  1250
5 10 1  0.37 20000 ; AM2-C1B ; corrected (0.37 instead of 0.29), oct 2013
10 11 1  0.470  1250
11 12 1  0.470  1250
12 13 1  0.470  1250

[ angles ]
1    3    4 2 50.00  200.00 ; ring flipping （这里有两个键角数据实在是没明白）
3    4    5 2 85.00 25.00 ; link to lipid
3    4    6 2 150.00 30.00 ; link to lipid
  10    5    4 2 129.00  200.00 ; linkage
4    6    7 2 180.00 25.00
6    7    8 2 180.00 25.00
7    8    9 2 180.00 25.00
5 10 11 2 180.00 25.00
  10 11 12 2 180.00 25.00
  11 12 13 2 180.00 25.00

[ dihedrals ]
1 3 4 5 1 125.0 10.00 1 ; ring orientation

[ constraints ] （这里我理解是这三个珠子成环所以有限制）
1 2 1  0.3
1 3 1  0.3
2 3 1  0.3

作者
Author: freemangran 时间: 2020-8-14 09:34
找到了另外一个文献的附加信息，说得更详细，但是那个funct没了解是什么意思，查了gromacs的手册也没有找到详细的说明。
[bonds]
; i j funct length force.c.
1 2 1 0.47 1250
2 3 1 0.47 1250
3 4 1 0.47 1250
4 5 1 0.47 1250
[angles]
; i j k funct angle force.c.
1 2 3 2 180.0 25.0
2 3 4 2 180.0 25.0
3 4 5 2 180.0 25.0

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-17 09:15

freemangran 发表于 2020-8-14 09:34
找到了另外一个文献的附加信息，说得更详细，但是那个funct没了解是什么意思，查了gromacs的手册也没有找到 ...

function type
仔细看gmx手册介绍拓扑文件的部分，都说了

作者
Author: freemangran 时间: 2020-8-17 11:04

sobereva 发表于 2020-8-17 09:15
function type
仔细看gmx手册介绍拓扑文件的部分，都说了

谢谢老师，我再仔细阅读一下那个部分。

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