计算化学公社

标题: 如何画出无规则构象的多肽二级结构?将alpha螺旋转变成无规则构象? [打印本页]

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AKB2005    时间: 2020-8-13 23:02
标题: 如何画出无规则构象的多肽二级结构?将alpha螺旋转变成无规则构象?
大家好,画出alpha螺旋或者beta折叠的多肽二级结构很容易,但是我看文献里面,用于模拟的多肽是无规则的构象,文献的描述是:”Polypeptide chains were denatured into random coils by applying an artificial stretching potential (“computational tweezers”) to separate the terminal Cα atoms and produce an unstructured, elongated configuration.“  (DOI: 10.1038/s41467-017-00079-5 的附录)。这个让我犯愁,不知道是如何操作的?
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sobereva    时间: 2020-8-14 09:01
在GROMACS里做一下拉伸动力学,把蛋白质拉开
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AKB2005    时间: 2020-8-14 09:15
sobereva 发表于 2020-8-14 09:01
在GROMACS里做一下拉伸动力学,把蛋白质拉开

好的,谢谢老师,我研究下怎么操作
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实验室小灰鼠    时间: 2022-10-7 18:55
sobereva 发表于 2020-8-14 09:01
在GROMACS里做一下拉伸动力学,把蛋白质拉开

请问老师,如何将无规则的loop变为螺旋或者折叠结构呢?
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Frozen-Penguin    时间: 2022-10-7 19:14
实验室小灰鼠 发表于 2022-10-7 18:55
请问老师,如何将无规则的loop变为螺旋或者折叠结构呢?

plumed可以做这个https://www.plumed.org/doc-v2.8/ ... _p_h_a_r_m_s_d.html
大概的原理就是计算相邻的若干个残基的实际构象与理论上螺旋构象的RMSD,然后加一个偏置势让这个RMSD值变小




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