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标题: 求助groamcs中盒子的体积和氢键的表述问题？ [打印本页]

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-8-13 23:57
标题: 求助groamcs中盒子的体积和氢键的表述问题？
1.关于盒子体积或者大小的表述，在模拟时，我们会建立一个合适大小的盒子，在进行完npt模拟后，产生的npt.gro文件会有一个盒子的大小，那当我们表述盒子大小的时候，应该用npt.gro的还是用最初建立盒子时设置的？2.在利用gmx hbond计算请氢键时，会出现一个这样的话Average number of hbonds per timeframe ** out of *** possible，请问后边的out of *** possible表述的是超出其他帧的数目吗？
3.在分析三个溶剂分子a,b,c两两之间的质心径向分布函数的时候，如果ab和ac的结果中，ab的第一个峰值横坐标比ac的横坐标小，能否说明b在a周围有更大的分布？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-14 09:08
1 初始盒子大小，以及最终盒子大小分别说。最终盒子大小可以取已平衡阶段的平均值。

3 不能。要说有更大分布什么的，应当取一个径向阈值，看这个阈值内的配位数

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-8-14 12:04

sobereva 发表于 2020-8-14 09:08
1 初始盒子大小，以及最终盒子大小分别说。最终盒子大小可以取已平衡阶段的平均值。

3 不能。要说有更大 ...

请问老师2这种情况是什么表述？
3中的话，只能分开描述一种组分在另外一个组分的分布情况不能相互对比？我的目的是想分析这三种组分是否均匀分布或者其中两个有更好的分布。

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