计算化学公社

标题: Dmol3计算过程中频率计算会占大部分计算时间么 [打印本页]

作者
Author: 石头圭 时间: 2020-8-14 17:06
标题: Dmol3计算过程中频率计算会占大部分计算时间么
由于之前计算时间都比较快，没仔细看过输出文件，最近计算速度特别慢，计算过程中看输出文件时，发现大部分时间都是在计算频率，一个65原子的模型，每个原子都会进行频率优化，基本一个原子的优化要用0.45-1小时.24核计算下来要花60h左右，用的是Linux2019版MS，请问这样的速度正常么，有什么办法可以缩短计算时间么。输入文件如下

# Task parameters
Calculate                   optimize
Opt_energy_convergence       1.0000e-05
Opt_gradient_convergence    2.0000e-03 A
Opt_displacement_convergence  5.0000e-03 A
Opt_iterations             50
Opt_max_displacement       0.3000 A

# Cartesian constraints
Opt_fixed
1 XYZ
2 XYZ
4 XYZ
5 XYZ
8 XYZ
9 XYZ
12 XYZ
13 XYZ
16 XYZ
17 XYZ
20 XYZ
21 XYZ
24 XYZ
25 XYZ
28 XYZ
29 XYZ
32 XYZ
33 XYZ
36 XYZ
37 XYZ
40 XYZ
41 XYZ
44 XYZ
45 XYZ
48 XYZ
49 XYZ
52 XYZ
53 XYZ
56 XYZ
57 XYZ
60 XYZ
61 XYZ

Symmetry                   off
Max_memory                   24000
File_usage                   smart
Scf_density_convergence    1.000000e-06
Scf_charge_mixing          1.000000e-01
Scf_spin_mixing             5.000000e-01
Scf_diis                   6 pulay
Scf_iterations             2000
Preconditioner             4.000000

# Electronic parameters
Spin_polarization          unrestricted
Charge                      0
Basis                      dnp
Pseudopotential             ecp
Functional                   pbe
Aux_density                hexadecapole
Dftd                         G06
Integration_grid             fine
Occupation                   thermal 0.0050
Cutoff_Global                4.6000 angstrom
# Kpoint definition file (intervals/offset):
Kpoints                      file    2 2 1 0.0000 0.0000 0.0000
BSi.kpoints
# Calculated properties
Frequency_analysis          old

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-8-14 17:32
有限差分的方法65原子大致相当于算65*6个单点能，假定10分钟算一次SCF，大体上这个结果还是合理的。当然，freq做有限差分的时候，个别原子的移动可能确实导致会SCF收敛偏慢。周期体系的频率计算确实是十分昂贵的。

作者
Author: 石头圭 时间: 2020-8-14 17:37

卡开发发发表于 2020-8-14 17:32
有限差分的方法65原子大致相当于算65*6个单点能，假定10分钟算一次SCF，大体上这个结果还是合理的。当然，f ...

卡开发发老师，确实是用的有限差分计算的，有什么办法可以缩短计算时间么，现在这个计算速度有点过于慢了...

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-8-14 17:55

石头圭发表于 2020-8-14 17:37
卡开发发老师，确实是用的有限差分计算的，有什么办法可以缩短计算时间么，现在这个计算速度有点过于慢了 ...

有人是计算partial Hessian来代替Hessian的。一般来说，找过渡态使用初猜Hessian，用partial Hessian是合理的。若是计算热化学/热力学，确实有人这么做，但我个人觉得可靠性存在争议。

作者
Author: 石头圭 时间: 2020-8-14 17:58

卡开发发发表于 2020-8-14 17:32
有限差分的方法65原子大致相当于算65*6个单点能，假定10分钟算一次SCF，大体上这个结果还是合理的。当然，f ...

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-8-14 17:59

石头圭发表于 2020-8-14 17:58
别人给我了个方法，是使用部分hessian的方法计算非锁定的关键原子的频率，来提高计算速度。这样可行么

上面提到了，看做何种任务。

作者
Author: 石头圭 时间: 2020-8-14 18:03
本帖最后由石头圭于 2020-8-14 18:07 编辑

卡开发发发表于 2020-8-14 17:59
上面提到了，看做何种任务。

不好意思，刚刚没有刷新。我是用来找过渡态的，所以应该是可以的，那么比如我是四层原子，我只计算最上层的原子以及吸附分子频率是否足够说明问题。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-8-14 19:59

石头圭发表于 2020-8-14 18:03
不好意思，刚刚没有刷新。我是用来找过渡态的，所以应该是可以的，那么比如我是四层原子，我只计算最上层 ...

如果你是作为TS opt的Hessian初猜，原则上是可以，但选取原子的范围就非常依赖经验，最好是反应前后显著参与反应的原子尽可能多地考虑进来，否则TS opt可能会失败。

作者
Author: 石头圭 时间: 2020-8-14 20:49
本帖最后由石头圭于 2020-8-14 20:55 编辑

卡开发发发表于 2020-8-14 19:59
如果你是作为TS opt的Hessian初猜，原则上是可以，但选取原子的范围就非常依赖经验，最好是反应前后显著 ...

多谢大佬，还有个问题要麻烦一下您，我找了一下partial hessian的设置或者关键词都没有找到，请问您那里有具体步骤么

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-8-14 21:07

石头圭发表于 2020-8-14 20:49
多谢大佬，还有个问题要麻烦一下您，我找了一下partial hessian的设置或者关键词都没有找到，请问您那里 ...

选中要算Hessian的原子，DMol3 Calculations->properties->frequency里面->add，然后再勾选use partial Hessian。

作者
Author: 石头圭 时间: 2020-8-14 21:22

卡开发发发表于 2020-8-14 21:07
选中要算Hessian的原子，DMol3 Calculations->properties->frequency里面->add，然后再勾选use partial H ...

好的，万分感谢，解决了头疼了很久的问题了，谢谢！

作者
Author: 石头圭 时间: 2020-8-14 23:31

卡开发发发表于 2020-8-14 21:07
选中要算Hessian的原子，DMol3 Calculations->properties->frequency里面->add，然后再勾选use partial H ...

我弄了partial hessian以后输出文件提示了这个，这是没有使用成功的意思么

Warning:
Hessian in Internals can not be calculated for
Periodic System
DMol automatically will use Cartesian option

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-8-14 23:42

石头圭发表于 2020-8-14 23:31
我弄了partial hessian以后输出文件提示了这个，这是没有使用成功的意思么

Warning:

不是，这个就是字面翻译：周期体系Hessian没办法使用内坐标来做，只能用笛卡尔坐标，程序将会自动使用笛卡尔坐标。

作者
Author: 石头圭 时间: 2020-8-15 12:15

卡开发发发表于 2020-8-14 23:42
不是，这个就是字面翻译：周期体系Hessian没办法使用内坐标来做，只能用笛卡尔坐标，程序将会自动使用笛 ...

好的，谢谢

作者
Author: Reminder 时间: 2020-8-15 16:03
老师您好，请问用Linux系统计算Dmol3时候在.bashrc文件写入什么脚本计算？之前一直是算高斯的，算这个困扰了很久，万分感谢!

作者
Author: 石头圭 时间: 2020-8-15 18:27

Reminder 发表于 2020-8-15 16:03
老师您好，请问用Linux系统计算Dmol3时候在.bashrc文件写入什么脚本计算？之前一直是算高斯的，算这个困扰 ...

您好，我目前也没在Linux上用过脚本，所以可能回答不了你这个，我一般是在windows上建立输入文件，然后在linux上算的

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-8-15 18:39

Reminder 发表于 2020-8-15 16:03
老师您好，请问用Linux系统计算Dmol3时候在.bashrc文件写入什么脚本计算？之前一直是算高斯的，算这个困扰 ...

执行方式：/MS目录/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh -np 核心数任务名（不带GeomOpt之类的后缀）
挂/MS目录/etc/DMol3/bin应该就行，但我觉得没必要。

作者
Author: 石头圭 时间: 2020-8-15 18:44

Reminder 发表于 2020-8-15 16:03
老师您好，请问用Linux系统计算Dmol3时候在.bashrc文件写入什么脚本计算？之前一直是算高斯的，算这个困扰 ...

您好，我没用这个做过脚本计算，所以也没办法回答你，我是用windows做好输入文件后，在linux上计算的。

作者
Author: 石头圭 时间: 2020-8-15 21:06

Reminder 发表于 2020-8-15 16:03
老师您好，请问用Linux系统计算Dmol3时候在.bashrc文件写入什么脚本计算？之前一直是算高斯的，算这个困扰 ...

您好，我是用Windows版建好输入文件提交到Linux计算的，目前也没有用过脚本，所以帮不上你..

作者
Author: 石头圭 时间: 2020-8-16 22:19

Reminder 发表于 2020-8-15 16:03
老师您好，请问用Linux系统计算Dmol3时候在.bashrc文件写入什么脚本计算？之前一直是算高斯的，算这个困扰 ...

我是用windows版建立的输入文件，然后提交到Linux上计算，目前也没用过脚本，所以...

作者
Author: Reminder 时间: 2020-8-17 09:19

卡开发发发表于 2020-8-15 18:39
执行方式：/MS目录/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh -np 核心数任务名（不带GeomOpt之类的后缀）
挂/MS目录/ ...

好的谢谢您，问题已解决，我的也跟您的执行方式一样，感谢

作者
Author: 石头圭 时间: 2020-8-17 16:27

Reminder 发表于 2020-8-15 16:03
老师您好，请问用Linux系统计算Dmol3时候在.bashrc文件写入什么脚本计算？之前一直是算高斯的，算这个困扰 ...

我是先用windows版建立好输入文件，然后在Linux上计算的，也没用过脚本，所以这个也不会，你可以发帖问问

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)