计算化学公社

标题: 求助：VMD绘制静电势图时载入ESP的volume数据失败 [打印本页]

作者
Author: ChunLinX 时间: 2020-8-15 12:26
标题: 求助：VMD绘制静电势图时载入ESP的volume数据失败
请教各位老师和前辈，我尝试用Multiwfn+VMD绘制静电势图，使用的是老师的帖子：http://bbs.keinsci.com/thread-18150-1-1.html中的脚本。
同样的方法，在画其它体系的时候没有出现任何错误，但是有一个体系无法导入*_esp.cub文件中的volume信息。
屏幕输出“cubeplugin) trying to read cube data set 0”和“ERROR) Error reading volumetric data set 1”
检查输出文件发现计算没有报错，输出cub的过程也没有出错。
我也尝试过手动导入VMD，也出现同样的错误，而其余体系没有出错。
附件中是相关的文件，*_esp.cube是用cubegen建立的，*_den.cub是用Multiwfn建立的。
请问应该如何解决呢？谢谢！

作者
Author: ggdh 时间: 2020-8-15 13:21
本帖最后由 ggdh 于 2020-8-15 13:23 编辑

esp 根据格点定义应该有90416行
但是实际esp数据只有90344行。
因为差数据，所以会加载错误。我不知道你是怎么产生这个问题的。
要临时解决这个问题，用notepad++打开cube文件，复制最后一个9行的数据块8次，补充到90416行即可。
但是我建议你最好找到问题根源。因为目前无法保证你缺失的数据是不是重要数据。

作者
Author: ChunLinX 时间: 2020-8-15 14:16

ggdh 发表于 2020-8-15 13:21
esp 根据格点定义应该有90416行
但是实际esp数据只有90344行。
因为差数据，所以会加载错误。我不知道你 ...

谢谢老师，我试了修改之后就能画了。我主要是为了绘制图像，修改之后看起来比较正常。
我也不清楚为什么会产生这种情况，我试过用cubegen生成了几次都是这样的。
也试过重新计算单点，结果还是一样的。
再次感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-16 11:39
上传cub这种较大的本文文件前记得先压缩。

尝试改用Multiwfn主功能5计算静电势格点数据，设置格点的时候选择8 Use grid setting of another cube file，然后选择Y6-s_den.cub，来得到与之格点设置相同的静电势的cub文件。

作者
Author: ChunLinX 时间: 2020-8-17 18:32

sobereva 发表于 2020-8-16 11:39
上传cub这种较大的本文文件前记得先压缩。

尝试改用Multiwfn主功能5计算静电势格点数据，设置格点的时候 ...

抱歉sob老师，我下次会注意的。
谢谢您的建议，我之前没有通过Multiwfn调用的cubegen，因为我是在公共集群上计算的，而Multiwfn是安装在Windows系统上的，对我这个体系用自己的电脑算太慢了。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-17 21:41

ChunLinX 发表于 2020-8-17 18:32
抱歉sob老师，我下次会注意的。
谢谢您的建议，我之前没有通过Multiwfn调用的cubegen，因为我是在公共集 ...

Multiwfn linux的noGUI版在集群上安装极为容易，看手册2.1.2节，根本都不需要装任何额外的库

作者
Author: ChunLinX 时间: 2020-8-18 17:29

sobereva 发表于 2020-8-17 21:41
Multiwfn linux的noGUI版在集群上安装极为容易，看手册2.1.2节，根本都不需要装任何额外的库

谢谢sob老师，已经安装上了

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