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标题: gromacs模拟有机小分子预组装过程求助 [打印本页]

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Author: 华理小妮 时间: 2020-8-15 22:34
标题: gromacs模拟有机小分子预组装过程求助
本帖最后由华理小妮于 2020-8-16 14:58 编辑

我是做两个有机小分子（A、B)在氯仿溶液中的预组装体系的，在预组装过程中我们主要想尽可能多的产生A-B复合物，尽可能少产生A-A，B-B复合物。所以我先用Gaussian软件在
#P B3LYP/6-311+G** em=GD3BJ opt freq scrf(SMD,solvent=chloroform)

#P B3LYP/gen em=GD3BJ scrf(SMD,solvent=chloroform)
@ma-TZVP.txt/N

关键词下计算了这三种复合物的结合单点能，计算结果显示A-B复合物结合单点能高于A-A和B-B复合物之间的结合单点能。
之后我用gromacs模拟了这两种有机小分子的预组装过程，分子动力学研究是针对一个由1199个离散分子组成的系统进行的。所研究的分子系统是用GAFF力场建立的。RESP0.5电荷法分配部分的原子电荷。最初，跑了1ns，使混合物能量最小化，以去除不良的范德华接触。在这些能量最小化程序之后，将系统以恒定体积从0K加热到278K,以确保系统进化以获得稳定的密度和能量。最后，在NVT条件下，npt运行了10ns。MD运行了70ns,按理来说运行的步长足够了。但是用VMD软件查看md.gro文件时发现，A-B结合方式并不是按照Gaussian最终模拟显示的那样，gaussian模拟的A-B复合物两个分子之间是产生了两个氢键的，但是gromacs显示的并不是这样，只形成了一个氢键。是gromacs没有模拟结束吗？
想请问一下各位老师们。
第一张图是A分子用gaussian软件优化后的结构
第二张图是B分子用gaussian软件优化后的结构
第三张图是A-B复合物优化后的结构

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-8-16 10:19
你先检查一下第三个结构有没有proton transfer吧，要是羧基氢转移了，那MD里的模型就不太好办了。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-16 11:45
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“gromacs 模拟有机小分子预组装过程”改了，以后务必注意

发图的时候要解释清楚每张图的含义，别让别人猜

用了gen的时候，说清楚到底用了什么基组

最后也没说清楚GROMACS模拟出来的是什么样

作者
Author: 华理小妮 时间: 2020-8-16 15:25

sobereva 发表于 2020-8-16 11:45
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反 ...

sober老师，不好意思，我刚才修改了一下问题，请您再帮我看一下谢谢，我报名了gromacs的初级培训班，想去北京问您呢，但是学校不让去，只能靠您发的讲义学习了。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-17 08:24
结合具体结构进行分析。本身热运动就会明显破坏氢键。并且量化优化的结构中质子转移很明显，经典力场的动力学模拟体现不出这点，可考虑在模拟时让体系当成阴阳离子来考虑。

作者
Author: 华理小妮 时间: 2020-8-17 10:28

sobereva 发表于 2020-8-17 08:24
结合具体结构进行分析。本身热运动就会明显破坏氢键。并且量化优化的结构中质子转移很明显，经典力场的动力 ...

sober老师，您建议的让体系当成阴阳离子来考虑，这与原来的区别在哪呢，是小分子top文件的区别吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-17 11:56

华理小妮发表于 2020-8-17 10:28
sober老师，您建议的让体系当成阴阳离子来考虑，这与原来的区别在哪呢，是小分子top文件的区别吗？

显然是

作者
Author: 华理小妮 时间: 2020-8-20 18:02

sobereva 发表于 2020-8-17 11:56
显然是

sober老师，您建议在模拟时让体系当成阴阳离子来考虑，可是考虑到我模拟的溶剂环境是氯仿，这样的话当成阴阳离子和实际的情况好像不相符，不知道是不是我理解错您的意思了。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-28 04:06

华理小妮发表于 2020-8-20 18:02
sober老师，您建议在模拟时让体系当成阴阳离子来考虑，可是考虑到我模拟的溶剂环境是氯仿，这样的话当成 ...

氯仿的情况羧基不会脱质子，氨基也不会结合质子

作者
Author: 华理小妮 时间: 2020-8-29 23:11

sobereva 发表于 2020-8-28 04:06
氯仿的情况羧基不会脱质子，氨基也不会结合质子

sober老师，我在用gaussian软件在氯仿溶剂下对这两个分子的复合物进行结构优化的时候，最终的复合物构型就是存在了质子解离的情况，但是您说经典力场模拟体现不出这一点，您建议让体系当成阴阳离子，但是阴阳离子和实际的情况不相符，因为氯仿的情况羧基不会脱质子，氨基也不会结合质子。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-30 14:09

华理小妮发表于 2020-8-29 23:11
sober老师，我在用gaussian软件在氯仿溶剂下对这两个分子的复合物进行结构优化的时候，最终的复合物构型 ...

氯仿下做MD时，两部分的拓扑文件都以中性状态来构建

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