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标题: 如何根据Metadynamics后处理得到的FES图确定局部能量最低点的构象？ [打印本页]

作者
Author: lemalama 时间: 2020-8-16 11:04
标题: 如何根据Metadynamics后处理得到的FES图确定局部能量最低点的构象？
用CP2K联合plumed进行基于Metadynamics的AIMD模拟后，后处理得到的FES图中可以看到局部能量最低点，如下图左下角AB点和右上角AaDB点（Angewandte Chemie 131.12 (2019): 4016-4020.），这里选用的CVs是两个不同的配位数（coordination number），那么有什么方法可以确定这两个局部能量最低点（以及过渡点TS1）的分子构型吗，还是说模拟之前就应该已知这些点的分子构型？
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作者
Author: youyno 时间: 2020-8-17 10:28
根据所在点的坐标值（BN和HN）在COLVAR中找到相对应的时间点，然后根据该时间点到轨迹中找到对应的结构，通常只能找到大致对应的结构，而无法精确定位，因为这个势能面是重构过的

作者
Author: lemalama 时间: 2020-8-17 10:43

youyno 发表于 2020-8-17 10:28
根据所在点的坐标值（BN和HN）在COLVAR中找到相对应的时间点，然后根据该时间点到轨迹中找到对应的结构，通 ...

谢谢老师！我有个想法是，在做well-tempered Metadynamics时，在局部能量最低点处，偏置高斯势的高度应该会从较小值突变成较大值。因此，可以先用您所述方法找到大致位置，再根据高斯势的高度变化点找到更准确的时间点。不过我还没跑出来高斯势高度变化点，等跑出来后试试能不能精确定位。

作者
Author: 达斯维达尼亚 时间: 2021-11-10 16:26
请问楼主这个后处理解决了吗，我目前也无法找到对应的结构

作者
Author: biogon 时间: 2021-11-10 17:20

达斯维达尼亚发表于 2021-11-10 16:26
请问楼主这个后处理解决了吗，我目前也无法找到对应的结构

根据COLVAR找到时间点以及对应的结构，做几何优化和找过渡态不就有精确结构了

作者
Author: 达斯维达尼亚 时间: 2021-11-10 21:22

biogon 发表于 2021-11-10 17:20
根据COLVAR找到时间点以及对应的结构，做几何优化和找过渡态不就有精确结构了

据我所知，graph后得到的CV值是重构过的，不能精确的和相应的时间点的CV值对应上。

作者
Author: biogon 时间: 2021-11-10 22:53

达斯维达尼亚发表于 2021-11-10 21:22
据我所知，graph后得到的CV值是重构过的，不能精确的和相应的时间点的CV值对应上。

是的，不过一般情况下将其作为初猜是够用的

作者
Author: 达斯维达尼亚 时间: 2021-11-11 10:16

biogon 发表于 2021-11-10 22:53
是的，不过一般情况下将其作为初猜是够用的

嗯嗯目前只能是这么操作了。不知道大佬知不知道graph.popt的用法，有一个-find-path -point-a -point-b的命令，我试了很久也不知道具体是怎么用的。

作者
Author: Aridea 时间: 2021-12-6 20:39

达斯维达尼亚发表于 2021-11-11 10:16
嗯嗯目前只能是这么操作了。不知道大佬知不知道graph.popt的用法，有一个-find-path -point-a -point-b的 ...

+1 不知道这个势能面两点之间路径怎么搜索

作者
Author: yjb 时间: 2022-5-4 23:32
您好，请问你是通过怎么样的方法进行的后处理得到这样的图，麻烦您可以指导我一下吗？感谢。

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