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标题: 求助水盒子nvt平衡问题 [打印本页]

作者
Author: lqhenwunai 时间: 2020-8-16 11:07
标题: 求助水盒子nvt平衡问题
本帖最后由 lqhenwunai 于 2020-8-16 11:15 编辑

大家好，正在学习使用gromacs。请问一下，我现在是392个水分子在300K下nvt系综下跑，用的是tip3p力场。之后又续跑到100ns。但是总能量还是显示没有收敛。请问这样正常么？如果不正常，请问应该检查哪里呢？总能量变化如下图。
以下是我的mdp文件：
title                = water in a box

; Run parameters
integrator             = md       ; leap-frog integrator
nsteps                = 100000    ; 2 * 100000 = 200 ps
dt                   = 0.002    ; 2 fs
; Output control
nstxout                = 500    ; save coordinates every 1.0 ps
nstvout                = 500    ; save velocities every 1.0 ps
nstenergy             = 500    ; save energies every 1.0 ps
nstlog                = 500    ; update log file every 1.0 ps
; Bond parameters
continuation          = no       ; first dynamics run
cutoff-scheme          = Verlet ; Buffered neighbor searching
ns_type                = grid    ; search neighboring grid cells
nstlist                = 10       ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet
rcoulomb             = 1.0    ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw                   = 1.0    ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
DispCorr             = EnerPres  ; account for cut-off vdW scheme
; Electrostatics
coulombtype          = PME    ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order             = 4       ; cubic interpolation
fourierspacing       = 0.16    ; grid spacing for FFT

; Pressure coupling is off
pcoupl                = no       ; no pressure coupling in NVT
; Periodic boundary conditions
pbc                   = xyz    ; 3-D PBC
; Velocity generation
gen_vel                = yes    ; assign velocities from Maxwell distribution
gen_temp             = 300    ; temperature for Maxwell distribution
gen_seed             = -1       ; generate a random seed

作者
Author: jimulation 时间: 2020-8-16 11:10
预平衡阶段改用NPT试试？

作者
Author: lqhenwunai 时间: 2020-8-16 11:15

jimulation 发表于 2020-8-16 11:10
预平衡阶段改用NPT试试？

谢谢。不过NPT是不是更不容易平衡？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-16 11:16
用NVT完全莫名其妙
若无特殊情况一律用NPT，不控压盒子怎么自发调节到合适？
水盒子这么简单的体系跑个几百ps就足够充分平衡了。

作者
Author: jimulation 时间: 2020-8-16 11:17

lqhenwunai 发表于 2020-8-16 11:15
谢谢。不过NPT是不是更不容易平衡？

NPT用来把体系的密度调整到相对合理，你贴出的mdp应该就是这个阶段的，200ps

作者
Author: lqhenwunai 时间: 2020-8-16 11:25

sobereva 发表于 2020-8-16 11:16
用NVT完全莫名其妙
若无特殊情况一律用NPT，不控压盒子怎么自发调节到合适？
水盒子这么简单的体系跑个几 ...

将来我是要在给定体积下进行模拟，所以需要固定体积。

作者
Author: lqhenwunai 时间: 2020-8-16 11:37

jimulation 发表于 2020-8-16 11:17
NPT用来把体系的密度调整到相对合理，你贴出的mdp应该就是这个阶段的，200ps

好的。谢谢。我试一下。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-16 11:50

lqhenwunai 发表于 2020-8-16 11:25
将来我是要在给定体积下进行模拟，所以需要固定体积。

你也得先平衡了才能做NVT模拟，盒子大小都不合适，做NVT有什么意义？
如果你就是想模拟给定体积的盒子下的情况，发帖时就必须明确说清楚。

另外，模拟纯水属性不要用tip3p这种严重过时的水模型，发文章等着挨批。

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