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标题: psi4如何计算分子的波函数 [打印本页]

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Author: cloudfire 时间: 2020-8-17 15:02
标题: psi4如何计算分子的波函数
我是做量子计算的，这方面完全是个新人，老师完全让我自学量化的内容，看文献决定使用psi4。所以我想请教一下如何计算一个简单分子的波函数，或者说计算哈密顿量的矩阵元？假如大佬们有指点我快速入门的方法就更好了.我大概用到的分子很小，简单的氢分子这样的。

作者
Author: doublezhang 时间: 2020-8-17 18:41
https://psi4-xdh.readthedocs.io/zh_CN/latest/motive.html
我觉得你可以参考这篇教程？

作者
Author: cloudfire 时间: 2020-8-17 19:30

doublezhang 发表于 2020-8-17 18:41
https://psi4-xdh.readthedocs.io/zh_CN/latest/motive.html
我觉得你可以参考这篇教程？

谢谢，粗略看感觉非常有用，我好好研究研究

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-17 19:53
如果不熟悉量化，建议先把最常用的Gaussian弄会

若想要Fock或KS矩阵，用Gaussian的IOp就能直接输出，仔细看
Gaussian中有用的IOp一览
http://sobereva.com/93（http://bbs.keinsci.com/thread-92-1-1.html）

获得波函数和获得哈密顿矩阵是两回事。波函数用Gaussian直接就能输出，参考
高斯fch文件与wfn波函数文件的介绍及转换方法
http://sobereva.com/55
利用wfn文件计算电子密度的代码的编写方法
http://sobereva.com/182

作者
Author: cloudfire 时间: 2020-8-18 09:38

sobereva 发表于 2020-8-17 19:53
如果不熟悉量化，建议先把最常用的Gaussian弄会

若想要Fock或KS矩阵，用Gaussian的IOp就能直接输出，仔 ...

谢谢社长但是我需要了解的是二次量子化后的单体算子和二体算子的矩阵元。然而我们老师应该不会给我买高斯，所以我只能学习psi4

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-18 09:59

cloudfire 发表于 2020-8-18 09:38
谢谢社长但是我需要了解的是二次量子化后的单体算子和二体算子的矩阵元。然而我们老师应该不会给我买高 ...

免费量化程序明明一大把，怎么得到结论不用Gaussian就“只能学习psi4”？
(, 下载次数 Times of downloads: 67)

ORCA用着极为方便，量化领域流行程度仅次于Gaussian而远高于PSI4。
波函数可以导出为.molden格式，Fock等各种矩阵也都有相应关键词能给你输出

另外，你实际要得到的东西和你标题和1L写的明显不一样。

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Author: cloudfire 时间: 2020-8-18 19:13

sobereva 发表于 2020-8-18 09:59
免费量化程序明明一大把，怎么得到结论不用Gaussian就“只能学习psi4”？

好的社长，我是查阅论文发现他们做量子计算大部分都是用的psi4的,对这方面没有了解太多

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Author: 喵星大佬 时间: 2020-8-19 15:21

cloudfire 发表于 2020-8-18 19:13
好的社长，我是查阅论文发现他们做量子计算大部分都是用的psi4的,对这方面没有了解太多

PSI4做SAPT很好，各种DFT和后HF，激发态也还可以，速度比较快，不过没有好的图形界面，折腾起来比较麻烦，再就是手册写的也不咋地，我到现在没看懂这玩意振动分析、找过渡态之类的任务怎么做。。。。。

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Author: sobereva 时间: 2020-8-28 04:57

cloudfire 发表于 2020-8-18 19:13
好的社长，我是查阅论文发现他们做量子计算大部分都是用的psi4的,对这方面没有了解太多

这主要是因为PSI4是基于Python（计算密集型部分还是靠C++以及外部的库），利用起来灵活度高，容易扩展、提取数据、写插件之类的，被搞cutting-edge玩意的一些人青睐，但在主流应用性量化计算领域属于很小众程序。

作者
Author: cloudfire 时间: 2020-9-9 14:17

喵星大佬发表于 2020-8-19 15:21
PSI4做SAPT很好，各种DFT和后HF，激发态也还可以，速度比较快，不过没有好的图形界面，折腾起来比较麻烦 ...

请问激发态怎么做，可以讲解一下吗

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Author: 喵星大佬 时间: 2020-9-9 16:44
本帖最后由喵星大佬于 2020-9-9 16:52 编辑

cloudfire 发表于 2020-9-9 14:17
请问激发态怎么做，可以讲解一下吗

http://psicode.org/psi4manual/1. ... luster-calculations
看这里面就行了，各种EOM-CC方法，计算速度还蛮快的，但是反正都算不动大体系

作者
Author: cloudfire 时间: 2020-9-9 19:41

喵星大佬发表于 2020-9-9 16:44
http://psicode.org/psi4manual/1. ... luster-calculations
看这里面就行了，各种EOM-CC方法，计算速度 ...

我有尝试用不可约表示算激发态，但我发现只能算氢分子的双激发态，单充激发态无法计算。文件如下：
1）memory 500 mb
   molecule h2 {
   0 1
   H
   H 1 0.74
   }
   set{
   basis 3-21g
   docc [0,0,0,0,0,0,0,0]
   socc [1,0,0,0,0,1,0,0]
   }
   energy('hf')
2）memory 500 mb
   molecule h2 {
   0 1
   H
   H 1 0.74
   }
   set{
   basis 3-21g
   docc [1,0,0,0,0,0,0,0]
   #socc [1,0,0,0,0,1,0,0]
   }
   energy('hf')
3）memory 500 mb
   molecule h2 {
   0 1
   H
   H 1 0.74
   }
   set{
   basis 3-21g
   docc [0,0,0,0,0,1,0,0]
   #socc [1,0,0,0,0,1,0,0]
   }
   energy('hf')
第一个按道理是单激发的，后两个是基态和双激发态的不可约表示
另外eom-ccsd咋看单电子和两电子能啊

作者
Author: kunkun 时间: 2020-11-10 23:22

sobereva 发表于 2020-8-28 04:57
这主要是因为PSI4是基于Python（计算密集型部分还是靠C++以及外部的库），利用起来灵活度高，容易扩展、 ...

sob老师，求问使用psi4的scf/cc-pvdz做分子构型和电荷的优化是否靠谱？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-11 00:30

kunkun 发表于 2020-11-10 23:22
sob老师，求问使用psi4的scf/cc-pvdz做分子构型和电荷的优化是否靠谱？谢谢！

scf如果是指DFT，基本可以，如果是HF绝对不行
如果是算拟合静电势电荷，cc-pVDZ太low了，应当用3-zeta档次基组。如果是ADCH之类对波函数敏感性很低的方法，DFT/cc-pVDZ可以接受

作者
Author: kunkun 时间: 2020-11-11 10:43

sobereva 发表于 2020-11-11 00:30
scf如果是指DFT，基本可以，如果是HF绝对不行
如果是算拟合静电势电荷，cc-pVDZ太low了，应当用3-zeta档 ...

谢谢老师！

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-11-11 12:00
只是需要一个积分库呗……那不是PySCF就是PSI4了

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