计算化学公社

标题: 求助gromacs伞形采样wham分析出错 [打印本页]

作者
Author: chengyuseu 时间: 2020-8-17 16:30
标题: 求助gromacs伞形采样wham分析出错
各位老师好，我在伞形采样wham分析时，输入下面的命令
gmx_mpiwham -it tpr.dat -if pullf.dat -o profile.xvg -hist histo.xvg -unit kCal
立马出现右边的警告，生成的profile.xvg文件中的第二列都是“nan”，如下左边图
(, 下载次数 Times of downloads: 50) (, 下载次数 Times of downloads: 59)

作者
Author: yhj0219 时间: 2021-3-9 14:07
您好，请问您的“gromacs伞形采样wham分析出错，生成的profile.xvg文件中的第二列都是“-nan”的问题解决了吗？

作者
Author: Gina410412 时间: 2023-7-18 22:56
您好，请问nan报错的问题解决了吗

作者
Author: 那年冬天风在吹 时间: 2024-8-23 10:18
请问问题解决了吗？

作者
Author: 数据挖掘 时间: 2025-8-21 17:44

那年冬天风在吹发表于 2024-8-23 10:18
请问问题解决了吗？

-b    <real>          (50)
         First time to analyse (ps)
加上 -b 选项试试。  gmx_mpiwham -it tpr.dat -if pullf.dat -o profile.xvg -hist histo.xvg -unit kCal -b 1

作者
Author: 那年冬天风在吹 时间: 2025-8-22 17:50

数据挖掘发表于 2025-8-21 17:44
-b                (50)
         First time to analyse (ps)
加上 -b 选项试试。  gmx_mpiwham ...

嗯嗯，感谢

作者
Author: 数据挖掘 时间: 2025-8-27 10:06

那年冬天风在吹发表于 2025-8-22 17:50
嗯嗯，感谢

默认是从50ps 开始分析的，如果你的窗口模拟时长小于50ps 会没有数据，-b 修改开始分析时间。建议延长模拟时长，采样更充分。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)