计算化学公社

标题: 求助 npt水盒子模拟问题 [打印本页]

作者
Author: lqhenwunai 时间: 2020-8-17 16:36
标题: 求助 npt水盒子模拟问题
大家好，正在学习使用gromacs。请问一下，我现在是370个水分子在300K下npt系综下跑，用的是tip4p力场,盒子大小是2.2*2.2*2.2。总共跑了3ns，但是总能量是上升的。查看npt.gro文件，看起来盒子也没有散掉。请问是哪里出错了呢？下面是我的npt.mdp
title    = NPT Equilibration
; Run parameters
integrator  = md       ; leap-frog integrator
nsteps    = 1500000 ; 2 * 1500000 = 1000 ps (3 ns)
dt       = 0.002    ; 2 fs
; Output control
nstxout    = 100    ; save coordinates every 0.2 ps
nstvout    = 100    ; save velocities every 0.2 ps
nstenergy = 100    ; save energies every 0.2 ps
nstlog    = 100    ; update log file every 0.2 ps
; Bond parameters
continuation          = no    ; Restarting after NVT
; Neighborsearching
ns_type    = grid    ; search neighboring grid cels
nstlist    = 5       ; 10 fs
rlist    = 1.0    ; short-range neighborlist cutoff (in nm)
rcoulomb = 1.0    ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw       = 1.0    ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype    = PME    ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order    = 4       ; cubic interpolation
fourierspacing  = 0.16    ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling is on
; Pressure coupling is on
; Periodic boundary conditions
pbc       = xyz    ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr = EnerPres  ; account for cut-off vdW scheme
; Velocity generation
gen_vel    = yes       ; Velocity generation is off
gen_temp = 300    ; temperature for Maxwell distribution
gen_seed = -1       ; generate a random seed

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2020-8-17 17:04
这是NVE吧既不控温也不控压

作者
Author: lqhenwunai 时间: 2020-8-17 19:48

wuzhiyi 发表于 2020-8-17 17:04
这是NVE吧既不控温也不控压

谢谢。请问应该是怎么设置呢？我是根据tutorial自己改的，并不确定是否改的正确。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-17 20:10
mdp里根本都没体现压浴和热浴设定，显然不是NPT。模拟过程由于非键作用计算误差的累积，导致体系能量不断变化

作者
Author: lqhenwunai 时间: 2020-8-18 09:15

sobereva 发表于 2020-8-17 20:10
mdp里根本都没体现压浴和热浴设定，显然不是NPT。模拟过程由于非键作用计算误差的累积，导致体系能量不断变 ...

谢谢。我是照着tutorial里的内容改的，然后把不相关的给注释掉。请问压浴和热浴的关键词是哪个？是通过tcoupl和pcoupl指定么？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-18 09:22

lqhenwunai 发表于 2020-8-18 09:15
谢谢。我是照着tutorial里的内容改的，然后把不相关的给注释掉。请问压浴和热浴的关键词是哪个？是通过tc ...

是

作者
Author: lqhenwunai 时间: 2020-8-18 10:26

sobereva 发表于 2020-8-18 09:22
是

谢谢！请问这样写合理吗？对于一个普通的npt来说
; Temperature coupling is on
tcouple=Berendsen
ref_t  =300
tau_t  =0.1                ;time constant in ps
; Pressure coupling is on
pcouple=Berendsen
tau_p  =0.1
pcoupletype=isotropic
ref_p  =1                ; in bar

请外请问需要指定compressibililty吗？如果需要，怎么确定相应的值呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-28 05:08

lqhenwunai 发表于 2020-8-18 10:26
谢谢！请问这样写合理吗？对于一个普通的npt来说
; Temperature coupling is on
tcouple=Berendsen

控压必须指定可压缩系数
如果是液体、固体，一般就设标况下水的值

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