计算化学公社

标题: 如何在gromacs结果分析中得到CDF（combined distribution function）？ [打印本页]

作者
Author: sungl123456 时间: 2020-8-17 16:54
标题: 如何在gromacs结果分析中得到CDF（combined distribution function）？
在有机小分子的MD文献中我看到在分析完RDF后会接着分析CDF（combined distribution function），能够得到如下图所示的图，下图是文献中关于讨论阴离子[DMP]-和甲醇分子的氧原子之间的CDF图，想请教老师如何得到这个图的

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-17 20:14
自己写程序，对每一帧都计算r1和r2值，得到散点数据，即每一帧对应一个(r1,r2)点。然后转化成不同r1,r2位置的概率密度数据，在sigmaplot、origin之类程序里绘制成填色图就完了

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2020-8-19 02:48
我以前写过一个awk脚本用来绘制free energy surface。你要是想在我的脚本的基础上修改的话，你自己重新写一个END部分。
(, 下载次数 Times of downloads: 42)

作者
Author: ulosggs 时间: 2020-8-19 07:42
这个图明显是用travis 做的
https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ci200217w

作者
Author: sungl123456 时间: 2020-8-19 10:42

Daniel_Arndt 发表于 2020-8-19 02:48
我以前写过一个awk脚本用来绘制free energy surface。你要是想在我的脚本的基础上修改的话，你自己重新写一 ...

表示感谢

作者
Author: qiyan 时间: 2022-6-13 14:28
同学你这个问题解决了吗，你是自己写的脚本，还是travis做的啊

作者
Author: Jotaro 时间: 2022-6-13 14:49

qiyan 发表于 2022-6-13 14:28
同学你这个问题解决了吗，你是自己写的脚本，还是travis做的啊

TRAVIS简单些不需要自己写脚本，麻烦的地方在于TRAVIS需要pdb格式的轨迹，同时需要gnuplot绘图

作者
Author: qiyan 时间: 2022-6-14 19:44

Jotaro 发表于 2022-6-13 14:49
TRAVIS简单些不需要自己写脚本，麻烦的地方在于TRAVIS需要pdb格式的轨迹，同时需要gnuplot绘图

感谢大佬的回答，我在travis上试了一下CDF制作，然后用gromacs打开是这样的，生成的matrix.csv、triples.csv和.agr文件怎么处理呢，gnuplot这个软件没用过，导入什么文件进行绘图呢

作者
Author: neocc 时间: 2022-6-14 21:06
本帖最后由 neocc 于 2022-6-14 21:08 编辑

qiyan 发表于 2022-6-14 19:44
感谢大佬的回答，我在travis上试了一下CDF制作，然后用gromacs打开是这样的，生成的matrix.csv、triples. ...

gnuplot 官方有个demo网站，里面有个等高线绘制案例，不知道能否满足arg文件的要求，画出cdf
http://gnuplot.sourceforge.net/demo_5.4/contours.html

作者
Author: Jotaro 时间: 2022-6-15 18:42

qiyan 发表于 2022-6-14 19:44
感谢大佬的回答，我在travis上试了一下CDF制作，然后用gromacs打开是这样的，生成的matrix.csv、triples. ...

TRAVIS计算完成后会有对应的gnuplot绘图脚本，安装后运行就可以了。windows下双击脚本就可绘图，linux忘记怎么用了

作者
Author: qiyan 时间: 2022-6-16 14:05
本帖最后由 qiyan 于 2022-10-25 15:55 编辑

Jotaro 发表于 2022-6-15 18:42
TRAVIS计算完成后会有对应的gnuplot绘图脚本，安装后运行就可以了。windows下双击脚本就可绘图，linux忘 ...

谢谢大佬，在win版本双击.gp脚本

作者
Author: qiyan 时间: 2022-10-25 15:54

Jotaro 发表于 2022-6-15 18:42
TRAVIS计算完成后会有对应的gnuplot绘图脚本，安装后运行就可以了。windows下双击脚本就可绘图，linux忘 ...

大佬，再次打扰一下。审稿人让CDF做出的图统一标尺（不同浓度下的），如何修改Travis生成的脚本文件，达到这个目的呢

作者
Author: Jotaro 时间: 2022-10-26 14:12

qiyan 发表于 2022-10-25 15:54
大佬，再次打扰一下。审稿人让CDF做出的图统一标尺（不同浓度下的），如何修改Travis生成的脚本文件，达 ...

修改gnuplot脚本里面的级别

作者
Author: qiyan 时间: 2022-10-26 16:02
本帖最后由 qiyan 于 2022-10-26 16:15 编辑

Jotaro 发表于 2022-10-26 14:12
修改gnuplot脚本里面的级别

大佬，不太明白。请详细指点一下吧，非常感谢。是生成的.gp文件吗，修改哪里啊。

作者
Author: Jotaro 时间: 2022-11-4 17:39

qiyan 发表于 2022-10-26 16:02
大佬，不太明白。请详细指点一下吧，非常感谢。是生成的.gp文件吗，修改哪里啊。

s_xtics,s_mxtics

作者
Author: qiyan 时间: 2022-11-7 10:11
本帖最后由 qiyan 于 2022-11-7 10:22 编辑

Jotaro 发表于 2022-11-4 17:39
s_xtics,s_mxtics

谢谢大佬，这不是修改图的X坐标最大距离和间距吗。我想统一的是那个能量标尺最大值一致，不同浓度下相同CDF的这个标尺一致。我现在得到的图，标尺最大值不一样，怎么处理呢

作者
Author: Jotaro 时间: 2022-11-7 14:13

qiyan 发表于 2022-11-7 10:11
谢谢大佬，这不是修改图的X坐标最大距离和间距吗。我想统一的是那个能量标尺最大值一致，不同浓度下相同C ...

那就将s_zauto设置为0，也就是手动指定上下限，将s_zmax和s_zmin设置为你要设定的最大值和最小值，记得修改ztics和mztics，这样可以做到不同体系统一颜色标尺最大值和最小值

作者
Author: qiyan 时间: 2022-11-7 14:55

Jotaro 发表于 2022-11-7 14:13
那就将s_zauto设置为0，也就是手动指定上下限，将s_zmax和s_zmin设置为你要设定的最大值和最小值，记得修 ...

非常感谢，成功了。太谢谢您了

作者
Author: 小小学习者 时间: 2024-3-28 15:00
本帖最后由小小学习者于 2024-3-28 15:01 编辑

Jotaro 发表于 2022-6-15 18:42
TRAVIS计算完成后会有对应的gnuplot绘图脚本，安装后运行就可以了。windows下双击脚本就可绘图，linux忘 ...

大佬，您好！打扰啦，想向您请教一下，最近在学习用travis计算组合分布函数（同样也是两种径向分布函数），也想得到楼主所提的这种图像，最后计算结束之后得到了.gp脚本文件，但是双击之后却打不开，提示window无法打开此文件，没有显示安装运行，请问出现这种情况是不是脚本有问题呀？下图是windows提示和用qtgrace做的图。最后附上得到的.gp文件，这种情况需要怎么去解决呢？万分感激！

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作者
Author: Jotaro 时间: 2024-4-8 16:18

小小学习者发表于 2024-3-28 15:00
大佬，您好！打扰啦，想向您请教一下，最近在学习用travis计算组合分布函数（同样也是两种径向分布函数） ...

gp文件是gnuplot的绘图文件，windows安装gnuplot之后将gp文件的打开方式改为gnuplot，然后双击就会自动在当前文件夹绘图并输出png图片

作者
Author: 小小学习者 时间: 2024-4-9 15:54

Jotaro 发表于 2024-4-8 16:18
gp文件是gnuplot的绘图文件，windows安装gnuplot之后将gp文件的打开方式改为gnuplot，然后双击就会自动在 ...

好的，万分感谢。刚刚试试了下，可以双击啦。

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