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标题: gromacs不同力场如何统一？ [打印本页]

作者
Author: 一个小瓜皮 时间: 2020-8-17 20:03
标题: gromacs不同力场如何统一？
我需要拼接多肽和PEG，PEG是从ATB上下载的，而多肽是先用PYMOL拼接再用pdb2gmx生成的，所以它们的力场并不统一，PEG力场格式是gromacs格式的，而多肽的力场格式是OLPS的，我该如何把这两个力场耦合呢？或者我该如何得到PEG的OLPS格式/多肽的gromacs呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-17 20:21
搞清楚GROMACS和GROMOS之间的关系。你的问法很莫名其妙。而且那叫OPLS不叫OLPS

你用GROMACS跑模拟，当然拓扑文件只能是GROMACS的格式。至于里面是什么力场的参数是另一码事。OPLS和GROMOS力场没法简单兼容。多肽用GROMOS力场就完了。若多肽非要用OPLS-AA，小分子就用ligpargen之类产生基于OPLS-AA力场的拓扑文件。见
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

作者
Author: 一个小瓜皮 时间: 2020-8-17 21:47
本帖最后由一个小瓜皮于 2020-8-17 21:54 编辑

sobereva 发表于 2020-8-17 20:21
搞清楚GROMACS和GROMOS之间的关系。你的问法很莫名其妙。而且那叫OPLS不叫OLPS

你用GROMACS跑模拟，当然 ...

file:///C:/Users/86189/Desktop/7d9fe6f67685b6496f6091ba21fb59f.png谢谢老师回复，我下次一定问问题之前先思考，捋清思路再问。gromacs是一个程序，而gromos即是一个力场，也有个程序叫gromos，不知道我的理解有没有错，然后图片里ATB中的gromacs格式的topol结构文件是指这是gromacs可用的G54AFF力场文件么，我观察G54AFF力场和pdb2gmx生成的gromos力场并不相同（二面角和键角表达不一样），请问一下这改怎么处理呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-17 21:49

一个小瓜皮发表于 2020-8-17 21:47
file:///C:/Users/86189/Desktop/8ab8dabcc342f9cffff0ad0db28e4d8.png
file:///C:/Users/86189/Des ...

仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图

作者
Author: 一个小瓜皮 时间: 2020-8-17 22:08

sobereva 发表于 2020-8-17 21:49
仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图

谢谢老师耐心回复以及指正，我下次一定问问题之前先思考，捋清思路再问。gromacs是一个程序，而gromos即是一个力场，也有个程序叫gromos，不知道我的理解有没有错，然后图片里ATB中的gromacs格式的topol结构文件是指这是gromacs可用的G54AFF力场文件么，我观察G54AFF力场和pdb2gmx生成的gromos力场并不相同（二面角和键角表达不一样），请问一下这改怎么处理呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-18 09:20

一个小瓜皮发表于 2020-8-17 22:08
谢谢老师耐心回复以及指正，我下次一定问问题之前先思考，捋清思路再问。gromacs是一个程序，而gromos即 ...

理解没错

ATB给你的itp文件是GROMACS的拓扑文件，基于ATB作者修改版的GROMOS54A7力场的参数（里面新增了不少原子类型）

具体力场参数可以直接体现在拓扑文件里面，也可以只指定参数名，gromacs会自动到力场目录下的参数文件里去找相应名字的力场参数。

作者
Author: xxzj 时间: 2021-5-8 20:03

sobereva 发表于 2020-8-18 09:20
理解没错

ATB给你的itp文件是GROMACS的拓扑文件，基于ATB作者修改版的GROMOS54A7力场的参数（里面新增 ...

老师，我想用GROMOS54A7力场计算金属卟啉，首先使用AT获取金属卟啉的top和itp文件，这里我提交分子后，还用手动下载或者选择力场吗？然后镍卟啉刚提交就出现错误， Atom type 'NI' not currently supported by the ATB.所以想请问一下老师两个问题：
1）上面描述的关于ATB使用时，是否提交分子的pdb文件就可以了，然后看有关帖子描述ATB会给分子优化，想问一下老师使用的是什么方法
2）关于镍卟啉应该选择什么工具获得它的top和itp文件？谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-9 03:36

xxzj 发表于 2021-5-8 20:03
老师，我想用GROMOS54A7力场计算金属卟啉，首先使用AT获取金属卟啉的top和itp文件，这里我提交分子后，还 ...

同一个问题别在多个帖子里问

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