计算化学公社

标题: MS2018不能够并行运算，该怎么去编写脚本呢？ [打印本页]

作者
Author: 1138711019 时间: 2020-8-17 22:12
标题: MS2018不能够并行运算，该怎么去编写脚本呢？
今天花了一天时间在服务器上安装好了MS2018，用脚本调用RunCASTEP.sh的方法提交任务，发现能够满核运行，但是实际却没有，算的很慢，测试到大体系的DOS计算的时候直接卡死。
还有一个问题，我在计算小体系的几何优化时，为啥没有生成check文件？难道说2018后续提交的DOS、BandStr都不需要check文件了嘛？
给各位看看脚本，我不知道有没有问题，还有如果说绕过RunCASTEP来提交的方法又是啥呢？能都有大佬告知。小弟感激不尽。

作者
Author: doublezhang 时间: 2020-8-17 22:36
我有一个天河系统下的提交脚本，给你参考下
#!/bin/bash
#input
#source /WORK/app/toolshs/unsetfunc
export LC_ALL=C
export I_MPI_FABRICS=shm:tcp

NUM_NODES=1 #需要使用的节点数#
PROCS_PER_NODE=24  #需要使用的节点核数#
BASENAME=$1
MS_PATH=/THFS/home/xxxx/BIOVIA/MaterialsStudio17.1  #注意此处修改相应的ms版本及安装路径#
NUM_PROCS=`expr $NUM_NODES \* $PROCS_PER_NODE`

yhrun -p xxxx -N $NUM_NODES -n $NUM_NODES hostname > .names.log  #注意修改为对应的分区#

awk -v iPROCS_PER_NODE="$PROCS_PER_NODE" '{print $1":"iPROCS_PER_NODE}' .names.log > ./machines.LINUX
cat .names.log > mpd.hosts
export DSD_MachineList="./machines.LINUX"
export DSD_NumProc=$NSLOTS

#$MS_PATH/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh -np $NUM_PROCS $BASENAME  注意此处选择作业类型
$MS_PATH/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh -np $NUM_PROCS $BASENAME

作者
Author: 1138711019 时间: 2020-8-18 16:03

doublezhang 发表于 2020-8-17 22:36
我有一个天河系统下的提交脚本，给你参考下
#!/bin/bash
#input

感谢老哥，今天重新配置了一下configure，就实现了并行，脚本是没啥问题的

作者
Author: 如遇古剑 时间: 2020-8-20 14:47

1138711019 发表于 2020-8-18 16:03
感谢老哥，今天重新配置了一下configure，就实现了并行，脚本是没啥问题的

你好！请问一下你是怎样配置的configure？能不能告诉我一下？不胜感激。

作者
Author: 1138711019 时间: 2020-8-20 17:09

如遇古剑发表于 2020-8-20 14:47
你好！请问一下你是怎样配置的configure？能不能告诉我一下？不胜感激。

我这边是用的服务器上的安装教程来配置的，你可以参考一下，
链接：https://pan.baidu.com/s/11XqAnYQ5b0rtpjxxDnM-Vw
提取码：jtw4

作者
Author: 如遇古剑 时间: 2020-8-20 19:04

1138711019 发表于 2020-8-20 17:09
我这边是用的服务器上的安装教程来配置的，你可以参考一下，
链接：https://pan.baidu.com/s/11XqAnYQ5b ...

非常感谢你！

作者
Author: faylovesnow 时间: 2023-1-7 17:52

1138711019 发表于 2020-8-20 17:09
我这边是用的服务器上的安装教程来配置的，你可以参考一下，
链接：https://pan.baidu.com/s/11XqAnYQ5b ...

你好，我在centos 8.0上安装了ms，gateway测试成功。但是通过win下gateway方式提交任务时，明明可以识别192个核心，但是在linux下top命令发现cpu占用只有100%，一个核心在跑。请问这是怎么回事啊？

作者
Author: wypkdhd 时间: 2023-1-8 14:14

faylovesnow 发表于 2023-1-7 17:52
你好，我在centos 8.0上安装了ms，gateway测试成功。但是通过win下gateway方式提交任务时，明明可以识别1 ...

显示问题，曾经很多次也是这样，不用管，你多用dmol3提几个不同的任务你就知道了。这个正儿八经我测试过，你也可以试试提八个核，提16个核，做个晶胞opt。当然，我是ms2014+centos7.9 服务器是dell R750 gold 6342 非队列系统。

作者
Author: faylovesnow 时间: 2023-1-9 11:08

wypkdhd 发表于 2023-1-8 14:14
显示问题，曾经很多次也是这样，不用管，你多用dmol3提几个不同的任务你就知道了。这个正儿八经我测试过 ...

请问你也是使用gateway方式提交的吗

作者
Author: wypkdhd 时间: 2023-1-9 20:16

faylovesnow 发表于 2023-1-9 11:08
请问你也是使用gateway方式提交的吗

我整个组都是gateway

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)