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标题: Gaussain 特别奇怪的问题（L101 这步？) [打印本页]

作者
Author: abdoman 时间: 2015-10-13 14:45
标题: Gaussain 特别奇怪的问题（L101 这步？)
本帖最后由 abdoman 于 2015-10-13 14:49 编辑

最近用gaussain做amber 小分子动力学的参数
小分子来源于pdb code: 3B92。
对于计算的参数是用antechamber生成的。
gaussain 版本 g09 C01. （默认自定义参数 -#- CacheSize=65536）

问题：计算在L101 这步假死，程序一直显示运行中，但是N 久不更新。（10h +)
L101 无非就是初始化，实在不知问题在何处, 还望有经验者指点。
------- 完整输入-----
--Link1--
%nproc=8
%chk=molecule
#HF/6-31G* SCF=tight Test Pop=MK iop(6/33=2) iop(6/42=6) opt

remark line goes here

0 1
C -0.4427000000    60.4983000000    86.2452000000
H -1.0322000000    60.8883000000    87.0308000000
C -0.6995000000    59.2224000000    85.7569000000
H -1.5010000000    58.6561000000    86.1553000000
C 1.1601000000    59.4190000000    84.2352000000
H 1.7802000000    59.0045000000    83.4798000000
C 1.4125000000    60.7003000000    84.7056000000
H 2.2201000000    61.2671000000    84.3240000000
C 0.5936000000    61.2443000000    85.6862000000
O 0.8535000000    62.5378000000    86.0633000000
C -0.0216000000    63.4218000000    86.8002000000
H 0.5442000000    64.2883000000    87.1100000000
H -0.4695000000    62.9058000000    87.6294000000
C -2.8305000000    64.6658000000    84.0136000000
H -2.2838000000    65.2904000000    83.3229000000
H -3.5854000000    65.2335000000    84.5338000000
H -3.2443000000    63.7972000000    83.5221000000
C -1.8631000000    64.1935000000    85.0256000000
C -1.0564000000    63.8381000000    85.8272000000
C 0.0861000000    58.6781000000    84.7388000000
O -1.7499000000    56.9332000000    84.0152000000
O 0.3157000000    57.0191000000    82.7354000000
S -0.3237000000    57.0919000000    84.0113000000
C 0.3811000000    55.8470000000    85.0923000000
H 0.6727000000    54.9644000000    84.5404000000
H -0.3249000000    55.5437000000    85.8504000000
C 1.6478000000    56.1845000000    85.9100000000
H 1.7954000000    55.4108000000    86.6640000000
H 1.5302000000    57.1501000000    86.4015000000
C 2.8434000000    56.1826000000    84.9520000000
H 2.6598000000    56.8504000000    84.1077000000
H 3.0202000000    55.1742000000    84.5678000000
S 4.2903000000    56.7561000000    85.8725000000
H 5.3554000000    56.7673000000    85.0661000000

=== 以上输入最后有2个空行 ======

以下是部分输出：
---------------------
remark line goes here
---------------------
Charge =  0 Multiplicity = 1
Symbolic Z-Matrix:
C                   -0.4427 60.4983 86.2452
H                   -1.0322 60.8883 87.0308
C                   -0.6995 59.2224 85.7569
H                   -1.501    58.6561 86.1553
C                   1.1601 59.419 84.2352
H                   1.7802 59.0045 83.4798
C                   1.4125 60.7003 84.7056
H                   2.2201 61.2671 84.324
C                   0.5936 61.2443 85.6862
O                   0.8535 62.5378 86.0633
C                   -0.0216 63.4218 86.8002
H                   0.5442 64.2883 87.11
H                   -0.4695 62.9058 87.6294
C                   -2.8305 64.6658 84.0136
H                   -2.2838 65.2904 83.3229
H                   -3.5854 65.2335 84.5338
H                   -3.2443 63.7972 83.5221
C                   -1.8631 64.1935 85.0256
C                   -1.0564 63.8381 85.8272
C                   0.0861 58.6781 84.7388
O                   -1.7499 56.9332 84.0152
O                   0.3157 57.0191 82.7354
S                   -0.3237 57.0919 84.0113
C                   0.3811 55.847 85.0923
H                   0.6727 54.9644 84.5404
H                   -0.3249 55.5437 85.8504
C                   1.6478 56.1845 85.91
H                   1.7954 55.4108 86.664
H                   1.5302 57.1501 86.4015
C                   2.8434 56.1826 84.952
H                   2.6598 56.8504 84.1077
H                   3.0202 55.1742 84.5678
S                   4.2903 56.7561 85.8725
H                   5.3554 56.7673 85.0661

"lig_init_gau.out" 144L, 6419C                                                                                  144,1       Bot

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-13 15:40
开头的--Link1--去掉再试
还不行就换个机子。

作者
Author: abdoman 时间: 2015-10-13 15:42

sobereva 发表于 2015-10-13 15:40
开头的--Link1--去掉再试
还不行就换个机子。

开头去掉试过，没关系。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-10-14 02:15
看输入应该没问题，拿windows也顺利跑过101，应该是计算机的什么问题。

作者
Author: abdoman 时间: 2015-10-14 07:24

liyuanhe211 发表于 2015-10-14 02:15
看输入应该没问题，拿windows也顺利跑过101，应该是计算机的什么问题。

非常感谢。就是不明白，明明没有问题，就是过不去？？？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-10-14 12:38

abdoman 发表于 2015-10-14 07:24
非常感谢。就是不明白，明明没有问题，就是过不去？？？

换路径，重装程序，重装系统，换计算机试试。做对照试验逐个排除问题

作者
Author: pwzhou 时间: 2015-10-15 13:52
换D01试试，我记得以前有遇到类似的问题，换成D01就没问题了。

作者
Author: abdoman 时间: 2015-11-2 22:04

pwzhou 发表于 2015-10-15 13:52
换D01试试，我记得以前有遇到类似的问题，换成D01就没问题了。

非常感谢。
我也觉得版本问题。这不，没有D01 嘛。
最后只好用bcc 电荷凑合来。

作者
Author: stecue 时间: 2015-11-3 05:10
看起来是那几个三键附近的原子由于在同一直线上造成内坐标无法定义。用opt=Cartesian可过L101并继续优化。
或者适当改变一下原子顺序使得那几个三键周围的原子不会形成无良好定义的内坐标也可以过101？（简单试了一下尚未成功）

另外，手动算AMBER的RESP电荷的时候不是应该用b3lyp/6-31g(d)算结构，然后hf/6-31G(d)算电荷吗？

作者
Author: abdoman 时间: 2016-1-15 22:49

stecue 发表于 2015-11-3 05:10
看起来是那几个三键附近的原子由于在同一直线上造成内坐标无法定义。用opt=Cartesian可过L101并继续优化。
...

B3lyp速度上比较有优势吧，
优化的结果上来说， hf和b3lyp 应该没有多大区别。
小分子来说，速度也没有多大区别，而且本人对泛函不太感冒。。。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-15 23:01

abdoman 发表于 2016-1-15 22:49
B3lyp速度上比较有优势吧，
优化的结果上来说， hf和b3lyp 应该没有多大区别。
小分子来说，速度也没有 ...

B3LYP速度只会比HF慢，因为要计算交换势的积分，但不会慢太多
优化的结果会略有区别，由于速度基本相同，没必要用HF
由于B3LYP优化更准，所以优化适合B3LYP。由于HF算的偶极矩会高估，等效体现了溶剂的极化效应，所以RESP电荷适合在HF下拟合。

2019-May-15补充：此处的说法已经过时。目前算RESP电荷的最理想做法是用Multiwfn程序，极度快速、灵活和方便，见下文，文中也专门说了应该在什么级别下计算RESP电荷
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

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