计算化学公社

标题: 求助tip4p计算水的介电常数的问题 [打印本页]

作者
Author: lqhenwunai 时间: 2020-8-19 17:32
标题: 求助tip4p计算水的介电常数的问题
大家好，我用tip4p跑370个水分子在300K下的nvt，盒子大小是2.2*2.2*2.2. 跑了2.6纳秒。能量随时间变化曲线如下：

1）请问这个能量波动算大么？

2）在上述条件下，我计算了水的介电常数。

Command line:
  gmx current -f nvt3.trr -s nvt3.tpr -temp 300 -o output.xvg

Reading file nvt3.tpr, VERSION 2020.2 (single precision)
Reading file nvt3.tpr, VERSION 2020.2 (single precision)
Group    0 (       System) has  1480 elements
Group    1 (       Water) has  1480 elements
Group    2 (          SOL) has  1480 elements
Select a group: 0
Selected 0: 'System'
trr version: GMX_trn_file (single precision)
Reading frame    0 time 0.000
Split group of 1480 atoms into 370 molecules
.....

Back Off! I just backed up dsp.xvg to ./#dsp.xvg.4#
Reading frame 2000 time 2000.000
Prefactor fit E-H: 1 / 6.0*V*k_B*T: 9.7003e-11

Average translational dipole moment M_J [enm] after 2601 frames (|M|^2): 0.000000 0.000000 0.000000 (0.000000)

Average molecular dipole moment M_D [enm] after 2601 frames (|M|^2): -0.015942 -0.050958 -0.029952 (2.411579)

********************************************

Absolute values:
epsilon=53.840599
<M_D^2> , <M_J^2>, <(M_J*M_D)^2>:  (2.411579, 0.000000, 0.000000)

********************************************

Fluctuations:
epsilon=53.758480

deltaM_D , deltaM_J, deltaM_JD:  (2.407831, 0.000000, 0.000000)

********************************************

***************************************************

Average volume V=10.648294 nm^3 at T=300.000000 K
and corresponding refactor 1.0 / 3.0*V*k_B*T*EPSILON_0: 21.911203

Start fit at 100.000000 ps (100.000000).
End fit at 400.000000 ps (400.000000).

Einstein-Helfand fit to the MSD of the translational dipole moment yields:

sigma=0.0000
translational fraction of M^2: 0.0000
Dielectric constant using EH: 53.8406

最后显示介电常数是53.8. 而实验值是81左右。请问这是因为我没有平衡好的缘故吗？还是力场本身的问题？

谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-19 20:15
TIP4P是很过时的水模型，又贵又差
用同为四点水模型的OPC结果强得多
波动没什么问题

作者
Author: lqhenwunai 时间: 2020-8-20 10:29

sobereva 发表于 2020-8-19 20:15
TIP4P是很过时的水模型，又贵又差
用同为四点水模型的OPC结果强得多
波动没什么问题

谢谢。我改用tip5p,跑了600ps,得到的结果是89.2请问这个误差算大么？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-20 23:08

lqhenwunai 发表于 2020-8-20 10:29
谢谢。我改用tip5p,跑了600ps,得到的结果是89.2请问这个误差算大么？

你怎么用个性价比更差的
TIP5P性价比极低，几乎完全被抛弃了
看看近年的水模型方面综述，了解基本选用常识：WIREs Comput Mol Sci 2017, e1347. doi: 10.1002/wcms.1347。并且把OPC原文看看，了解不同水模型的差距：J. Phys. Chem. Lett. 2014, 5, 3863−3871

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