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标题: 求助关于drude力场 [打印本页]

作者
Author: lqhenwunai 时间: 2020-8-20 15:22
标题: 求助关于drude力场
1）请问drude力场是否适用于有机小分子呢？
2）另外请问怎么在gromacs里添加drude力场呢？是不是只需要修改top文件来添加drude力场？不需要改动别的文件了吧？

谢谢大家。

作者
Author: chenjinfeng850 时间: 2020-8-20 18:56
Drude的小分子力场还没有开发很完全，只有部分小分子的，没有cgenff那样快速生成的方法。
跑Drude粒子推荐使用openMM 和CHARMM，openMM对GPU支持很好，速度很快。没用过GROMACS

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-20 22:51
参看http://mackerell.umaryland.edu/charmm_drude_ff.shtml

作者
Author: wyb 时间: 2020-8-21 08:46
MacKerell开发了ffparam应用于生成小分子drude力场，并由相关文献发表

作者
Author: lqhenwunai 时间: 2020-8-21 09:34
本帖最后由 lqhenwunai 于 2020-8-21 13:24 编辑

sobereva 发表于 2020-8-20 22:51
参看http://mackerell.umaryland.edu/charmm_drude_ff.shtml

请问只能用它那个git版本的gromacs吗？我现在的版本是2020.2. 我看手册是有polarization这一章节。http://jenkins.gromacs.org/job/D ... tml?highlight=drude
应该不必须用那个git版本吧。

另外请问一下，我在手动编辑top文件时，应该怎么编辑[atoms]里的charge部分呢？

作者
Author: lqhenwunai 时间: 2020-8-21 09:34

chenjinfeng850 发表于 2020-8-20 18:56
Drude的小分子力场还没有开发很完全，只有部分小分子的，没有cgenff那样快速生成的方法。
跑Drude粒子推荐 ...

谢谢。如果可能还是想尽量用gromcas。

作者
Author: lqhenwunai 时间: 2020-8-21 09:38

wyb 发表于 2020-8-21 08:46
MacKerell开发了ffparam应用于生成小分子drude力场，并由相关文献发表

谢谢。请问怎么安ffparam呢？我看文中说“
...
Since the entire package is written in Python, it may be readily down-
loaded and installed through Anaconda (https://www.anaconda.com).
... ”

但是我试了pip3 install ffparam,但是报错说：
requests.exceptions.HTTPError: 404 Client Error: Not Found for url: https://pypi.org/simple/ffparam/

作者
Author: ene 时间: 2020-8-21 14:26

lqhenwunai 发表于 2020-8-21 09:38
谢谢。请问怎么安ffparam呢？我看文中说“
...
Since the entire package is written in Python, it ma ...

官方网站：https://ffparam.umaryland.edu/
安装指北：https://ffparam.umaryland.edu/manual/installation.html

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-8-21 15:06
GROMACS 里跑Drude会累死的，无论从设置上还是效率上。

目前跑Drude model一般都用NAMD。用charmm那一套流程构建体系，然后扔NAMD里直接跑。或者fancy一点的话也可以用OpenMM试试。

作者
Author: wyb 时间: 2020-8-22 10:37
直接使用anaconda安装

作者
Author: ys_song 时间: 2021-3-8 15:11

lqhenwunai 发表于 2020-8-21 09:34
请问只能用它那个git版本的gromacs吗？我现在的版本是2020.2. 我看手册是有polarization这一章节。http:/ ...

是的，按说明是必须用drude版本的gromacs,不过git.gromacs.org连不上了，可以在这里下载：https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/tree/drude

作者
Author: s99r 时间: 2021-5-7 20:22
请问楼主解决了吗？我也想用gromacs实现drude力场，但是按照论文的链接找不到drude的源代码，万分感谢!

作者
Author: s99r 时间: 2021-5-8 10:59

ys_song 发表于 2021-3-8 15:11
是的，按说明是必须用drude版本的gromacs,不过git.gromacs.org连不上了，可以在这里下载：https://gitlab ...

楼主您好，我按照您的链接进去之后只看到了一些说明文件，如果安装drude版本的GROMACS，那怎么获取力场文件呢？刚接触模拟不久，可能很多东西还不是特别理解，谢谢。

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-5-8 12:39
本帖最后由 k64_cc 于 2021-5-8 12:44 编辑

GMX现在官方支持SCF方法，dual Langevin方法才需要那个特殊版本，但是用它殊为不智。NAMD和OpenMM欢迎你。
ffparam的原子类型映射有点问题，映射过去的一些类型是Polarizable CHARMM里没包括的，合理怀疑得下个版本的力场才能看见它们。可以查一下GAAMP，也挺不错。

作者
Author: ys_song 时间: 2021-5-8 15:41

s99r 发表于 2021-5-8 10:59
楼主您好，我按照您的链接进去之后只看到了一些说明文件，如果安装drude版本的GROMACS，那怎么获取力场文 ...

sobereva在3楼回复中给的链接里有适合各个软件的力场文件，包括gromacs的。

作者
Author: s99r 时间: 2021-5-8 16:10

k64_cc 发表于 2021-5-8 12:39
GMX现在官方支持SCF方法，dual Langevin方法才需要那个特殊版本，但是用它殊为不智。NAMD和OpenMM欢迎你。
...

楼主您好，您的意思是gromacs官网最新版可以使用极化力场吗？

作者
Author: s99r 时间: 2021-5-8 22:51

ys_song 发表于 2021-5-8 15:41
sobereva在3楼回复中给的链接里有适合各个软件的力场文件，包括gromacs的。

谢谢您的回复，sob老师的链接我之前看过，用了gromacs2019版本试过，但是选择力场和模型之后总是不运行。

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-5-9 13:52

s99r 发表于 2021-5-8 16:10
楼主您好，您的意思是gromacs官网最新版可以使用极化力场吗？

你用shell particle，原理上是可以跑的。但是并没有与其配套的参数文件，只能考虑手写。

作者
Author: s99r 时间: 2021-5-10 09:09

k64_cc 发表于 2021-5-9 13:52
你用shell particle，原理上是可以跑的。但是并没有与其配套的参数文件，只能考虑手写。

非常感谢

作者
Author: 木贞 时间: 2023-2-6 16:59

k64_cc 发表于 2021-5-8 12:39
GMX现在官方支持SCF方法，dual Langevin方法才需要那个特殊版本，但是用它殊为不智。NAMD和OpenMM欢迎你。
...

请问Gromacs支持的SCF方法怎么实现呢，有没有相关链接学习一下

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