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标题: 求助关于antechamber建立70个有机分子体系力场参数的问题 [打印本页]

作者
Author: 任嘉人amber 时间: 2020-8-21 19:04
标题: 求助关于antechamber建立70个有机分子体系力场参数的问题
amber新手求教，体系是一个中性的分子式为C42H25N3的有机分子，我用antechamber -fi pdb -fomol2 -i M41.pdb -o M41.mol2 -c bcc -pf y -nc -0生成mol2文件时候，出现了下面的问题，是因为我的体系有70个原子，体系太大了么，然后生成的mol2文件中关于BOND这项最后一列“ar”是什么意思呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-21 20:46
70个原子已经很小了

ar代表原子是芳环（aromatic）上的原子

在gview等程序中仔细检查检查结构合理性，搞不明白原因的话，用Openbabel把pdb转成mol2也可以

作者
Author: 任嘉人amber 时间: 2020-8-21 22:00
谢谢老师，我用高斯看了结构没什么问题，这个如果不影响后面的话是不是可以忽视不用管这个问题

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