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标题: 求助：cp2k计算MD后得到的轨迹xyz文件如何做MSD图？ [打印本页]

作者
Author: weichengdo 时间: 2020-8-21 19:04
标题: 求助：cp2k计算MD后得到的轨迹xyz文件如何做MSD图？
目前，我知道的方法1）用VMD来作出径向分布函数，然后在将其平方来得到MSD，不知道这种方法正不正确？

2）将cp2k.xyz轨迹文件转化为GROMACS识别的格式来计算MSD。

作者
Author: ChemiAndy 时间: 2020-8-23 12:22
VMD计算RDF的可靠性是得到充分验证的。

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-8-23 15:37
但是RDF和MSD有什么关系呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-28 04:19
RDF和MSD并没直接关系。第二种方案可行

作者
Author: weichengdo 时间: 2020-9-2 15:41

sobereva 发表于 2020-8-28 04:19
RDF和MSD并没直接关系。第二种方案可行

我说错了是RMSD,平方后可以得到MSD

作者
Author: weichengdo 时间: 2020-9-2 15:41

weichengdo 发表于 2020-9-2 15:41
我说错了是RMSD,平方后可以得到MSD

第二种方法还需要安装GROMACS，这个不是很擅长

作者
Author: tuzhidingdong 时间: 2020-11-1 20:06
可以用MDanalysis包分析。功能相对来说还比较全。

作者
Author: lisa7 时间: 2025-9-24 14:34

tuzhidingdong 发表于 2020-11-1 20:06
可以用MDanalysis包分析。功能相对来说还比较全。

你好这个是使用python吗

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