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标题: 新手求助MCPB.py建立金属配合物参数的问题 [打印本页]

作者
Author: 任嘉人amber 时间: 2020-8-21 19:11
标题: 新手求助MCPB.py建立金属配合物参数的问题
各位老师好，我根据网上给的教程成功对自己的金属配合物体系建立的力场参数，也得到了mcpbpy.frcmod文件，但是我看文件中关于扭转项有一部分系统给的都是0，想问一下这个是正常的么，还说参数不对，因为在做的过程中没发现有异常的地方，仅对所给出的力场参数的文件结果表示怀疑，新手求各位老师指导，谢谢各位老师了。

作者
Author: chenjinfeng850 时间: 2020-8-26 12:10
跟金属原子相关的二面角为零是正常的。
MCPB.py的教程网页上有判断的标准（http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial20/mcpbpy.htm）
第三条写了
C) All or most of the dihedral potential barriers are zero for metal involved dihedrals;

作者
Author: 任嘉人amber 时间: 2020-8-26 19:27

chenjinfeng850 发表于 2020-8-26 12:10
跟金属原子相关的二面角为零是正常的。
MCPB.py的教程网页上有判断的标准（http://ambermd.org/tutorials/ ...

原来如此，太谢谢了

作者
Author: kexin 时间: 2022-5-9 12:03

chenjinfeng850 发表于 2020-8-26 12:10
跟金属原子相关的二面角为零是正常的。
MCPB.py的教程网页上有判断的标准（http://ambermd.org/tutorials/ ...

您好！我遇到了类似的问题。我生成的mcpbpy.frcmod文件里键参数那有一部分为0，这说明没有生成相应的键参数，请问一下该如何解决？非常感谢~

作者
Author: chenjinfeng850 时间: 2022-5-10 07:37

kexin 发表于 2022-5-9 12:03
您好！我遇到了类似的问题。我生成的mcpbpy.frcmod文件里键参数那有一部分为0，这说明没有生成相应的键参 ...

键参数为零，首先检查QM 优化是否正常结束。最好把log文件放出来，方便找错

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