计算化学公社

标题: 求助xtb的安装和使用 [打印本页]

作者
Author: TZL 时间: 2020-8-21 19:28
标题: 求助xtb的安装和使用
在centos 8上安装和使用xtb的过程中遇到问题，具体以下：
1.启动xtb：在/xtb/bin目录下打开终端，输入 ./xtb 而不是帖子中的直接输入xtb。比如./xtb -h

2.将帖子中的模板md.inp和Remdesivir.xyz拷到bin目录下，输入./xtb Remdesivir.xyz --input md.inp --omd --gfn 0报错

[ERROR] Program stopped due to fatal error
-3- Could not setup parameterisation
-2- main_setup_newCalculator: Could not construct new calculator
-1- main_setup_newXTBCalculator: Parameter file param_gfn0-xtb.txt not found!

按照帖子安装：
将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html
按照帖子使用：
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html

作者
Author: liuyuje714 时间: 2020-8-21 19:30
设置XTBPATH，指向xtb/share，因为gfn0的这个参数在这个路径下。

作者
Author: TZL 时间: 2020-8-21 19:42

liuyuje714 发表于 2020-8-21 19:30
设置XTBPATH，指向xtb/share，因为gfn0的这个参数在这个路径下。

不行

，我用的最新的6.3.2版本，gfm0的txt也是在

/share/xtb里面的

作者
Author: SherryLiu 时间: 2020-8-22 00:55
本帖最后由 SherryLiu 于 2020-8-22 01:03 编辑

TZL 发表于 2020-8-21 19:42
不行，我用的最新的6.3.2版本，gfm0的txt也是在/share/xtb里面的

社长的教程：
用gedit或vi等工具编辑
~/.bashrc文件，加入以下语句
export PATH=$PATH:/sob/xtb/bin
export XTBPATH=/sob/xtb/share/xtb
export OMP_NUM_THREADS=N
export MKL_NUM_THREADS=N
export OMP_STACKSIZE=1000m
ulimit -s unlimited

你的~/.bashrc文件编完之后，需要重新登录终端，或者source ~/.bashrc。

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-8-22 10:23
你要是不会搞建议你直接conda安装完事了，还省得弄乱环境变量

作者
Author: qinpei8901 时间: 2020-11-16 02:13
楼主，您好，我也遇到这个问题了，输入./xtb Remdesivir.xyz --input md.inp --omd --gfn 0报错，但是删掉--gfn 0后可以运行，把--gfn 0改为--gfn 1或者2可以运行，不知道--gfn 0为什么不可以？

作者
Author: snljty 时间: 2020-11-16 17:17
本帖最后由 snljty 于 2020-12-15 17:36 编辑

qinpei8901 发表于 2020-11-16 02:13
楼主，您好，我也遇到这个问题了，输入./xtb Remdesivir.xyz --input md.inp --omd --gfn 0报错，但是删掉- ...

参考 http://bbs.keinsci.com/thread-20392-1-1.html 的3#

要source xtb安装目录/share/xtb/config_env.bash
conda装完了应该也要source xtb的conda环境里的share/xtb/config_env.bash

作者
Author: Luonan 时间: 2020-11-17 15:25
楼主会了吗？我装上之后不知道要怎么用。。。能否交流一下？

作者
Author: Luonan 时间: 2020-11-17 15:26

qinpei8901 发表于 2020-11-16 02:13
楼主，您好，我也遇到这个问题了，输入./xtb Remdesivir.xyz --input md.inp --omd --gfn 0报错，但是删掉- ...

能不能交流一下，我装上了xtb，但是也总是报错

作者
Author: qinpei8901 时间: 2020-11-17 16:04

snljty 发表于 2020-11-16 17:17
要source xtb安装目录/share/xtb/config_env.bash
conda装完了应该也要source xtb的conda环境里的share/ ...

谢谢，我按照您的方法，在xtb安装目录/share/xtb目录里 source config_env.bash以后就能用了。

作者
Author: qinpei8901 时间: 2020-11-17 16:04

Luonan 发表于 2020-11-17 15:26
能不能交流一下，我装上了xtb，但是也总是报错

按照楼上方法，在xtb安装目录/share/xtb目录里 source config_env.bash以后我的就能用了

作者
Author: compXB 时间: 2020-12-15 14:54
conda 安装的 source 安装目录/share/xtb/config_env.bash就能用了
自己按照帖子里的教程安装，设置变量，source之后还是不行。不知道时什么原因

作者
Author: TZL 时间: 2020-12-29 22:36
是我自己犯傻，用gedit或vi等工具编辑~/.bashrc文件，加入以下语句
export PATH=$PATH:/sob/xtb/bin
export XTBPATH=/sob/xtb/share/xtb
export OMP_NUM_THREADS=N
export MKL_NUM_THREADS=N
export OMP_STACKSIZE=1000m
ulimit -s unlimited
目录中少写了/home

作者
Author: liuxwell 时间: 2022-12-29 22:09
楼主，我想问下，现在在windows下也能安装xtb，也能运行，但也是出现这个错误，该如何找到bashrc这个文件，并加入Sob老师说的那几行语句呢？

作者
Author: ZhangWenjun 时间: 2023-1-31 20:12
为什么我的xtb应用程序打不开啊大佬们

作者
Author: ZhangWenjun 时间: 2023-1-31 20:13

TZL 发表于 2020-12-29 22:36
是我自己犯傻，用gedit或vi等工具编辑~/.bashrc文件，加入以下语句
export PATH=$PATH:/sob/xtb/bin
expo ...

怎么找到bashrc文件然后添加呀楼主

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-1-31 20:49

ZhangWenjun 发表于 2023-1-31 13:13
怎么找到bashrc文件然后添加呀楼主

自己搜bashrc，即便用不了谷歌，用百度搜出来的结果也够让你看懂了

作者
Author: shenmh3 时间: 2023-4-27 19:50

snljty 发表于 2020-11-16 17:17
参考 http://bbs.keinsci.com/thread-20392-1-1.html 的3#

要source xtb安装目录/share/xtb/config_env. ...

感谢，在环境变量中加入这一步后问题解决了

作者
Author: LINQIXUAN 时间: 2023-6-6 10:51

liuxwell 发表于 2022-12-29 22:09
楼主，我想问下，现在在windows下也能安装xtb，也能运行，但也是出现这个错误，该如何找到bashrc这个文件， ...

我在高级系统设置-环境变量-系统变量里面新建系统变量，变量名 XTBPATH，变量值 /sob/xtb/share/xtb （你电脑对应的路径），然后就可以使用了

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