计算化学公社

标题: 求助：关于tleap建立模型的问题 [打印本页]

作者
Author: 任嘉人amber 时间: 2020-8-21 22:07
标题: 求助：关于tleap建立模型的问题
各位老师好，我现在手中已经有了A和B两个有机小分子的pdb，每个分子包含的原子数目都在100左右，我也构建了A和B相关的力场参数，现在想构建一个A和B分子数之比为1:54的复合物体系，之后在amber中跑动力学，想问一下如何用amber中的tleap来实现呢？B分子也不是溶剂，两者就是构成一个掺杂的体系，这个tleap应该怎么构建呢？谢谢各位老师了。

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-8-21 23:46
你先用packmol建一个1:54的体系，再按照正常的方法用tleap生成prmtop文件就行了

作者
Author: DoubeeTwT 时间: 2020-8-22 09:01
Molclus（http://www.keinsci.com/research/molclus.html）
用Molclus构建1：54体系

作者
Author: 任嘉人amber 时间: 2020-8-22 12:40

fhh2626 发表于 2020-8-21 23:46
你先用packmol建一个1:54的体系，再按照正常的方法用tleap生成prmtop文件就行了

谢谢，是只能用packmol来进行建立是么，因为也没用过packmol建立体系，正常的tleap是不能搭建一个这样的体系的是么

作者
Author: 任嘉人amber 时间: 2020-8-22 12:42

DoubeeTwT 发表于 2020-8-22 09:01
Molclus（http://www.keinsci.com/research/molclus.html）
用Molclus构建1：54体系

谢谢，我没用过这个molclus，我还是一个新手，想问一下如果用molclus搭建完体系，还能再amber里面跑动力学么~

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-27 01:56

任嘉人amber 发表于 2020-8-22 12:42
谢谢，我没用过这个molclus，我还是一个新手，想问一下如果用molclus搭建完体系，还能再amber里面跑动力 ...

可以

作者
Author: 任嘉人amber 时间: 2020-8-27 17:27

sobereva 发表于 2020-8-27 01:56
可以

老师，我还有一个问题就是能不能把tleap溶剂盒子里面的溶剂分子替换成我的物质B呢，这样是不是单独用tleap就可以完成了呢？然后这个packmol和molclus这两个搭建结构有什么区别么？新手问题比较多，谢谢老师了

作者
Author: 任嘉人amber 时间: 2020-8-27 20:20

sobereva 发表于 2020-8-27 01:56
可以

老师，我看了molclus的相关内容，我这个体系比较大，1个A和54个B一共4000多个原子，我可以用molclus中的genmer第一步先建立初始构型，但是到了第二步molclus对每一个构型进行优化，我就不知道应该用什么了，能用amber中的动力学进行优化么，我看文章中也没有，针对我这么大的体系，第二步要怎么优化呢，希望老师能给予指导，谢谢老师了

作者
Author: 任嘉人amber 时间: 2020-8-27 21:42
老师，我能不能用tleap直接载入A=loadpdb A.pdb然后B=loadpdb B.pdb，最后用solvatebox A B 10.0这个命令，然后通过改变盒子大小来调节A和B的分子数之比呢。因为我觉得amber中已经存在溶剂盒子了，我的想法是想用我的B分子去替换已经构建好的溶剂盒子里面的溶剂，但是我就不知道我应该怎么做，因为后面想用amber直接跑动力学，所以觉得用别的搭建的结构可能不如直接用溶剂盒子合理一些，并且我这个体系比较大，4000多个原子，没法用molclus先随机分布再用其他软件进行优化，还希望老师能予以指导，再次谢谢老师了

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-28 03:41
直接packmol产生结构，分子数直接是你自己设的，然后照常跑能量极小化和动力学就完了，别想太多。做NPT的时候盒子会自发调节好

作者
Author: 任嘉人amber 时间: 2020-8-28 10:49

sobereva 发表于 2020-8-28 03:41
直接packmol产生结构，分子数直接是你自己设的，然后照常跑能量极小化和动力学就完了，别想太多。做NPT的时 ...

谢谢老师，好哒，我这就试试

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