计算化学公社

标题: 求助探究反应物结构对反应的影响的有效的分析方法 [打印本页]

作者
Author: librakitty 时间: 2020-8-26 17:53
标题: 求助探究反应物结构对反应的影响的有效的分析方法
老师好，我现在做的计算想探究反应物结构对反应的影响，查了相关文献，这方面的工作比较少没有参考性，我做了CDA分析，但是结果和我的计算结果趋势不太吻合，我想请教一下老师，能有什么分析是可以综合考虑熵和焓的影响的方法呢？或者说能考虑除了电荷以外，比如构型和氢键等的影响的方式呢？谢谢老师。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-8-26 20:00
都算了结构了，做个振动分析算自由能啊

作者
Author: librakitty 时间: 2020-8-26 21:33

喵星大佬发表于 2020-8-26 20:00
都算了结构了，做个振动分析算自由能啊

这个做过了

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-27 01:17
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“有效的分析方法”改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-27 01:20
没有具体结构，这么大的话题没法空谈

若要讨论熵和焓，把不同情况的熵垒和焓垒都算出来进行对比。另外Shermo可以把不同振动模式对热力学校正量的贡献给出，可以结合振动模式试图做一些分析
适当情况下Distortion/Interaction分析也可以做。波函数分析哪些能派上用场看具体情况。

作者
Author: librakitty 时间: 2020-8-27 02:31

sobereva 发表于 2020-8-27 01:17
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反 ...

谢谢您，我下次注意

作者
Author: librakitty 时间: 2020-8-27 02:40

sobereva 发表于 2020-8-27 01:20
没有具体结构，这么大的话题没法空谈

若要讨论熵和焓，把不同情况的熵垒和焓垒都算出来进行对比。另外Sh ...

谢谢您，我是计算了两类反应物不同官能团取代对反应能垒高低的影响，自由能之类的全是用Shermo算的，结果发现能垒随着取代基是有一定变化规律的，我本打算从电荷入手，所以尝试做了CDA，结果不太吻合，猜测应该是还有其他因素，我试着算一下熵垒和势垒比较一下。另外我想问问Distortion/Interaction能用multiwfn实现吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-28 04:03

librakitty 发表于 2020-8-27 02:40
谢谢您，我是计算了两类反应物不同官能团取代对反应能垒高低的影响，自由能之类的全是用Shermo算的，结果 ...

Multiwfn没有这个功能。
这个分析是能量层面的分析，目前有一些现成的程序，比如
ExcelAutomat DOI:10.1002/jcc.25546
PyFrag 2019 DOI: 10.1002/jcc.25871
不过我自己没用过，以后我单独写个更好用的程序

作者
Author: librakitty 时间: 2020-8-28 16:54

sobereva 发表于 2020-8-28 04:03
Multiwfn没有这个功能。
这个分析是能量层面的分析，目前有一些现成的程序，比如
ExcelAutomat DOI:10. ...

谢谢您，期待老师的程序

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