计算化学公社

标题: 求助：关于antechamber生成mol2分子的相关问题 [打印本页]

作者
Author: 任嘉人amber 时间: 2020-8-26 20:49
标题: 求助：关于antechamber生成mol2分子的相关问题
各位老师好，我想问一下：antechamber生成的sqm.pdb文件是干什么用的，为什么跟我原始的pdb相比坐标变化了？因为当我用这个antechamber -fi pdb -fo mol2 -i xxx.pdb -o xxx.mol2 -c bcc -pf y -nc 0命令建立mol2文件的时候，选取的pdb一个是原始的pdb，一个是运行antechamber后生成sqm.pdb的pdb，我发现这两个mol2文件电荷分布以及原子类型的判断都不相同，但是这两个pdb（一个原始的pdb，一个是利用原始pdb通过antechamber生成的sqm.pdb）只有坐标不相同，所以那个pdb产生的结果才是正确的呢，下面的图给出了两个pdb和mol2的部分内容，然后还有一个问题就是pdb4amber -i old.pdb -o new.pdb这个命令只是单纯的会改变pdb原子序号和残基序号是么，别的地方不会发生变化么？恳求各位老师解答疑惑，在此谢谢各位老师了。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-27 01:21
计算AM1-BCC电荷的情况下，antechamber会自动调用SQM在AM1级别做几何优化。
不想优化就加上-ek "maxcyc=0"再试

作者
Author: 任嘉人amber 时间: 2020-8-27 10:13

sobereva 发表于 2020-8-27 01:21
计算AM1-BCC电荷的情况下，antechamber会自动调用SQM在AM1级别做几何优化。
不想优化就加上-ek "maxcyc=0" ...

老师那优化前后改变了的原子类型以及电荷分布那个会更准确一些呢？

作者
Author: DoubeeTwT 时间: 2020-8-27 15:51

任嘉人amber 发表于 2020-8-27 10:13
老师那优化前后改变了的原子类型以及电荷分布那个会更准确一些呢？

如果需要准确的电荷信息用RESP电荷

RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476

作者
Author: 任嘉人amber 时间: 2020-8-27 16:02

DoubeeTwT 发表于 2020-8-27 15:51
如果需要准确的电荷信息用RESP电荷

RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算

好哒，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-27 20:26

任嘉人amber 发表于 2020-8-27 10:13
老师那优化前后改变了的原子类型以及电荷分布那个会更准确一些呢？

优化只影响结构，不会影响原子类型的判断
不让antechamber自动优化，不代表结构不需要做优化。SQM做优化太慢、容易不收敛，所以才不用它。
RESP电荷计算前显然是需要优化的，4L提到的我的帖子里都专门说了。

作者
Author: 任嘉人amber 时间: 2020-8-27 21:44

sobereva 发表于 2020-8-27 20:26
优化只影响结构，不会影响原子类型的判断
不让antechamber自动优化，不代表结构不需要做优化。SQM做优化 ...

但是老师我这两种情况下，mol2给出的结果原子类型确实发生了变化，这是为什么呢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-28 03:21

任嘉人amber 发表于 2020-8-27 21:44
但是老师我这两种情况下，mol2给出的结果原子类型确实发生了变化，这是为什么呢

自行看原子类型弄清楚差别、哪个是合理的
初始结构不能太垃圾

作者
Author: 任嘉人amber 时间: 2020-8-28 10:52

sobereva 发表于 2020-8-28 03:21
自行看原子类型弄清楚差别、哪个是合理的
初始结构不能太垃圾

好哒，谢谢老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)