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标题: 求助： AMBER中用gaff力场构建高分子时mainchain.dat构建环状分子的语法 [打印本页]

作者
Author: lph 时间: 2020-8-27 16:00
标题: 求助： AMBER中用gaff力场构建高分子时mainchain.dat构建环状分子的语法
各位老师好，题主在用amber的gaff力场构建一个有机高分子时遇见一下问题：按照官网常规方案构建时会发现单体键连处的6元环会开环（非键连处的6元环不会出现问题），我认为问题出现在mainchain.dat里面，当单体里面有环状分子时应该在这个文件里面指定，关键词好像是“LOOP”，但是我忘记具体语法了，手册和教程里面也没具体介绍。请问有那位老师记得具体用法吗？

我的建模流程是：
2.#HF/6-31G* SCF=tight Pop=MK iop(6/33=2) iop(6/42=6) opt
3.
antechamber -i 4a.log -fi gout -gv 0 -o 4A-2.mol2 -fo mol2 -c resp -s 2 -nc 0 -m 1 -rn 4A
4.
parmchk2 -i 4A-2.mol2 -f mol2 -o 4A.frcmod

tleap -f leaprc.protein.ff14SB
source leaprc.gaff
4A = loadmol2 4A-2.mol2
check 4A
loadamberparams 4A.frcmod
check 4A
saveoff 4A 4A.lib
saveamberparm 4A 4A.prmtop 4A.rst7

5.antechamber -fi gout -fo ac -i 4a.log -o 4A.ac -c resp -pf y

6.
prepgen -i 4A.ac -o 4A.prepi -f prepi -m mainchain-middle.4A -rn 4A -rf 4A.res
prepgen -i 4A.ac -o 4AH.prepi -f prepi -m mainchain-head.4A -rn 4AH -rf 4AH.res
prepgen -i 4A.ac -o 4AT.prepi -f prepi -m mainchain-tail.4A -rn 4AT -rf 4AT.res

我认为问题出现在第6步的 mainchain-middle.4A文件（这个文件应当指定loop，实在不行就只能用leap中的bond命令强行键连了）这个文件如下：
HEAD_NAME O4
TAIL_NAME C24
OMIT_NAME O16
OMIT_NAME C34
OMIT_NAME H57
OMIT_NAME H58
OMIT_NAME H59
OMIT_NAME C33
OMIT_NAME H54
OMIT_NAME H55
OMIT_NAME H56
PRE_HEAD_TYPE C
POST_TAIL_TYPE O
CHARGE 0.0

作者
Author: lph 时间: 2020-8-27 18:54
没找到删帖按钮。我排除这个问题了，问题不是出在mainchain 文件，出错原因是我的单体结构太复杂，键连成高分子的过程中相邻残基的糖环扣在一起了，所以看上去有个糖环开环了。用translate等命令解决了

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