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标题: 求助：粗粒化研究金颗粒和膜的相互作用 [打印本页]

作者
Author: zxmxyh 时间: 2020-8-27 16:54
标题: 求助：粗粒化研究金颗粒和膜的相互作用
最近想开展金颗粒和细胞膜的相互作用的模拟。想用粗粒化来做（虽然感觉DPD用的更多 -.- ）。网上找了一圈没找到如何构建金颗粒，请问有相关的教程吗？

谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-27 20:18
为什么要用粗粒化？直接全原子描述金就完了。非要用粗粒化很可能得不偿失，折腾半天结果还不理想、还被审稿人质疑

GROMACS等程序里能用的金的力场很多，诸如
在Gromacs中模拟金纳米线拉伸过程（含视频）
http://sobereva.com/153

作者
Author: zxmxyh 时间: 2020-8-28 08:50

sobereva 发表于 2020-8-27 20:18
为什么要用粗粒化？直接全原子描述金就完了。非要用粗粒化很可能得不偿失，折腾半天结果还不理想、还被审稿 ...

感谢~，看了一遍您的分享，还是挺有意思，不过我需要做一个大尺度，长时间的模拟，所以AA模型不能用了。其实DPD可能更合适，但是不熟悉那个。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-29 00:42

zxmxyh 发表于 2020-8-28 08:50
感谢~，看了一遍您的分享，还是挺有意思，不过我需要做一个大尺度，长时间的模拟，所以AA模型不能用了。 ...

以现在的计算能力，再加上GPU加速，大尺度AA模拟不是什么问题。用超级计算机有人甚至对一亿原子体系跑了10ns的AA动力学

用那些局限性很大的近似模型往往费半天劲也没得到可靠结果，还被人质疑，最后后悔当初还不如直接用AA跑

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