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标题: 求助gromacs力场文件ffnonbonded中的电荷和质量问题 [打印本页]

作者
Author: lqhenwunai 时间: 2020-8-28 11:56
标题: 求助gromacs力场文件ffnonbonded中的电荷和质量问题
大家好，请问一下，

我看了一下gromos53a6.ff力场中的ffnonbonded.itp

[ atomtypes ]
;name  at.num mass    charge  ptype    c6          c12
O 8    0.000    0.000    A  0.0022619536    1e-06
OM 8    0.000    0.000    A  0.0022619536  7.4149321e-07
OA 8    0.000    0.000    A  0.0022619536  1.505529e-06

请问这里为什么质量和电荷都是0呢？是因为用的是LJ势，所以与质量和电荷无关，因此都设为0 么？

另外请问一下这里的charge是不是跟一般量化里提到的partial charge没有关系？我在另一个力场文件里看到O的charge是1.38610，而C的charge是 2.35018

谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-28 14:07
[atoms]里如果没定义原子的质量/电荷信息才会使用这里的。由于平时都直接在[atoms]里定义，所以这些信息不需要定义，而且本来原子电荷也不是取决于原子类型，定义了也没任何实际意义。

此处charge就是一般说的原子电荷（atomic charge）或原子的partial charge（分数电荷）。现有文件里的数值是否合理结合实际情况和基本理论知识判断。

作者
Author: naoki 时间: 2020-8-28 14:24
[ atomtypes ]里定义的电荷是0也无所谓
模拟时调用的是[ atoms ]字段的电荷

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