计算化学公社

标题: 欢迎试用团簇结构搜索软件ABCluster [打印本页]

作者
Author: coolrainbow 时间: 2015-10-15 15:22
标题: 欢迎试用团簇结构搜索软件ABCluster
团簇是近几年来化学研究的热点之一。从理论化学的角度看，研究团簇的第一步是构建其合理结构，例如全局极小点。但是这个过程，如果手动来做常常十分繁琐甚至不可能。用计算机来做的话，目前可以用分子动力学的方法来实现。但是动力学中有可能会产生一系列无效结构，而且学习一个动力学软件不是个容易的事情。在文献中，也有用蒙特卡罗或者遗传算法来实现，但是这类算法常常只存在于文献中，并没有易用的软件公开发布，使其他研究者难以使用这种方法。

能够比较完美的实现全局结构优化而且还能供一般研究者使用的软件并不算多，个人认为比较好的有：

CALYPSO：粒子群算法，适用于材料结构
MOLCLUS：分子动力学算法，适用于分子团簇和分子构象搜索
GMIN：Basin-hopping算法，适用于原子团簇

但是，目前缺少一个能够使研究者能够快速进行各种分子团簇和原子模型势全局优化的，易用的软件。因此，我们编写了软件ABCluster，能够使研究者在最少背景知识，最短时间内处理最复杂的化学团簇。

ABCluster使用了一种2005年提出的进化算法，被称为“人工蜂群算法（Artificial Bee Colony algorithm，ABC）”。利用ABC算法，可以高效的进行团簇结构的全局极小点搜索。不过不必担心，研究者可以在几乎完全不知道ABC算法是什么的情况下进行使用，从而把全部的精力用在化学问题上。而ABCluster内部集成了能量计算和局部优化算法，使研究者可以不借助任何第三方程序直接进行搜索。程序可以得到全局极小点和大量局部极小点，使得研究者能够在得到大量结构后，可以利用更高级的算法，如量子化学方法进行研究。

ABCluster程序是免费的，可以从下述网站得到：
http://www.uni-koeln.de/math-nat ... r-introduction.html
关于程序的算法介绍可以参见：
http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2015/CP/C5CP04060D

目前ABCluster的版本号是1.0，还在持续开发中。我们写了一个简洁的手册，以后会逐渐增加针对不同体系的案例教程（如合金，水合体系等）。欢迎大家使用。如果有任何建议和问题，请联系我：zhangjunqcc@gmail.com
希望我们能够将ABCluster开发的越来越好以为广大研究者服务。

下面是一些例子。他们全部由ABCluster优化得到。

作者
Author: mol 时间: 2015-10-15 15:55
请问图形显示用的是什么软件？

作者
Author: helpme 时间: 2015-10-15 16:18
好工作！

作者
Author: zidu113 时间: 2015-10-15 21:24
好物，感谢。程序小白请问：对于原子团簇体系，如何知道自己所要研究的体系需要用什么力场描述？

作者
Author: ruanyang 时间: 2015-10-15 22:00

很强悍的工作，能否利用你的软件找到构型的最小能量点，直接利用MD软件进行模拟（顺便问一下，有原子个数限制吗）

作者
Author: coolrainbow 时间: 2015-10-15 23:16

mol 发表于 2015-10-15 15:55
请问图形显示用的是什么软件？

cylview

作者
Author: coolrainbow 时间: 2015-10-15 23:18

zidu113 发表于 2015-10-15 21:24
好物，感谢。程序小白请问：对于原子团簇体系，如何知道自己所要研究的体系需要用什么力场描述？

查文献吧
关于这个东西我也在写，预计下周一新的Manual就会出来

作者
Author: coolrainbow 时间: 2015-10-15 23:19

ruanyang 发表于 2015-10-15 22:00
很强悍的工作，能否利用你的软件找到构型的最小能量点，直接利用MD软件进行模拟（顺便问一下， ...

找到最小点后怎么处理都可以。ABCluster本身是独立于动力学软件的。
无原子个数限制

作者
Author: chittyda 时间: 2015-10-16 02:08
了不起！！！学习了！！！

作者
Author: zidu113 时间: 2015-10-16 09:29

coolrainbow 发表于 2015-10-15 23:18
查文献吧
关于这个东西我也在写，预计下周一新的Manual就会出来

好的，谢谢您。

作者
Author: captain 时间: 2015-10-16 11:59
师弟现在还在国外？

作者
Author: aqhuangry 时间: 2015-10-17 11:25

作者
Author: xyz 时间: 2015-10-17 13:41
算法很NB，其实最关心的是benchmark。有benchmark有真相，才有用户群。

作者
Author: coolrainbow 时间: 2015-10-17 18:04

captain 发表于 2015-10-16 11:59
师弟现在还在国外？

是的

作者
Author: coolrainbow 时间: 2015-10-17 18:06

xyz 发表于 2015-10-17 13:41
算法很NB，其实最关心的是benchmark。有benchmark有真相，才有用户群。

在相关的文献http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2015/CP/C5CP04060D和即将出版的一片中有大量的benchmark

作者
Author: dreamyeye 时间: 2015-10-19 21:11
win版只能在64位系统吗？

作者
Author: dy19930508 时间: 2015-10-20 10:13
您好，在dos窗口输入完运行命令后，例如：atom-optimizer mg20o20-q.inp > mg20o20-q2.out 然后下一步怎么操作呢（按回车键后没有显示运行），并且生成的文件在哪里呢？您给的例子命令行中“../../”这块的内容是ABClusters文件所在的路径还是不用自己写电脑自动生成的路径即可？
在此谢谢您的解答！

作者
Author: coolrainbow 时间: 2015-10-21 15:31

dy19930508 发表于 2015-10-20 10:13
您好，在dos窗口输入完运行命令后，例如：atom-optimizer mg20o20-q.inp > mg20o20-q2.out 然后下一步怎么 ...

路径当然要写ABCluster的执行文件所在路径。
生成的文件都在当前文件夹下

作者
Author: coolrainbow 时间: 2015-10-21 15:31

dreamyeye 发表于 2015-10-19 21:11
win版只能在64位系统吗？

暂时无32位的程序，你可以用要来源码自行编译

作者
Author: dy19930508 时间: 2015-10-21 23:30

coolrainbow 发表于 2015-10-21 15:31
路径当然要写ABCluster的执行文件所在路径。
生成的文件都在当前文件夹下

您好！我在DOS中输完命令行后，回车之后没有反应是怎么回事呢？谢谢您的解答。

作者
Author: coolrainbow 时间: 2015-10-23 17:05

dy19930508 发表于 2015-10-21 23:30
您好！我在DOS中输完命令行后，回车之后没有反应是怎么回事呢？谢谢您的解答。

从你的输入来看，你的输入文件名应该叫mg20o20.inp，所以下面应该写：
atom-optimizer mg20o20.inp > mg20o20.out

作者
Author: 978142355 时间: 2015-10-23 20:41
win32位系统打不开不行，而64位系统双击exe就闪退，请问是什么原因？

作者
Author: 978142355 时间: 2015-10-23 23:09
似乎是我弄错了，刚才上面说了，没有32位的。64位那个应该在windows系统下，cmd运行的

，低级错误。。。。。。。

作者
Author: dy19930508 时间: 2015-10-24 22:47

coolrainbow 发表于 2015-10-23 17:05
从你的输入来看，你的输入文件名应该叫mg20o20.inp，所以下面应该写：
atom-optimizer mg20o20.inp > mg ...

嗯，谢谢啦！我的问题已经解决了，原来是保存路径出了问题。接下来就要具体研究力场的选择了。非常感谢！

作者
Author: dy19930508 时间: 2015-10-24 22:48

978142355 发表于 2015-10-23 20:41
win32位系统打不开不行，而64位系统双击exe就闪退，请问是什么原因？

这个程序需要在DOS窗口编辑命令行运行，具体请参考版主给的说明书。

作者
Author: 978142355 时间: 2015-10-25 09:36

dy19930508 发表于 2015-10-24 22:48
这个程序需要在DOS窗口编辑命令行运行，具体请参考版主给的说明书。

是的，我竟然忘了去DOS一下，谢谢提醒

作者
Author: lianghua飘 时间: 2015-10-30 11:12
牛人，谢谢

作者
Author: lsbp010 时间: 2015-11-12 09:36
膜拜群主这样的牛人！学习一下！

作者
Author: 小书童 时间: 2015-11-12 22:53
离子型晶体可以做吗？比如CaSO4和CaO、MgO等团簇的模型可以创建吗？如果可以，创建出来的团簇经过高斯优化之后就可以用于计算反应相应的机理反应了吗？还需要考虑周围环境的电场吗？

作者
Author: 十年磨练 时间: 2015-11-17 10:33
楼主大赞，刚刚下载下来准备好好研究研究

作者
Author: smutao 时间: 2015-11-25 01:31
请教一下楼主假如我有一个(H2O)60的团簇，用你的程序生成的结构能有几种？

作者
Author: 1130240115 时间: 2016-11-5 08:59
谢谢分享

作者
Author: 1130240115 时间: 2016-11-5 16:59
请问一下结构猜测形状是如何得到的？对于两个种类的分子是如何考虑结构猜测形状的？谢谢。

作者
Author: lhf 时间: 2019-3-7 18:00

dy19930508 发表于 2015-10-21 23:30
您好！我在DOS中输完命令行后，回车之后没有反应是怎么回事呢？谢谢您的解答。

您好打扰了请教您问题是怎么解决的？在DOS中输完命令行后，回车之后没有反应是怎么回事呢？桌面上出现了一个.out文件报错找不到.inp输入文件，十分感谢

作者
Author: 南晓 时间: 2022-1-12 10:42
请问我要建立不同尺寸的大型团簇，大约有几纳米，团簇是含有两种金属的金属硫化物团簇，请问可以用ABCluster搜索其不同尺寸的团簇构型吗

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)