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标题: 关于在同一段轨迹中分别考察一分子不同构象与溶剂的作用 [打印本页]

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Author: 向往阳光 时间: 2020-8-29 19:24
标题: 关于在同一段轨迹中分别考察一分子不同构象与溶剂的作用
比如某分子在水中，10%的浓度下跑了10ns的轨迹，其中同时存在着比如构象1、构象2等等。请问在GMX中有办法可以在同一段轨迹中，分别考虑不同构象与水的作用吗？比如构象1，构象2分别与水形成的氢键个数或RDF等等。如果不可以的话，有没有现成的分析程序可以达到这样的效果，还是必须要自己写程序呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-30 06:39
可以用gmx cluster做簇分析，获得构象1、2对应的帧号
gmx2020里增加了个extract-cluster命令可以把gmx cluster得到的簇对应的帧从轨迹中提取出来，之后再自行将两种构象的轨迹分别用rdf、hbond等命令分析

作者
Author: 向往阳光 时间: 2020-8-31 20:47

sobereva 发表于 2020-8-30 06:39
可以用gmx cluster做簇分析，获得构象1、2对应的帧号
gmx2020里增加了个extract-cluster命令可以把gmx clu ...

但假如是小分子，存在两种构象的变化，有10%的浓度，这样还可以用clustet分析吗？我觉得是不是不太行？

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Author: sobereva 时间: 2020-9-1 19:16

向往阳光发表于 2020-8-31 20:47
但假如是小分子，存在两种构象的变化，有10%的浓度，这样还可以用clustet分析吗？我觉得是不是不太行？

当前问题和浓度没有任何直接联系
如果你是指有大批这种小分子，cluster命令不可能对分散的一堆分子来做，只能一个一个做

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Author: 向往阳光 时间: 2020-9-2 14:07

sobereva 发表于 2020-9-1 19:16
当前问题和浓度没有任何直接联系
如果你是指有大批这种小分子，cluster命令不可能对分散的一堆分子来做 ...

哦我懂了，谢谢sob老师

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