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标题: 求助：amber进行能量最小化正常，一到加热就出现问题 [打印本页]

作者
Author: caroline 时间: 2020-8-30 23:01
标题: 求助：amber进行能量最小化正常，一到加热就出现问题
请问各位老师，我在使用AMBER进行模拟时，能量最小化是正常结束的，但是加热一步之后就结束了，输出文件如下所示：
APPROXIMATING switch and d/dx switch using CUBIC SPLINE INTERPOLATION
using 5000.0 points per unit in tabled values
TESTING RELATIVE ERROR over r ranging from 0.0 to cutoff
| CHECK switch(x): max rel err = 0.2738E-14 at 2.422500
| CHECK d/dx switch(x): max rel err = 0.8332E-11 at 2.782960
---------------------------------------------------
|---------------------------------------------------
| APPROXIMATING direct energy using CUBIC SPLINE INTERPOLATION
|  with 50.0 points per unit in tabled values
| Relative Error Limit not exceeded for r .gt. 2.47
| APPROXIMATING direct force using CUBIC SPLINE INTERPOLATION
|  with 50.0 points per unit in tabled values
| Relative Error Limit not exceeded for r .gt. 2.89
|---------------------------------------------------

NSTEP =       0 TIME(PS) =    0.000  TEMP(K) =    0.00  PRESS =    0.0
Etot = -17534520.2176  EKtot =       0.0000  EPtot    = -17534520.2176
BOND =    143.1349  ANGLE =    861.0061  DIHED    =    1532.1048
1-4 NB =    1354.7623  1-4 EEL = -17290633.8197  VDWAALS =    17078.4349
EELEC  = -264855.8408  EHBOND  =       0.0000  RESTRAINT  =       0.0000
Ewald error estimate: 0.5343E-03
------------------------------------------------------------------------------

这个是为什么呢？
谢谢！

作者
Author: DoubeeTwT 时间: 2020-8-31 00:36
本帖最后由 DoubeeTwT 于 2020-8-31 00:47 编辑

看一下最小化的最后几步是不是有报错具体文字我记不得了，意思大致就是有问题重新计算，几次之后就退出了
此时min的最后依然会输出用了多久，平均数值之类的信息，但其实存在问题

按照我之前的经验，heat没有报错没有输出的问题在min
min不稳定的原因在你的力场不合理

重新检查你的tleap中的warning
有几个warning是可以忽略的
1）电荷不为0，有时因为你自己做的小分子力场电荷没有调整为0或者其他问题会导致总电荷和整数差了0.00001这种
如果差的特别多，那你要检查你做力场时候的电荷计算
2）两端的氨基酸加帽，一个完整的氨基酸长链，N端C端各有一个，如果多于两个有问题
3）其他的问题一般都要重视，比如提示你特别长的键长连接等

作者
Author: caroline 时间: 2020-8-31 09:18

DoubeeTwT 发表于 2020-8-31 00:36
看一下最小化的最后几步是不是有报错具体文字我记不得了，意思大致就是有问题重新计算，几次之后就退出了
...

谢谢您的回复!
那这句话里面的-14.000004是指中心位置的电荷吗？
/public/software/amber20/amber20/bin/teLeap: Warning!
The unperturbed charge of the unit (-14.000004) is not zero.

作者
Author: caroline 时间: 2020-8-31 09:19

DoubeeTwT 发表于 2020-8-31 00:36
看一下最小化的最后几步是不是有报错具体文字我记不得了，意思大致就是有问题重新计算，几次之后就退出了
...

那力场设置不合理的话需要怎么修改呢？

作者
Author: DoubeeTwT 时间: 2020-8-31 14:25

caroline 发表于 2020-8-31 09:18
谢谢您的回复!
那这句话里面的-14.000004是指中心位置的电荷吗？
/public/software/amber20/amber20/bi ...

这一点点的电荷误差可以忽略，没有其他的报错吗？PS:建议将tleap的输出文件和min.out作为附件上传

作者
Author: caroline 时间: 2020-9-1 20:24

DoubeeTwT 发表于 2020-8-31 14:25
这一点点的电荷误差可以忽略，没有其他的报错吗？PS:建议将tleap的输出文件和min.out作为附件上传

谢谢您的回复！我后来使用单重态的QM结果来得到力场，就正常了。自旋多重度的选择会影响MD吗？如果是高自旋，与低自旋的处理方式会有所不同吗？

作者
Author: DoubeeTwT 时间: 2020-9-2 16:36

caroline 发表于 2020-9-1 20:24
谢谢您的回复！我后来使用单重态的QM结果来得到力场，就正常了。自旋多重度的选择会影响MD吗？如果是高自 ...

如果天然是单重态你用了三重态那就差了两个电子，这会导致在力场中的电荷分布不合理
一个极端的例子 - 原本应该带正电的C有可能就带负电了，那么甲基上的H就会由于斥力飞离C,那这种异常的位置会导致能量急剧升高，在min这一步中就会出问题

作者
Author: caroline 时间: 2020-9-2 19:10

DoubeeTwT 发表于 2020-9-2 16:36
如果天然是单重态你用了三重态那就差了两个电子，这会导致在力场中的电荷分布不合理
一个极端的例子 - ...

我是根据金属价态算的自选多重度，那我怎么知道整个酶天然状态下是几重态的呢？

作者
Author: DoubeeTwT 时间: 2020-9-2 20:59

caroline 发表于 2020-9-2 19:10
我是根据金属价态算的自选多重度，那我怎么知道整个酶天然状态下是几重态的呢？

蛋白质本身一定是单重态，只有过度金属在催化过程中涉及价态变化，这个就要找相关的文献了

作者
Author: caroline 时间: 2020-9-2 21:46

DoubeeTwT 发表于 2020-9-2 20:59
蛋白质本身一定是单重态，只有过度金属在催化过程中涉及价态变化，这个就要找相关的文献了

好的，谢谢！

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