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标题: 求助请问gromacs top的[atoms]里哪些是必须项？ [打印本页]

作者
Author: lqhenwunai 时间: 2020-8-31 11:28
标题: 求助请问gromacs top的[atoms]里哪些是必须项？
本帖最后由 lqhenwunai 于 2020-8-31 15:56 编辑

大家好，请问一下在gromacs的top文件里的[atoms]里，哪些是必须的？

我在尝试修改添加力场，其中在修改[atoms]部分时，一个测试是如下所示：

[ atoms ]
; nr    type  resnr residue  atom cgnr    charge mass
   1 OD2C1D    1 LIG          O       1             0    15.5994
   2 CD2O1D    1 LIG          C       1             0    11.611
   3 OD305A    1 LIG          O       1             0    15.5994

另一个测试是删除其中的residue那一列。我原本以为删除residue那列后，会报错，结果在grompp时竟然没有报错。

所以请问一下哪些项是必须的？

从代码看，
/* Fixed parameters */
if (sscanf(line, "%s%s%s%s%s%d",
             id, ctype, resnumberic, resname, name, &cgnumber) != 6)
{
      too_few(wi);
      return;
}
sscanf(id, "%d", &atomnr);
if ((type  = get_atomtype_type(ctype, atype)) == NOTSET)
{
      gmx_fatal(FARGS, "Atomtype %s not found", ctype);
}
ptype = get_atomtype_ptype(type, atype);

/* Set default from type */
q0 = get_atomtype_qA(type, atype);
m0 = get_atomtype_massA(type, atype);
typeB = type;
qB = q0;
mB = m0;

似乎这几项是必须的：id , ctype, resnumberic, resname, name, &cgnumber。如果这样的话，那ctype指的是OD2C1D这样的原子类型么？

另外感觉很困惑的是，怎么知道哪一列属于哪个类别呢？比如如果包括residue那一列，那第6列读入的就是charge group number。但如果不包括residue那一列，那读第6列就是charge那一列。这样的话在赋值的时候就有歧义了。我相信在其它地方肯定有验证，但是想不出是怎么验证的。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-31 17:48
就照标准格式写就完了，[atoms]字段在手册里都有说明，探究当前这个问题没什么意义。实在不放心的话可以gmx dump把最终得到的tpr里的信息打印出来看

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