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标题: ORCA finished by error termination in GTOInt错误解决 [打印本页]

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Author: teller3531 时间: 2020-9-1 14:07
标题: ORCA finished by error termination in GTOInt错误解决
最近打算用orca算点东西，按照sob老师的帖子量子化学程序ORCA的安装方法安装了ORCA和OPENMPI。但是发现提示错误：ORCA finished by error termination in GTOInt。几经折腾才发现原来sob老师早就为此写过帖子root用户在用openmpi并行计算时避免加--allow-run-as-root的方法为啥我会遇到ORCA finished by error termination in GTOInt因为
OpenMPI从2.0开始有个变态要求，即如果用户是root，则通过mpirun来并行运行程序时，会提示
mpirun has detected an attempt to run as root.
Running at root is *strongly* discouraged as any mistake (e.g., in
defining TMPDIR) or bug can result in catastrophic damage to the OS
file system, leaving your system in an unusable state.
然后不给算。如果非要算的话，必须mpirun命令带上--allow-run-as-root参数（其他方法见sob老师博文）。
当然sob老师也给出了当前最理想的解决方案：用openmpi4.0以上的版本
从OpenMPI 4.0开始，可以通过如下方式定义两个环境变量来允许root下也可以用mpirun，因此就不必像上文那样改源代码了。
export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT=1
export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT_CONFIRM=1
于是乎我重装了openmpi问题也随之解决了。极度赞同sob老师那句话：“在自己机子上从来都是用root账户，因为没权限限制，畅通无阻。只要我还没有变得脑痴，根本不会因为用了root而把系统搞坏”。
Open MPI: Version 4.0https://www.open-mpi.org/software/ompi/v4.0/

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-1 18:54
很多人的机子明明是自己独享的，却总是不肯定用root，怕这怕那，做好多事还得先sudo一下怪麻烦的，令我觉得很莫名其妙。都不是初学者了，又不会随随便便打什么rm -rf *，何故那么忌讳用root。我用十几年Linux也从来没有因为用root出过任何问题。OpenMPI的这个强制要求真是无比脑残。在Windows下大家也基本等于是在用root权限。

作者
Author: chrinide 时间: 2020-9-2 13:47
不用root我久觉得我在租用别人的机器，特别扭。

作者
Author: teller3531 时间: 2020-9-11 17:08
自己顶下，orca计算SCF不收敛，先别急着用关键字，可能各类方法都是过了也解决不了问题。我的体系有160个原子开始给了4核每个核3G，感觉差不多吧。问题就出在内存给少了，orca要多给内存，简单粗暴型的，要不错误会搞的你晕头转向。

作者
Author: doublezhang 时间: 2020-9-11 17:23

teller3531 发表于 2020-9-11 17:08
自己顶下，orca计算SCF不收敛，先别急着用关键字，可能各类方法都是过了也解决不了问题。我的体系有160个原 ...

最快的解决方法当然还是先用高斯偷偷收敛一下……

作者
Author: deepchem 时间: 2021-8-18 11:26
您好，今天在试用orca5.0的时候出现了这个错误，于是查到了这里。按照您所说的添加了环境变量，但这个问题仍然存在。于是新建了一个账号，用新建的账号运行仍然如此，新账号对所在目录权限是777，请问是否是这个原因造成的？需要重新安装OpenMOI吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-8-18 16:02

deepchem 发表于 2021-8-18 04:26
您好，今天在试用orca5.0的时候出现了这个错误，于是查到了这里。按照您所说的添加了环境变量，但这个问题 ...

检查一下有没有装gfortran，orca 5.0用的openmpi版本需要装gfortran才能正常运行。
如果装了gfortran还不行，把https://orcaforum.kofo.mpg.de/vi ... b37cca8b6ed9995c4bf这个主题帖里提到的方法都试一遍。
如果还不行，在那个主题帖底下发帖问

作者
Author: deepchem 时间: 2021-8-18 16:32

wzkchem5 发表于 2021-8-18 16:02
检查一下有没有装gfortran，orca 5.0用的openmpi版本需要装gfortran才能正常运行。
如果装了gfortran还 ...

ok了，就是因为没有安装gfortran。感谢！

作者
Author: smk 时间: 2022-3-8 10:55

deepchem 发表于 2021-8-18 16:32
ok了，就是因为没有安装gfortran。感谢！

您好，我也遇到这样的问题，想知道您用的gfortran是哪个版本？

作者
Author: zc12138 时间: 2022-5-24 00:18

smk 发表于 2022-3-8 10:55
您好，我也遇到这样的问题，想知道您用的gfortran是哪个版本？

想请问一下您这个问题解决了吗？我也出现了这个问题

作者
Author: nianbin 时间: 2022-11-29 10:41

deepchem 发表于 2021-8-18 16:32
ok了，就是因为没有安装gfortran。感谢！

我也遇到同样问题，也安装gfortran了，还是提示ORCA finished by error termination in GTOInt

作者
Author: 糖糖糖豆9988 时间: 2023-3-14 16:10

wzkchem5 发表于 2021-8-18 16:02
检查一下有没有装gfortran，orca 5.0用的openmpi版本需要装gfortran才能正常运行。
如果装了gfortran还 ...

l老师，5.0.4 GCC可以编译吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-14 17:15

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-14 09:10
l老师，5.0.4 GCC可以编译吗？

ORCA 5.0.4用的openmpi版本和之前的ORCA 5.0.x都是一致的，因此编译openmpi时需要注意的问题也完全一致，应该不会有新的问题

作者
Author: 糖糖糖豆9988 时间: 2023-3-14 17:31

wzkchem5 发表于 2023-3-14 17:15
ORCA 5.0.4用的openmpi版本和之前的ORCA 5.0.x都是一致的，因此编译openmpi时需要注意的问题也完全一致， ...

老师我在安装ORCA的时候，环境变量如图，测试例子报错“ORCA finished by error termination in GTOInt
Calling Command: mpirun -np 4 /home/fym/TL/ORCA/orca_gtoint_mpi CO.int.tmp CO
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
.... aborting the run”
；运行ls /hone/fyn/TL/openapi-4.1.1/bin和ls /hone/fyn/TL/openapi-4.1.1/lib显示出不同颜色的内容，应该编译了；但是运行mpirun --V显示的还是mpirun 2.1.1 ；请问老师，是环境变量的问题吗？谢谢

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Author: 隔壁老张sir 时间: 2023-11-4 20:28
一定要按sob老师安装教程贴子里说的安装ORCA程序包的文件名带着msmpi版本，不然也会报这个错误。

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