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标题: Gaussian过渡态求助 | Z/E顺反异构的过渡态 [打印本页]

作者
Author: ZZU_SCU 时间: 2020-9-1 15:35
标题: Gaussian过渡态求助 | Z/E顺反异构的过渡态
本帖最后由 ZZU_SCU 于 2020-9-12 23:40 编辑

大家好！需要用um062x/6-311G(d,p)的方法求出Z/E-TPE顺反异构的过渡态。分子式如图1所示
我尝试了三种方法搜索该反应过渡态：1.柔性扫描+能量最高值作为初猜。关键字：# opt=(calcall,ts,noeigentest,gdiis,notrustupdate,maxstep=5) freq um062x/6-311g(d,p) scrf=(solvent=thf) nosymm scf=(maxcycle=80,xqc) 。求出一个负为频率-67的结构。IRC验证不对。柔性扫描如图2，扫描的是乙烯基旋转角，从60°开始，扫描了23个点，3°/点。在突变处细化扫描没有展示。图3是过渡态搜索过程。
(, 下载次数 Times of downloads: 18) (, 下载次数 Times of downloads: 32)
第二种方法，从低精度的方法搜索逐步递进。1.半经验PM6；2.uhf/6-311G(d,p);都计算出来过渡态。但是最为初猜以关键字# opt=(calcall,ts,noeigentest,gdiis,notrustupdate,maxstep=5) freq um062x/6-311g(d,p) scrf=(solvent=thf) nosymm scf=(maxcycle=80,xqc) 搜索过渡态。没有成功。百度云盘中的UPM6.out UHF.log为低精度的过渡态。以此为初猜搜索出的过渡态虚频在氨基上。乙烯基旋转角大约为90°
第三种方法，我用UM062X/6-311(d,p)求出另一种相似结构的过渡态，以此结构改变氨基与氯的位置（已调节新加的键角和键长）求过渡态。也不成功。最终搜索到的是基态结构，虚频在氨基上。该结构的分子式如图4。TS在网盘TSdp.log 和IRC为IRC.log。
百度云盘：链接：https://pan.baidu.com/s/1-BJA9abXM3sA8-W9n1qekQ
提取码：hljy

如果您做过类似的异构化的过渡态的工作，请不吝赐教，谢谢！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-9-1 16:11
先说实验背景吧，你知道这是常温条件下异构化？光异构化？若是光异构化，涉及激发态，你在这基态下折腾一堆没啥用

不是想象有过渡态就能找出的

双键的旋转很可能涉及电子态的改变，因此你要清楚实验条件。

作者
Author: ZZU_SCU 时间: 2020-9-1 17:54

zjxitcc 发表于 2020-9-1 16:11
先说实验背景吧，你知道这是常温条件下异构化？光异构化？若是光异构化，涉及激发态，你在这基态下折腾一堆 ...

实验背景：室温下，该分子在溶液中，不会异构化。相同的结构相同条件，没有氯容易异构化。想证明带有氯的势垒高。如果从室温异构化考虑，就是从基态研究，就是我做的这些么？如果是光异构化如何研究呢，研究激发态势能面上的过渡态么？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-9-1 18:03

ZZU_SCU 发表于 2020-9-1 17:54
实验背景：室温下，该分子在溶液中，不会异构化。相同的结构相同条件，没有氯容易异构化。想证明带有氯的 ...

是。是。

作者
Author: ZZU_SCU 时间: 2020-9-1 18:12

zjxitcc 发表于 2020-9-1 18:03
是。是。

我试一下激发态势能面的过渡态，有可能是大气中的紫外线。在此基础上加上TD关键词么？Gaussian可以实现么？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-9-1 18:15

ZZU_SCU 发表于 2020-9-1 18:12
我试一下激发态势能面的过渡态，有可能是大气中的紫外线。在此基础上加上TD关键词么？Gaussian可以实现么 ...

高斯可以做TDDFT。还要注意也有可能是单-三态gap很小，所在的温度允许分子直接从单重态转变为三重态，这也涉及电子态的变化，如果是这样的，还要找MECP点。

作者
Author: ZZU_SCU 时间: 2020-9-1 18:22

zjxitcc 发表于 2020-9-1 18:15
高斯可以做TDDFT。还要注意也有可能是单-三态gap很小，所在的温度允许分子直接从单重态转变为三重态，这 ...

好的，我会注意的您提到的关键点，我去尝试一下。谢谢

作者
Author: biogon 时间: 2020-9-2 13:05
本帖最后由 biogon 于 2020-9-2 13:12 编辑

做个激发态势能面扫描看看，在S1说不定能找到那个过渡态，但是根据以前跑乙烯的激发态动力学的经验来看这个异构的过程应该是和激发态势能面交叉有关系的

作者
Author: ZZU_SCU 时间: 2020-9-2 16:28

biogon 发表于 2020-9-2 13:05
做个激发态势能面扫描看看，在S1说不定能找到那个过渡态，但是根据以前跑乙烯的激发态动力学的经验来看这个 ...

好的，谢谢，我去试试看

作者
Author: Lzw1281 时间: 2023-10-24 09:12

ZZU_SCU 发表于 2020-9-2 16:28
好的，谢谢，我去试试看

您好请问您的问题解决了吗我也遇到相似的问题

作者
Author: ZZU_SCU 时间: 2023-10-24 20:31

Lzw1281 发表于 2023-10-24 09:12
您好请问您的问题解决了吗我也遇到相似的问题

解决了，试试减小步长，每步都计算hessian矩阵就能得到

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