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标题: Gaussain16计算CdS周期结构报错求助 [打印本页]

作者
Author: 三只科研鼠 时间: 2020-9-1 23:13
标题: Gaussain16计算CdS周期结构报错求助
量子化学刚入门小白，因能力有限，遇到不能解决的问题，在此虚心请教各位老师

（第一次发帖，不知道格式对不对

）

   1. 背景：正在使用《Solid State Calculations Using gaussian:The Definitive Guide to G09 PBC Calculations 》手册学习 Gaussain PBC。

   2. 报错分类：练习手册 18 页 CdS 算例（已经上传gif）时，计算能量高斯报错。根据论坛常见问题总结一帖中，小白觉得这里有两类问题：

                     1）Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO. 2）Error: segmentation violation 、/lib64/libpthread.so.0、/lib64/libc.so.6(kill+0x7)

   3. 原因分析： 1）找真正的报错，小白怀疑是这个原因 No pseudopotential on this center ？
                        2）不清楚。

   4.尝试的办法：1）按照【Gaussian 常见报错及解决方法；新手求助报错时的注意事项】帖子提示，尝试删除了/scratch 内的文件等；
                        2）已确定 CPU 支持 AVX2。

   5. 自己电脑配置：CPU 3900X 32G内存 512G固态
                        （请老师放过问我为什么用AMD的U

，小白装Intel Parallel .. xe，g16, vasp的时候才后悔呀

）

再次感谢各位老师的解答！

作者
Author: paramecium86 时间: 2020-9-1 23:57
本帖最后由 paramecium86 于 2020-9-2 00:01 编辑

错误提示在中间
Warning:  center 1 has no basis functions!
Warning:  center 2 has no basis functions!
Warning:  center 3 has no basis functions!
Warning:  center 4 has no basis functions!

关键词写了GenECP但是却没有在文件末尾给出相应的基组输入。
http://sobereva.com/60 自定义基组写法见此贴

作者
Author: 三只科研鼠 时间: 2020-9-2 08:50

paramecium86 发表于 2020-9-1 23:57
错误提示在中间
Warning:  center 1 has no basis functions!
Warning:  center 2 has no basis  ...

感谢解答！我现在重新试一下

作者
Author: biogon 时间: 2020-9-2 12:51
建议用QE，甭用高斯算周期性体系

作者
Author: bobosiji 时间: 2020-9-2 23:29

biogon 发表于 2020-9-2 12:51
建议用QE，甭用高斯算周期性体系

不是vasp？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-9-3 00:18

biogon 发表于 2020-9-2 12:51
建议用QE，甭用高斯算周期性体系

一定要用GTO可以用crystal算周期性

作者
Author: biogon 时间: 2020-9-5 09:57
本帖最后由 biogon 于 2020-9-5 15:50 编辑

bobosiji 发表于 2020-9-2 23:29
不是vasp？

qe不要钱还有好上手的图形界面，比vasp容易了不少

作者
Author: biogon 时间: 2020-9-5 15:50

喵星大佬发表于 2020-9-3 00:18
一定要用GTO可以用crystal算周期性

GTO相比PW有什么优势没有

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-9-5 15:55
本帖最后由喵星大佬于 2020-9-5 16:17 编辑

biogon 发表于 2020-9-5 15:50
GTO相比PW有什么优势没有

计算局域化Wannier函数之类的局域函数的时候效率更高吧。对于绝缘体/半导体，最大局域化Wannier函数大概相当于孤立体系的局域轨道吧。
其他的嘛。。。。等sob老师进军第一性的时候还会提的吧，固体我也没怎么研究过

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-8 11:22

biogon 发表于 2020-9-5 15:50
GTO相比PW有什么优势没有

在大体系上有很多加速技巧可以用，这也是为什么CP2K对大体系能做得那么快

作者
Author: biogon 时间: 2020-9-8 11:26

sobereva 发表于 2020-9-8 11:22
在大体系上有很多加速技巧可以用，这也是为什么CP2K对大体系能做得那么快

难怪CP2K那么快

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-9-8 11:59

sobereva 发表于 2020-9-8 11:22
在大体系上有很多加速技巧可以用，这也是为什么CP2K对大体系能做得那么快

CP2K主要用的还是GPW吧。。。组合的GTO和PW

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-9 06:42

喵星大佬发表于 2020-9-8 11:59
CP2K主要用的还是GPW吧。。。组合的GTO和PW

CP2K本质基于GTF展开轨道，PW起到辅助基组的用处。

作者
Author: 三只科研鼠 时间: 2020-10-22 15:40

biogon 发表于 2020-9-2 12:51
建议用QE，甭用高斯算周期性体系

我使用加点电荷的簇模型，用量化方法。谢谢回复！

作者
Author: biogon 时间: 2020-10-22 16:23

三只科研鼠发表于 2020-10-22 15:40
我使用加点电荷的簇模型，用量化方法。谢谢回复！

簇模型和PBC完全就不一样，高斯那PBC也就一维的能凑合用下

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-10-23 00:32
Gaussian的PBC还是不太建议使用。对于大体系PW其实很慢。计算的标度不止和电子数目相关，还和PW的FFT网格数相关，FFT网格数和晶格尺寸有关，但通常从小体系扩展到大体系并不会一个方向扩大晶胞，这样计算量会暴增。就这个角度说，CP2K的GPW方式采用PW做辅助基组并非效率上的选择。

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