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标题: SMD模型用的溶剂表面求助 [打印本页]

作者
Author: michaelm 时间: 2020-9-2 14:21
标题: SMD模型用的溶剂表面求助
计算一个反应的自由能变化，A+B->C。在m06-2x/def2-tzvp/SMD层次上优化。

在某个优化步骤SCF死活收敛不了，查了查，m06-2x和SMD经常会遇上这个问题，可以用surface=SAS改变溶剂表面的定义来解决。果然修改之后就顺利收敛了。

用一个非常类似的体系，用默认的溶剂表面和SAS表面各自计算了一遍，发现两种设置得到的反应自由能非常不一样，一个是+5kcal/mol，一个是-3kcal/mol。

这个就郁闷了，这两个结果完全不一样。哪一种更可靠？哪位知道，有什么说法哪一种溶剂表面更“正确”么？

作者
Author: Frank 时间: 2020-9-2 18:37
vdW

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-9-2 18:46
你计算反应自由能的的时候A,B,C的surface设置是一致的吗？体系的几何结构是什么样的呢

作者
Author: DoubeeTwT 时间: 2020-9-2 21:04
先进行几何优化，然后再计算单点能的时候选择不同的溶剂接触模式，控制一下结构变动带来的影响

关于溶剂表面积的不同表示，看sob老师这篇博文
《谈谈分子体积的计算》 http://sobereva.com/102

作者
Author: michaelm 时间: 2020-9-2 23:21
ABC的surface设置当然一样了，算了两套，分别用SAS和默认设置。我的体系有80多个原子，优化的最终结构看起来都很正常和类似。

先进行气态的几何优化，再计算单点能的话，我估计用哪一个表面应该差不多，毕竟几何结构一样。但是这样没有直接在SMD下优化合理。我的体系包含正负离子，溶剂对结构还是有不小的影响。只是优化过程中溶剂表面用哪一个模型，会导致优化的结构和能量不同，出乎了我的意料。无法判断哪一种更合理。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-3 01:27
我总建议优化用IEFPCM而不用SMD

SMD方法自身定义了原子半径、根据原子球叠加构建表面，并为此而参数化，所以起码算能量的时候，原理上必须用SMD默认的溶质孔洞设置（不叫“溶剂表面”）

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