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标题: 求助：如何后处理获得Gromacs计算结果中的二维电荷分布图 [打印本页]

作者
Author: Penson 时间: 2020-9-3 09:11
标题: 求助：如何后处理获得Gromacs计算结果中的二维电荷分布图
如附件中论文及贴图(a)所示，作者采用Gromacs对离子液体中的导电MOF在不同电场状态下进行了MD计算，可以获得相应的离子分布和电荷分布二维mapping，离子分布应该可以使用gmx densmap指令获得，我自己尝试过，可行，但是电荷分布使用该指令无法完成，可参考：https://hits-mbm.github.io/gromacs-documentation/sliced-pull/2016.5/onlinehelp/gmx-densmap.html。想请教各位老师同学，是否有更好的后处理办法获得这种类型的数据呢？
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作者
Author: Lacrimosa 时间: 2020-9-3 13:56
通过gmx densmap获得数密度的data数据，然后乘相应的电荷量或许可行？

作者
Author: Penson 时间: 2020-9-4 01:26

Lacrimosa 发表于 2020-9-3 13:56
通过gmx densmap获得数密度的data数据，然后乘相应的电荷量或许可行？

好的，感谢，我回去试一下

作者
Author: 16whzhengdn 时间: 2021-8-2 16:55
本帖最后由 16whzhengdn 于 2021-8-2 18:31 编辑

楼主好，请问使用gmx densmap指令获得离子分布 .dat文件如何绘制出离子密度（x）相关与离子分布（y）图?

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-12 05:37

16whzhengdn 发表于 2021-8-2 16:55
楼主好，请问使用gmx densmap指令获得离子分布 .dat文件如何绘制出离子密度（x）相关与离子分布（y）图?

(, 下载次数 Times of downloads: 13)

结合着densmap的help看

作者
Author: 16whzhengdn 时间: 2021-8-16 08:42

sobereva 发表于 2021-8-12 05:37
结合着densmap的help看

谢谢老师！

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