计算化学公社

标题: 如何用gmx将一个cluster加入到一个甲醇盒子中？ [打印本页]

作者
Author: snow_wl 时间: 2020-9-4 08:37
标题: 如何用gmx将一个cluster加入到一个甲醇盒子中？
各位老师好，请问如何用gmx将一个cluster加入到一个甲醇盒子中？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-4 08:43
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“用gmx构建甲醇溶剂”改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-4 08:45
如果事先已经有平衡好的甲醇盒子，用gmx solvate对溶质附近填充甲醇溶剂。如果没有，用packmol构建
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

用gmx insert-molecules亦可，但效果不如用packmol

作者
Author: naoki 时间: 2021-11-13 21:22

sobereva 发表于 2020-9-4 08:45
如果事先已经有平衡好的甲醇盒子，用gmx solvate对溶质附近填充甲醇溶剂。如果没有，用packmol构建
分子动 ...

Sob老师好，我想请教您一下，如果已经有平衡好的盒子，能否用packmol填充溶剂呢？比如先将盒子pdb文件用packmol填充，填充尺寸设置成与已有盒子尺寸一致，数量设为1，再在同尺寸下填充数个溶剂分子。这样做出来靠谱吗，谢谢啦！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-14 03:32

naoki 发表于 2021-11-13 21:22
Sob老师好，我想请教您一下，如果已经有平衡好的盒子，能否用packmol填充溶剂呢？比如先将盒子pdb文件用p ...

不能
你提供给packmol的必须是单分子的结构文件，指定填多少。如果你提供给packmol平衡好的盒子的pdb文件，那就相当于往空白区域里位置随机地塞一块一块的已有的盒子，肯定最后有大量空白区域，因此达不到目的。

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