计算化学公社

标题: 请问关于gromacs的以下几个warnings 能忽略么？ [打印本页]

作者
Author: lqhenwunai 时间: 2020-9-4 09:56
标题: 请问关于gromacs的以下几个warnings 能忽略么？
大家好，请问一下，关于gromacs的以下几个warnings我能忽略么？

NOTE 1 [file minim.mdp]:
  With Verlet lists the optimal nstlist is >= 10, with GPUs >= 20. Note
  that with the Verlet scheme, nstlist has no effect on the accuracy of
  your simulation.

Setting the LD random seed to 177923102
Generated 339076 of the 339076 non-bonded parameter combinations
Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5
Generated 339076 of the 339076 1-4 parameter combinations
Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'LIG'

NOTE 2 [file topol.top, line 8]:
  System has non-zero total charge: -0.115613
  Total charge should normally be an integer. See
  http://www.gromacs.org/Documentation/Floating_Point_Arithmetic
  for discussion on how close it should be to an integer.


WARNING 1 [file topol.top, line 8]:
  You are using Ewald electrostatics in a system with net charge. This can
  lead to severe artifacts, such as ions moving into regions with low
  dielectric, due to the uniform background charge. We suggest to
  neutralize your system with counter ions, possibly in combination with a
  physiological salt concentration.

作者
Author: 向往阳光 时间: 2020-9-4 12:33
看情况，如果每个分子的电荷设置是合理的，但由于误差，总的净电荷稍微偏离0没关系。但如果是因为分子电荷设置本身不合理，总的净电荷不为0就是有问题的。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-5 02:35
一般不能忽略。看看每种分子类型的净电荷是多少，明显偏离整数的需要进行修正。

作者
Author: lqhenwunai 时间: 2020-9-6 09:16

sobereva 发表于 2020-9-5 02:35
一般不能忽略。看看每种分子类型的净电荷是多少，明显偏离整数的需要进行修正。

谢谢。每个溶剂分子偏离-0.0002. 因此溶剂分子越多，偏离就越大了。请问这种情况能忽略么？另外有没有一般性的经验，比如偏离多少以下可以忽略？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-7 06:27

lqhenwunai 发表于 2020-9-6 09:16
谢谢。每个溶剂分子偏离-0.0002. 因此溶剂分子越多，偏离就越大了。请问这种情况能忽略么？另外有没有一 ...

自己修正一下就完了，随便把0.0002平摊到一个或多个原子上。显然当这类分子数多的时候，总和就会偏离整数非常显著。

或者用Multiwfn计算RESP电荷，Multiwfn输出电荷时保留的小数位数很多，可确保加和为0

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