计算化学公社

标题: 求助，REAXFF下的data文件需要包含哪些参数？ [打印本页]

作者
Author: WB1040720479 时间: 2020-9-4 16:18
标题: 求助，REAXFF下的data文件需要包含哪些参数？
REAXFF下的data文件中是否只需要原子坐标和质量就可，键角二面角等信息还需要吗？

作者
Author: dummy1 时间: 2020-9-5 04:05
ReaxFF不需要原子连接信息，它自动计算

作者
Author: WB1040720479 时间: 2020-9-5 14:30

dummy1 发表于 2020-9-5 04:05
ReaxFF不需要原子连接信息，它自动计算

也就是说data文件里只需要坐标电荷就可以了吧。然后in文件里不需要bond-style,可以这么理解吗？

作者
Author: dummy1 时间: 2020-9-6 09:14

WB1040720479 发表于 2020-9-5 14:30
也就是说data文件里只需要坐标电荷就可以了吧。然后in文件里不需要bond-style,可以这么理解吗？

电荷其实也不需要，程序按照eem公式自动计算电荷。。。in文件我不清楚，因为我没有用过lammps，你可以看看lammps自带的例子

作者
Author: WB1040720479 时间: 2020-9-6 14:02

dummy1 发表于 2020-9-6 09:14
电荷其实也不需要，程序按照eem公式自动计算电荷。。。in文件我不清楚，因为我没有用过lammps，你可以看 ...

我用VMD导出的data文件O元素的电荷是11，请问大哥有没有好的解决方法。

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2020-9-6 14:34

WB1040720479 发表于 2020-9-6 14:02
我用VMD导出的data文件O元素的电荷是11，请问大哥有没有好的解决方法。

vmd的tkconsole里输入[atomselect top "element O"] set charge xx 就可以改电荷了xx就是你要输入的电荷量

作者
Author: WB1040720479 时间: 2020-9-6 21:38

Lacrimosa 发表于 2020-9-6 14:34
vmd的tkconsole里输入[atomselect top "element O"] set charge xx 就可以改电荷了xx就是你要输入的电荷 ...

感谢回复，请问这与楼上大哥说的后面自动计算的电荷会有冲突吗？

作者
Author: tizi794 时间: 2021-11-23 08:52

WB1040720479 发表于 2020-9-5 14:30
也就是说data文件里只需要坐标电荷就可以了吧。然后in文件里不需要bond-style,可以这么理解吗？

请问是这样输入的吗？输入的电荷是不是可以全弄成0

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