计算化学公社

标题: LINUX系统下如何将chk文件转换成fchk文件呀？ [打印本页]

作者
Author: zhoufan88 时间: 2015-10-17 10:07
标题: LINUX系统下如何将chk文件转换成fchk文件呀？
请问大家，LINUX系统下如何将chk文件转换成fchk文件呀？谢谢！

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-10-17 10:27
需要目录下的formchk 软件是吧？比如说你的formchk程序在/a/b下，你要转换的文件是a/c/123.chk 那么是不是这样写：/a/b/formchk a/c/123.chk a/c/123.fchk 我也很菜，坐等别人指点

作者
Author: diaolanxinyu 时间: 2015-10-17 13:49
for i in *.chk;do /opt/gaussian/g09d01/formchk $i; done
sobereva老师教的可以批量转换chk文件的命令，注意替换为自己的安装路径。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-17 15:23
运行formchk xxx.chk就会将xxx.chk转化为xxx.fchk，formchk是Gaussian自带的自工具，就在Gaussian目录下。
注意哪个版本Gaussian算的chk文件就用哪个Gaussian自带的formchk转换

批量转换见
使用Gaussian时的几个实用脚本和命令
http://sobereva.com/258

PS：另外还有个fchk关键词（等价于Formcheck关键词），计算的时候加上这个关键词的话，任务运行完毕后都会在scratch路径下生成Test.FChk文件，就不用再单独通过formchk程序进行转换。

作者
Author: PESPES 时间: 2021-5-1 16:52

sobereva 发表于 2015-10-17 15:23
运行formchk xxx.chk就会将xxx.chk转化为xxx.fchk，formchk是Gaussian自带的自工具，就在Gaussian目录下。
...

请教一下sob老师，如果转化的时候提示内存不足有什么处理方法么

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-1 22:38

PESPES 发表于 2021-5-1 16:52
请教一下sob老师，如果转化的时候提示内存不足有什么处理方法么

设置GAUSS_MEMDEF环境变量，此文提及了
巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法
http://sobereva.com/481（http://bbs.keinsci.com/thread-13140-1-1.html）

作者
Author: dingniu2 时间: 2021-5-2 11:12

sobereva 发表于 2021-5-1 22:38
设置GAUSS_MEMDEF环境变量，此文提及了
巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法
http://sobereva. ...

请问老师GAUSS_MEMDEF设置内存使用上限，那么调用的核数要不要设置？如何设置？不设置Gaussian16-linux会自动调用可用的最大核数吗？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-2 17:48

dingniu2 发表于 2021-5-2 11:12
请问老师GAUSS_MEMDEF设置内存使用上限，那么调用的核数要不要设置？如何设置？不设置Gaussian16-linux会 ...

不用。不会

作者
Author: gg302694005 时间: 2021-5-27 17:22

sobereva 发表于 2015-10-17 15:23
运行formchk xxx.chk就会将xxx.chk转化为xxx.fchk，formchk是Gaussian自带的自工具，就在Gaussian目录下。
...

sob老师，我在使用formchk命令将*.chk转换为*.fchk时，系统显示这个错误“Error: segmentation violation”应该怎么解决呢，谢谢老师！file:///F:/asd/fchk%20error.png

作者
Author: gg302694005 时间: 2021-5-27 17:24

gg302694005 发表于 2021-5-27 17:22
sob老师，我在使用formchk命令将*.chk转换为*.fchk时，系统显示这个错误“Error: segmentation violation ...

补充截图说明

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2021-5-27 17:28
本帖最后由北大-陶豫于 2021-5-27 17:30 编辑

gg302694005 发表于 2021-5-27 17:24
补充截图说明

可能是计算出错（例如SCF收敛失败，进程被杀了）导致chk文件内容不正常，可能是你用Windows上的chk放到Linux上转换（Windows和Linux的文本文件可以互相兼容，但是二进制文件不可以）

作者
Author: gg302694005 时间: 2021-5-27 18:13

北大-陶豫发表于 2021-5-27 17:28
可能是计算出错（例如SCF收敛失败，进程被杀了）导致chk文件内容不正常，可能是你用Windows上的chk放到Li ...

老师，.log文件里没有SCF报错，结果都是正常的，此外，整个计算都是在linux系统下进行的，是否还有其他可能造成这个问题的原因呢

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2021-5-27 19:13

gg302694005 发表于 2021-5-27 18:13
老师，.log文件里没有SCF报错，结果都是正常的，此外，整个计算都是在linux系统下进行的，是否还有其他可 ...

不好意思，不太清楚别的可能原因

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-27 22:41

gg302694005 发表于 2021-5-27 17:24
补充截图说明

图片没显示出来绝对不要再发新帖，一定要重新编辑原帖

formchk转换需要注意的此文都说了
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379（http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html）

死活找不到原因就重算个单点再试

作者
Author: gg302694005 时间: 2021-5-28 09:41

sobereva 发表于 2021-5-27 22:41
图片没显示出来绝对不要再发新帖，一定要重新编辑原帖

formchk转换需要注意的此文都说了

谢谢老师提醒，下次发帖一定注意。之前是我粗心，找到无法转换的原因了。是因为生成的*.chk文件只有几k没有数据，但是计算完后的log文件中末尾是正常收敛结束的，并且我仔细检查SCF都收敛了，为什么chk文件里面会没有数据呢？输入（.gjf）输出(.log)文件以及生成的.chk文件如附件所示。谢谢sob老师

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-29 00:35

gg302694005 发表于 2021-5-28 09:41
谢谢老师提醒，下次发帖一定注意。之前是我粗心，找到无法转换的原因了。是因为生成的*.chk文件只有几k没 ...

无法判断，和软件环境可能有关。重算就完了

作者
Author: gg302694005 时间: 2021-5-29 09:41

sobereva 发表于 2021-5-29 00:35
无法判断，和软件环境可能有关。重算就完了

老师，我改变关键词与服务器重算了好多次，都还是一样的问题，我自己再试试吧，谢谢老师

作者
Author: gg302694005 时间: 2021-5-29 17:41

sobereva 发表于 2021-5-29 00:35
无法判断，和软件环境可能有关。重算就完了

老师，问题解决了，我把nprocshared的8改成了16问题就解决了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)