计算化学公社

标题: ATB提交文件出现Possible missing hydrogens or incomplete valence求助 [打印本页]

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-9-7 16:51
标题: ATB提交文件出现Possible missing hydrogens or incomplete valence求助
请问大家Automated topology builder(ATB)中提交文件出现warning！Possible missing hydrogens or incomplete valence
lf any hydrogens are missing the quantum mechanical calculations and the resulting force field will be incorrect.Even if you intend to generate a united-atom topology,you still must.All atoms are present.The number of hydrogens is low compared with an average molecule.
我的氢键已经加了，但还是有问题，可能是不完整的价态。这个该怎么解决呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-8 08:27
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“Automated topology builder(ATB)”改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-8 08:29
“氢键已经加了”描述完全不当。氢键根本不体现在结构文件里，只能说加没加氢
说不清楚就把文件直接上传在这里，别人一看便知

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-9-8 22:07
好的，sobereva老师，谢谢

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-9-8 22:08

sobereva 发表于 2020-9-8 08:29
“氢键已经加了”描述完全不当。氢键根本不体现在结构文件里，只能说加没加氢
说不清楚就把文件直接上传在 ...

可以帮我看看么？我不知道到底是哪里有错误，导致它总是提示Possible missing hydrogens or incomplete valence
COMPND UNNAMED
AUTHOR GENERATED BY OPEN BABEL 2.3.90
HETATM 1  O UNL    1    6.949  21.590  22.300  1.00  0.00          O
HETATM 2  C UNL    1    6.790  20.445  23.061  1.00  0.00          C
HETATM 3  C UNL    1    7.906  19.794  23.658  1.00  0.00          C
HETATM 4  C UNL    1    9.155  20.409  23.478  1.00  0.00          C
HETATM 5  O UNL    1    10.190  19.890  23.881  1.00  0.00          O
HETATM 6  C UNL    1    9.260  21.602  22.833  1.00  0.00          C
HETATM 7  H UNL    1    10.155  22.036  22.757  1.00  0.00          H
HETATM 8  C UNL    1    8.171  22.186  22.276  1.00  0.00          C
HETATM 9  C UNL    1    8.277  23.398  21.601  1.00  0.00          C
HETATM 10  C UNL    1    7.864  23.521  20.250  1.00  0.00          C
HETATM 11  O UNL    1    7.314  22.474  19.597  1.00  0.00          O
HETATM 12  H UNL    1    8.020  22.181  18.991  1.00  0.00          H
HETATM 13  C UNL    1    8.073  24.725  19.539  1.00  0.00          C
HETATM 14  O UNL    1    7.806  24.823  18.213  1.00  0.00          O
HETATM 15  H UNL    1    8.116  23.978  17.815  1.00  0.00          H
HETATM 16  C UNL    1    8.593  25.849  20.207  1.00  0.00          C
HETATM 17  H UNL    1    8.708  26.733  19.709  1.00  0.00          H
HETATM 18  C UNL    1    8.966  25.751  21.559  1.00  0.00          C
HETATM 19  H UNL    1    9.339  26.567  22.045  1.00  0.00          H
HETATM 20  C UNL    1    8.832  24.531  22.243  1.00  0.00          C
HETATM 21  H UNL    1    9.121  24.479  23.224  1.00  0.00          H
HETATM 22  C UNL    1    7.691  18.599  24.396  1.00  0.00          C
HETATM 23  O UNL    1    8.689  17.899  24.993  1.00  0.00          O
HETATM 24  H UNL    1    9.414  17.863  24.337  1.00  0.00          H
HETATM 25  C UNL    1    6.388  18.094  24.551  1.00  0.00          C
HETATM 26  H UNL    1    6.239  17.236  25.092  1.00  0.00          H
HETATM 27  C UNL    1    5.288  18.755  23.979  1.00  0.00          C
HETATM 28  O UNL    1    4.054  18.235  24.181  1.00  0.00          O
HETATM 29  H UNL    1    3.413  18.932  23.940  1.00  0.00          H
HETATM 30  C UNL    1    5.492  19.925  23.224  1.00  0.00          C
HETATM 31  H UNL    1    4.691  20.400  22.796  1.00  0.00          H
CONECT 1 2 8
CONECT 2 1 3 30
CONECT 3 2 4 22
CONECT 4 3 5 6
CONECT 5 4
CONECT 6 4 7 8
CONECT 7 6
CONECT 8 1 6 9
CONECT 9 8 10 20
CONECT 10 9 11 13
CONECT 11 10 12
CONECT 12 11
CONECT 13 10 14 16
CONECT 14 13 15
CONECT 15 14
CONECT 16 13 17 18
CONECT 17 16
CONECT 18 16 19 20
CONECT 19 18
CONECT 20 9 18 21
CONECT 21 20
CONECT 22 3 23 25
CONECT 23 22 24
CONECT 24 23
CONECT 25 22 26 27
CONECT 26 25
CONECT 27 25 28 30
CONECT 28 27 29
CONECT 29 28
CONECT 30 2 27 31
CONECT 31 30
MASTER       0 0 0 0 0 0 0 0 31 0 31 0
END

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-9 06:39

琦锅锅发表于 2020-9-8 22:08
可以帮我看看么？我不知道到底是哪里有错误，导致它总是提示Possible missing hydrogens or incomplete v ...

直接上传文件，别贴文件内容

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-9-9 09:16

sobereva 发表于 2020-9-9 06:39
直接上传文件，别贴文件内容

我有几个化合物上传都出现了这种问题，我把文件上传了。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-10 04:00

琦锅锅发表于 2020-9-9 09:16
我有几个化合物上传都出现了这种问题，我把文件上传了。

pdb倒是没什么异常。通过SMILES字符串方式提交，如果还不行，可能ATB服务器有bug，发邮件问管理员

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-9-10 09:41

sobereva 发表于 2020-9-10 04:00
pdb倒是没什么异常。通过SMILES字符串方式提交，如果还不行，可能ATB服务器有bug，发邮件问管理员

好的，非常感谢Sobereva老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)