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标题: packmol建模后npt，原子坐标消失 [打印本页]

作者
Author: L4Bo2 时间: 2020-9-8 10:04
标题: packmol建模后npt，原子坐标消失
用packmol建模，模型有三种原子，固定了2，3种原子后，对整个体系弛豫，弛豫后2，3种原子的坐标显示都为0，这算是为什么，这是in文件

我用packmol建了一个三元体系，后面nve/limit或npt弛豫后，第2，3种原子在write_data出的坐标文件中位置都为0，in文件这样
echo screen
units metal
boundary       p p p
atom_style    atomic

read_data    042
#mass 1 56
#mass 2 48
#mass 3 16

#pair_style    soft 2.5
#pair_coeff    * * 5.0
pair_style    eam/alloy
pair_coeff    * * FeTiO.lammps.EAM Fe Ti O

timestep       0.001
thermo  100

group a type 1
group b type 2 3

fix    1 all nve/limit 0.5
run    100000 every 1 "set group b vx 0.0 vy 0.0 vz 0.0"
unfix 1
#fix 1 all npt temp 2500 2500 0.1 iso 0.0 0.0 10.0
#run 100000 every 1 "set type 2*3 vx 0.0 vy 0.0 vz 0.0"
#unfix  1

write_data    043
坐标文件

作者
Author: WB1040720479 时间: 2020-9-8 11:38
不固定的话结果是什么样鸭？另外你是怎么实现固定的？

作者
Author: L4Bo2 时间: 2020-9-8 14:25

WB1040720479 发表于 2020-9-8 11:38
不固定的话结果是什么样鸭？另外你是怎么实现固定的？

不固定不会出现坐标为0的情况，固定方法试了几种，对原子分组，对不固定的原子进行弛豫：或者用set设置速度为0，都会出现坐标为0的现象。

作者
Author: L4Bo2 时间: 2020-9-8 16:06
文件里坐标显示为0，但用ovito打开后原子并没有移动，这是视为是什么啊

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