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标题: 求助请问gromacs里有什么技巧可以减小fluctuation？ [打印本页]

作者
Author: lqhenwunai 时间: 2020-9-8 11:16
标题: 求助请问gromacs里有什么技巧可以减小fluctuation？
本帖最后由 lqhenwunai 于 2020-9-8 11:18 编辑

比如我算偶极矩，578个分子298K下跑了5ns，在计算介电常数的时候，flucutation太大了，都快接近central value了。请问怎么减少fluctuation呢？谢谢。

另外想请问一下，下面的输出中写到：
Start fit at 100.000000 ps (100.000000).
End fit at 400.000000 ps (400.000000).
这个是fit什么呢？

我的输入命令为：gmx current -f nvt.trr -s nvt.tpr -temp 298 -o nvt-out.xvg

Fluctuations:
epsilon=92.388176

deltaM_D , deltaM_J, deltaM_JD: (24.957235, -0.000000, -0.000000)

********************************************

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Average volume V=64.144249 nm^3 at T=298.000000 K
and corresponding refactor 1.0 / 3.0*V*k_B*T*EPSILON_0: 3.661791

Start fit at 100.000000 ps (100.000000).
End fit at 400.000000 ps (400.000000).

Einstein-Helfand fit to the MSD of the translational dipole moment yields:

sigma=0.0000
translational fraction of M^2: 0.0000
Dielectric constant using EH: 96.6047

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-9-15 11:49
你就算跑个flexible water，介电常数也得~10 ns才能看出来明显收敛。分子更大的话收敛更难。

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