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标题: 求助结果文件的含义：tleap结果文件 [打印本页]

作者
Author: 任嘉人amber 时间: 2020-9-8 20:06
标题: 求助结果文件的含义：tleap结果文件
本帖最后由任嘉人amber 于 2020-9-19 20:38 编辑

各位老师好，我tleap运行成功了并没有报错，但是我看不懂结果文件中第一张图片3,4,5行这三行的参数是什么含义呢，我设置的盒子大小28.0埃又是在哪里体现的呢，这个是怎么个原理呢？Solvent has no box, so preparing by making box including vdw(Use 'setBox centers' first if box was pre-equilibrated)，因为我自己建的一个溶剂盒子，这个的意思是我建立成功了么？为什么我改变盒子大小的时候，这个值Solute vdw bounding box: 却不变呢？Total bounding box for atom centers:和Solvent unit box: 表达的数值又是代表着什么含义呢？我该如何控制呢？谢谢各位老师了。
老师，那最后这张图total vdw box size这个数值是怎么得出来的呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-9 06:27
例如z方向，14.6+2*28=70.6。即原本溶质z方向14.6埃，往两头扩28埃，最后是70.6埃

Solute vdw bounding box是由mol的坐标决定的，跟加多厚的盒子显然没关系。

作者
Author: 任嘉人amber 时间: 2020-9-11 16:07

sobereva 发表于 2020-9-9 06:27
例如z方向，14.6+2*28=70.6。即原本溶质z方向14.6埃，往两头扩28埃，最后是70.6埃

Solute vdw bounding ...

老师，这个往两头扩的空间中会加有溶剂分子么，改变这个数值溶剂分子的数量就会改变吧

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-12 05:00

任嘉人amber 发表于 2020-9-11 16:07
老师，这个往两头扩的空间中会加有溶剂分子么，改变这个数值溶剂分子的数量就会改变吧

显然会
不放心的话你把当前结构保存出来看一眼便知

作者
Author: 任嘉人amber 时间: 2020-9-13 21:41

sobereva 发表于 2020-9-12 05:00
显然会
不放心的话你把当前结构保存出来看一眼便知

好的，谢谢老师

作者
Author: 任嘉人amber 时间: 2020-9-14 10:55

sobereva 发表于 2020-9-12 05:00
显然会
不放心的话你把当前结构保存出来看一眼便知

老师，我还有一个问题，就是这个缓冲区设定的大小与什么因素有关，如果不设置的话，是不是会与自身重合，为了避免和自己的重合才要设定这个缓冲区，一般设置的值大概在多少才是合理的呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-16 09:34

任嘉人amber 发表于 2020-9-14 10:55
老师，我还有一个问题，就是这个缓冲区设定的大小与什么因素有关，如果不设置的话，是不是会与自身重合， ...

不让溶剂层有一定厚度的话，当前溶质就和相邻盒子里的镜像相互作用了，显然结果是虚假的。一般让溶质距离盒子边界至少1 nm，具体也看情况。

作者
Author: 任嘉人amber 时间: 2020-9-19 20:12
本帖最后由任嘉人amber 于 2020-9-19 20:39 编辑

sobereva 发表于 2020-9-16 09:34
不让溶剂层有一定厚度的话，当前溶质就和相邻盒子里的镜像相互作用了，显然结果是虚假的。一般让溶质距离 ...

老师，这个solvent unit box大小是由什么决定的，也是mol坐标决定的么？还有最后这个total vdw box size这个数值是怎么算的呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-20 08:13

任嘉人amber 发表于 2020-9-19 20:12
老师，这个solvent unit box大小是由什么决定的，也是mol坐标决定的么？还有最后这个total vdw box size ...

程序是把事先平衡好的溶剂盒子往当前体系的真空区域填充，solvent unit box是事先平衡好的溶剂盒子的尺寸。

total vdw box size怎么来的忘了。

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