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标题: 阴离子体系结构优化后ESP为正 [打印本页]
作者
Author: CCmaters    时间: 2020-9-9 15:16
标题: 阴离子体系结构优化后ESP为正
各位论坛上的老师好！
最近在做一个分子的优化，想看看ESP分布。

选用的计算条件为：
# opt freq b3lyp/6-311++g(d,p) geom=connectivity
首先在分子为中性（带H）的情况下得到了一个比较符合实际的结果（电负性大的原子静电势都为负）。
但因为这个分子的pKa很小，实际情况下是以阴离子（丢失H+，带一个负电荷）的形式存在的，遂打算用相同基组进行一下阴离子的结构优化。

结果却发现优化后的结构性质不太合理。用multiwfn分析，显示绝大部分与原子上的静电势都达到了200+kcal/mol（详见附件anion.rar），
想请各位老师看看是什么问题导致的。
多谢！
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作者
Author: sobereva    时间: 2020-9-10 04:51
以后不要上传chk文件，别人没法直接打开，没有意义，而且体积大还浪费论坛空间。要上传就上传fch。

把fch压缩后上传。
直接用fch当输入文件不就行了，何故还特意转化成wfn
作者
Author: sobereva    时间: 2020-9-10 06:08
我仔细看了你的wfn文件，明显有问题，里面是1029个GTF，然而从Gaussian输出文件可见实际数目应当是1058 primitive gaussians

我拿你的结构，在和你相同的级别下跑了单点，得到了fch，以此作为输入文件用目前官网上最新Multiwfn版本计算没有任何问题，表面极值点静电势皆为负

  1. Calculation of mapped function took up wall clock time       186 s

  3. Global surface minimum: -0.182584 a.u. at  -6.816161  -1.437884   1.301470 Ang
  4. Global surface maximum: -0.014394 a.u. at   7.046005   0.797955  -0.966164 Ang

  6. The number of surface minima:     6
  7.    #       a.u.         eV      kcal/mol           X/Y/Z coordinate(Angstrom)
  8. *    1 -0.18258409   -4.968366 -114.573345      -6.816161  -1.437884   1.301470
  9.      2 -0.18223245   -4.958797 -114.352685      -6.788016   1.194081  -1.570238
  10.      3 -0.18221716   -4.958381 -114.343088      -6.508368   1.723258  -1.422883
  11.      4 -0.18169235   -4.944100 -114.013764      -5.253240   1.996260   1.946182
  12.      5 -0.18197820   -4.951879 -114.193138      -5.168104   1.521937   2.460484
  13.      6 -0.05311035   -1.445206  -33.327276       6.507958  -0.397007   2.195394

  15. The number of surface maxima:    23
  16.    #       a.u.         eV      kcal/mol           X/Y/Z coordinate(Angstrom)
  17.      1 -0.17588487   -4.786071 -110.369515      -7.441373  -1.346797  -1.694417
  18.      2 -0.14381942   -3.913525  -90.248125      -7.242937   0.958397   0.914221
  19.      3 -0.17604837   -4.790520 -110.472114      -5.116503  -0.783406   3.285818
  20.      4 -0.17582745   -4.784508 -110.333485      -4.759385   3.374469  -0.305333
  21.      5 -0.11373964   -3.095013  -71.372763      -2.746741  -1.318406   1.550828
  22.      6 -0.08731752   -2.376030  -54.792614      -1.421988   0.600322  -2.025159
  23.      7 -0.07078024   -1.926028  -44.415307      -0.294127  -0.191650   2.013177
  24.      8 -0.08215206   -2.235471  -51.551236      -0.065216  -2.500699  -0.405064
  25.      9 -0.06999955   -1.904785  -43.925417       1.113314   2.413179  -0.154440
  26.     10 -0.05607450   -1.525865  -35.187307       1.253407  -0.365064  -2.016946
  27.     11 -0.04651587   -1.265761  -29.189176       2.241229   0.917392   1.882006
  28.     12 -0.05833394   -1.587347  -36.605129       2.439262  -2.327796   0.885316
  29.     13 -0.05206944   -1.416882  -32.674095       3.340608  -1.584100   2.014850
  30.     14 -0.03597136   -0.978831  -22.572389       3.884869  -1.296882  -1.486619
  31.     15 -0.04179502   -1.137300  -26.226791       3.913807   1.899575  -1.231393
  32.     16 -0.03841887   -1.045431  -24.108225       4.634259   1.326375  -1.829039
  33.     17 -0.03366655   -0.916113  -21.126094       5.370921  -1.451806   1.592686
  34.     18 -0.02733829   -0.743913  -17.155052       5.705134   1.190981   1.542181
  35.     19 -0.02812591   -0.765345  -17.649289       5.854200  -1.796046  -0.281279
  36.     20 -0.05108451   -1.390080  -32.056040       5.882762   3.086315  -0.280335
  37.     21 -0.05073132   -1.380469  -31.834408       6.123630  -0.915158  -2.809530
  38. *   22 -0.01439447   -0.391694   -9.032677       7.046005   0.797955  -0.966164
  39.     23 -0.04752554   -1.293236  -29.822749       7.753633  -0.763298   1.329512
复制代码


另外，貌似你的wfn文件是fch2wfn产生的，不要用那个工具，已经很老了，而且没有对所有情况考虑周全。平常直接就用fch文件当输入文件，如果真有特殊情况必须获得wfn文件，应当把fch载入Multiwfn，用主功能100的子功能2中的相应选项转换成wfn。
作者
Author: CCmaters    时间: 2020-9-12 11:18
sobereva 发表于 2020-9-10 06:08
我仔细看了你的wfn文件，明显有问题，里面是1029个GTF，然而从Gaussian输出文件可见实际数目应当是1058 pri ...

多谢社长！的确如您所说，该问题已解决。
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现在有一个类似的新的问题不知您是否可以抽空解答一下。
我继续优化了一个结构很相近的分子，改用def2TZVP基组做solvent=water情况下的opt，
将gaussian生成的fch导入multiwfn（3.7）后做ESP分析，表面静电势却为正，结果和常理相反（表面极值点静电势又变成正的了）。
是否是基组选择或是什么参数导致的问题？（out和.fch已上传至附件acid.rar）

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以下为multiwfn中相关信息：
The number of surface minima:    18
   #       a.u.         eV      kcal/mol           X/Y/Z coordinate(Angstrom)
     1 -0.00178424   -0.048552   -1.119631      -6.732101   1.069550  -0.569803
     2 -0.00164010   -0.044629   -1.029176      -6.537726   0.471980   1.357901
     3 -0.00103041   -0.028039   -0.646590      -5.701996  -2.180631   1.176918
     4 -0.00103123   -0.028061   -0.647107      -5.710111  -2.056452   1.309212
     5 -0.00204364   -0.055610   -1.282403      -5.706971  -0.212526  -2.510291
     6 -0.00111961   -0.030466   -0.702566      -5.215249  -2.751832   0.250515
     7 -0.00091003   -0.024763   -0.571051      -3.896763   2.248898   2.079162
     8 -0.00254857   -0.069350   -1.599256      -3.699331  -1.561124  -2.395029
     9 -0.00021808   -0.005934   -0.136845      -3.243289   3.182282  -0.414917
    10  0.00163520    0.044496    1.026107      -3.090064   0.298949   2.914880
    11  0.00066522    0.018102    0.417433      -2.979618   1.871635  -2.285468
    12 -0.00095250   -0.025919   -0.597703      -1.878848  -2.844932   1.069482
    13 -0.00125951   -0.034273   -0.790354      -1.179608   2.143117  -2.064094
    14 -0.00361117   -0.098265   -2.266044      -0.845679  -2.348154  -1.599593
    15  0.00267934    0.072909    1.681315      -0.735618   3.040899   0.507569
    16  0.00029986    0.008160    0.188164       0.181840  -1.856374   2.361295
    17  0.00494229    0.134487    3.101336       1.734735   2.672294  -1.134166
*   18 -0.05292387   -1.440132  -33.210259       6.133671  -0.640802  -2.827326


The number of surface maxima:    33
   #       a.u.         eV      kcal/mol           X/Y/Z coordinate(Angstrom)
     1  0.00150090    0.040842    0.941829      -6.512692   1.609227   0.661405
     2  0.02874574    0.782211   18.038242      -6.064057  -1.042606  -0.443237
     3  0.02194152    0.597059   13.768524      -4.685606  -0.049890   1.894386
     4  0.02082070    0.566560   13.065197      -4.693991   1.487444  -1.342564
     5  0.00086614    0.023569    0.543513      -4.625908  -0.739897  -2.996802
     6  0.00230585    0.062745    1.446945      -4.422088  -2.631115   1.447401
     7  0.01831900    0.498485   11.495354      -4.242563   2.196753   0.530330
     8  0.01540870    0.419292    9.669115      -3.507058  -2.107596  -0.813666
     9  0.01615245    0.439530   10.135821      -3.524294  -0.693683   2.044359
    10  0.00343812    0.093556    2.157456      -3.068888   1.407506   2.954899
    11  0.01576894    0.429095    9.895166      -2.987138  -2.256677  -0.154108
    12  0.00297287    0.080896    1.865508      -2.770645   2.867428  -1.601263
    13  0.02174477    0.591705   13.645061      -2.461631   0.411627  -2.038979
    14  0.00101262    0.027555    0.635431      -2.074070  -1.981644  -2.419423
    15  0.01083432    0.294817    6.798644      -2.077323   2.477852   0.766864
    16  0.00356306    0.096956    2.235855      -1.515232  -2.087530   2.365485
    17  0.01128403    0.307054    7.080843      -1.141186   2.485858  -0.557940
    18  0.00820439    0.223253    5.148339      -1.096475  -2.492255  -0.147204
    19  0.02522730    0.686470   15.830382      -0.988206   0.151059   2.100333
    20  0.00149940    0.040801    0.940889      -0.220112   1.684792  -2.721059
    21  0.00779459    0.212102    4.891183      -0.086944   2.521380   1.945418
    22  0.00882035    0.240014    5.534859       0.059234  -2.263841   1.176918
    23  0.01889929    0.514276   11.859493       0.103572  -0.715316  -1.946103
    24 -0.00132018   -0.035924   -0.828429       0.284529  -3.016362  -0.996840
    25  0.01296671    0.352842    8.136742       0.526792   2.460625  -0.410614
    26  0.01013922    0.275902    6.362461       1.526139   1.899258  -1.615105
    27  0.03430516    0.933491   21.526830       1.684757   1.098668   1.733585
    28  0.01149713    0.312853    7.214561       1.797394  -2.221138   1.178041
    29  0.00308797    0.084028    1.937734       2.476260  -1.802636  -1.325048
    30  0.01400049    0.380973    8.785448       2.590581  -1.693418   1.887952
    31  0.04713609    1.282638   29.578369       3.784029   1.620275  -1.074525
*   32  0.12040793    3.276466   75.557183       4.854754   1.874923   2.100363
    33  0.06745838    1.835636   42.330810       5.294809  -0.899653   1.102964

作者
Author: sobereva    时间: 2020-9-13 05:42
CCmaters 发表于 2020-9-12 11:18
多谢社长！的确如您所说，该问题已解决。
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结果没有异常
表面静电势极值点有正有负。



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