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标题: 求助关于碰撞计算的软件 [打印本页]

作者
Author: wulalalana 时间: 2020-9-9 17:42
标题: 求助关于碰撞计算的软件
有谁知道有关分子--原子碰撞反应的计算软件

作者
Author: chemhou 时间: 2020-9-9 17:51
什么叫原子-分子碰撞反应的计算软件？
你具体要计算什么？不能问的这么笼统。
做原子-分子碰撞反应全球的实验组也就那么几个，理论组也就那么几个，不会有什么通用的软件的。

作者
Author: wulalalana 时间: 2020-9-9 17:54

chemhou 发表于 2020-9-9 17:51
什么叫原子-分子碰撞反应的计算软件？
你具体要计算什么？不能问的这么笼统。
做原子-分子碰撞反应全球的 ...

我们是知道了势能面，然后研究它的碰撞过程，比如N3、N2O等的碰撞。就想知道一下可以用的碰撞软件有哪些

作者
Author: yflchx 时间: 2020-9-9 18:35
本帖最后由 yflchx 于 2020-9-9 18:44 编辑

wulalalana 发表于 2020-9-9 17:54
我们是知道了势能面，然后研究它的碰撞过程，比如N3、N2O等的碰撞。就想知道一下可以用的碰撞软件有哪些

主要两类，一类是准经典轨线计算，有代表性的是W. L. Hase的VENUS程序，还有很多组自己写的程序。用商业软件的AIMD或BOMD之类的功能也能实现（既然你已知势能面，这个对你没啥意义）。

另一类是含时波包程序，基本上都是一些组自有的程序。我熟悉的是Burkhard Schmidt的WavePacket程序，Matlab写的，用来先行学习还是很不错的。

至于其它的，还有量子散射程序、Multi Configuration Time Dependent Hartree (MCTDH)程序等等。

含时波包和量子散射泛泛而谈或泛泛而学基本没啥意义，最好能到相关的实验室去合作学习。

AIMD、BOMD的使用自学应该很容易（既然你已知势能面，这种on the fly 也就不适合你了）。

作者
Author: wulalalana 时间: 2020-9-9 19:50

yflchx 发表于 2020-9-9 18:35
主要两类，一类是准经典轨线计算，有代表性的是W. L. Hase的VENUS程序，还有很多组自己写的程序。用商业 ...

谢谢回复

作者
Author: chemhou 时间: 2020-9-9 20:32

yflchx 发表于 2020-9-9 18:35
主要两类，一类是准经典轨线计算，有代表性的是W. L. Hase的VENUS程序，还有很多组自己写的程序。用商业 ...

Hase今年初不幸的去世了.....
做这类非常基础的研究的全球也没几个组.....可以想见基本都是自己写的程序！

作者
Author: yflchx 时间: 2020-9-9 21:18

chemhou 发表于 2020-9-9 20:32
Hase今年初不幸的去世了.....
做这类非常基础的研究的全球也没几个组.....可以想见基本都是自己写的程序 ...

这个已经看到了，JPCA上有专门的纪念。

Tomas Baer和Hase著有一本书：Unimolecular Reaction Dynamics Theory and Experiments

是化学动力学领域的经典教科书之一。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-10 02:42
如果根据已知的势能面，你已经有了计算给定位置的能量和受力的子程序，可以结合Truhlar组的ANT（https://comp.chem.umn.edu/ant）可以跑动力学。
另外就是用前面提到的Hase的VENUS，相关信息看
https://cdssim.chem.ttu.edu/htmlpages/licensemenu.jsp
http://hase-group.ttu.edu/venus.html

另外，对于on-the-fly方式跑直接动力学，有Gaussian的话一般情况用Gaussian的BOMD就可以，但是这部分手册写得不是一般的差，还有不少误导的说法

如果要考虑核的量子效应，可以关注PySpawn、i-Pi程序

作者
Author: jtravers70 时间: 2020-9-10 09:53
time independent nonreactive scattering: MOLSCAT；time independent reactive scattering ABC
如果体系多于4个原子MCTDH,或者做近似(reduced dimensionality)，或者做经典动力学

作者
Author: wulalalana 时间: 2020-9-11 10:25

sobereva 发表于 2020-9-10 02:42
如果根据已知的势能面，你已经有了计算给定位置的能量和受力的子程序，可以结合Truhlar组的ANT（https://co ...

sob老师，您知道CPC程序以及RWP代码吗？是不是也可以研究碰撞？您有没有详细相关的内容。谢谢sob老师回复

作者
Author: wulalalana 时间: 2020-9-11 10:27

jtravers70 发表于 2020-9-10 09:53
time independent nonreactive scattering: MOLSCAT；time independent reactive scattering ABC
如果体系 ...

谢谢回复

作者
Author: wangxubo 时间: 2020-9-11 14:54
如果你是知道全维势能面的，那标准做法就是做dvr，一般的极限就是十一二个核坐标一共四五六个原子那么大的体系，动力学方法就是dvr，都是自己写的代码。具体可以看william h miller的早期文献，或者大化所张东辉做的一系列给杨学明的原子碰撞反应做的计算。如果更大的体系（超过五六个原子）那就是混合量子经典的范畴了，surface hopping， mctdh之类的方法就都有可能了，也都是有相应的软件了。

作者
Author: wulalalana 时间: 2020-9-11 15:14

wangxubo 发表于 2020-9-11 14:54
如果你是知道全维势能面的，那标准做法就是做dvr，一般的极限就是十一二个核坐标一共四五六个原子那么大的 ...

可以具体说一下是哪些软件吗？

作者
Author: wangxubo 时间: 2020-9-11 15:32

wulalalana 发表于 2020-9-11 15:14
可以具体说一下是哪些软件吗？

就是上面提到的那些

作者
Author: wulalalana 时间: 2020-9-11 17:24

sobereva 发表于 2020-9-10 02:42
如果根据已知的势能面，你已经有了计算给定位置的能量和受力的子程序，可以结合Truhlar组的ANT（https://co ...

sob老师，关于多原子的碰撞，比如AB+CD 这种，可以研究碰撞的软件除了ANT、VENUS，还有哪些其他的软件呢？

作者
Author: wangxubo 时间: 2020-9-11 17:51

wulalalana 发表于 2020-9-11 15:39
您好，您上面提到的是研究方法，具体哪些软件可以实现呢

上面那么多人说了那么多软件你看不见？

作者
Author: 发SCI 时间: 2021-9-12 14:40

sobereva 发表于 2020-9-10 02:42
如果根据已知的势能面，你已经有了计算给定位置的能量和受力的子程序，可以结合Truhlar组的ANT（https://co ...

您好，ANT 可以算双原子+双原子（单原子）的解离吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-12 23:30

发SCI 发表于 2021-9-12 14:40
您好，ANT 可以算双原子+双原子（单原子）的解离吗？

我对这个程序不是很熟悉，只能说大抵可以，具体你看程序手册

作者
Author: 发SCI 时间: 2021-9-24 09:41

sobereva 发表于 2021-9-12 23:30
我对这个程序不是很熟悉，只能说大抵可以，具体你看程序手册

好的，谢谢老师回复

作者
Author: 发SCI 时间: 2021-9-24 10:00

sobereva 发表于 2021-9-12 23:30
我对这个程序不是很熟悉，只能说大抵可以，具体你看程序手册

您好，老师，不知道您对REAQCT这个软件有了解吗？这个软件不是开源的吧，怎么获得这个软件呢？谢谢回复

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-24 10:05

发SCI 发表于 2021-9-24 10:00
您好，老师，不知道您对REAQCT这个软件有了解吗？这个软件不是开源的吧，怎么获得这个软件呢？谢谢回复

这种事先问Google

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