计算化学公社

标题: 请教关于能量分解具体方法的选择 [打印本页]

作者
Author: fntg 时间: 2020-9-10 09:50
标题: 请教关于能量分解具体方法的选择
本帖最后由 fntg 于 2020-9-10 14:07 编辑

目前我们在对一类反应的过渡态进行能量分解分析，有几个问题想请教。（1）计算的体系有接近100个原子，其中含一个重金属。两个反应物形成过渡态时有较强的范德华作用。目前使用Multiwfn结合DFT-D3进行了简单的能量分解，分解成三项：轨道作用，色散能，静电+交换互斥。分析结果之后，发现如果能把静电作用单独分出来，有可能可以更好的解释计算的结果。所以想进一步采用其它的能量分解方法。首先了解了一下ADF中的方法，好像只针对闭壳层体系，但是我们的几个体系有的是开壳层的。Gamess的LMOEDA好像对色散能的分解不合理。看论坛里提到的GKS-EDA可以用DFT-D3方法，对色散能分解合理，并且适用于开壳层体系。不知这个GKS-EDA是否是比较合适的选择？
（2）如果采用GKS-EDA的话，目前的Gamess程序可以直接用吗，还是需要找修改版的？

另外，我们也有寻求合作研究的意愿，如果有合适的同行愿意合作的话可以交流一下。
谢谢！

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-9-10 12:02
主要看你要进行能量分解的部分之间是什么作用，有没有强的化学键

作者
Author: fntg 时间: 2020-9-10 13:33

喵星大佬发表于 2020-9-10 12:02
主要看你要进行能量分解的部分之间是什么作用，有没有强的化学键

谢谢您的回复。
是环加成反应的过渡态，处于成键和不成键之间。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-10 15:07
GKS-EDA只有开发者的修改版才支持
你就用LMOEDA就完了，色散作用自行恰当考虑，看论坛GAMESS-US分类里我以前的相关回复

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-9-10 15:09
本帖最后由喵星大佬于 2020-9-10 15:11 编辑

Q-Chem里的ALMO-EDA是比较适合处理这种体系的，具体见Phys. Chem. Chem. Phys. 2016, 18, 23067
但是对于开壳层似乎有些问题，在Phys. Chem. Chem. Phys. 2020, 22, 12867里面有提到，在构造中间步的时候自由基单电子的取向(实际上就是说你输入的分子坐标)会影响结果。如果说确实有需求要买程序讲道理Q-Chem比ADF比价格和性能来说还是比较公道的。

作者
Author: fntg 时间: 2020-9-10 15:56

sobereva 发表于 2020-9-10 15:07
GKS-EDA只有开发者的修改版才支持
你就用LMOEDA就完了，色散作用自行恰当考虑，看论坛GAMESS-US分类里我以 ...

谢谢sob老师

作者
Author: fntg 时间: 2020-9-10 15:56

喵星大佬发表于 2020-9-10 15:09
Q-Chem里的ALMO-EDA是比较适合处理这种体系的，具体见Phys. Chem. Chem. Phys. 2016, 18, 23067
但是对于 ...

谢谢！

作者
Author: btm 时间: 2023-6-6 14:12

sobereva 发表于 2020-9-10 15:07
GKS-EDA只有开发者的修改版才支持
你就用LMOEDA就完了，色散作用自行恰当考虑，看论坛GAMESS-US分类里我以 ...

老师在过渡金属与芳基卤化物的氧化加成反应中对过渡态使用GKS-EDA进行能量分解，分解项中 “EXCHANGE FREE ENERGY ”、“ REPULSION FREE ENERGY”这两项如何理解和说明呀？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-7 09:42

btm 发表于 2023-6-6 14:12
老师在过渡金属与芳基卤化物的氧化加成反应中对过渡态使用GKS-EDA进行能量分解，分解项中 “EXCHANGE FRE ...

这种问题把方法的原文读一遍基本就都明白了

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